甲基化水平计算

甲基化水平计算

甲基化水平计算有四种方法，如下图所示：

绿色“C”方块表示甲基化的胞嘧啶，蓝色“C”方块表示二项式检验确定的未甲基化的胞嘧啶。黑色“C”方块表示没有测序读数覆盖特定的胞嘧啶。每个胞嘧啶上方的分数表示具有胞嘧啶的读数数除以该位置的胞嘧啶和胸腺嘧啶总数。

C = 支持甲基化胞嘧啶的读取，T= 支持未甲基化胞嘧啶的读取，i= 胞嘧啶的位置，n = 胞嘧啶位置总数，M= 指示变量，当二项式检验确定该位置为甲基化时为 1。

四种算法说明

1.site methylation level : 各位点 支持甲基化胞嘧啶的读取/reads深度。即 各位点分子/分母
2.fractional methylation level : 区域内甲基化的碱基数量/（甲基化的位点数+未甲基化的位点数）。即绿色位点数量/（绿色位点数量+蓝色位点数量）
3.mean methylation level : （区域内所有甲基化位点 支持甲基化胞嘧啶的读取/reads深度 之和） /（甲基化的位点数+未甲基化的位点数量）。即 （绿色位点分子/分母）之和 /（绿色位点数量+蓝色位点数量）
4.weighted methylation level : 区域内所有甲基化位点支持甲基化胞嘧啶的读取 之和 / （甲基化的位点reads深度+未甲基化的位点reads深度）。即 绿色位点分子之和/（绿色位点+蓝色位点 的分母之和）