Step1:导入数据。数据至少有三行
其中第列行和第二列为基因名称(SNP名称),第三列为权重。在同一行中表示第一列和第二列相互作用,而且权值为第三列的数据,如下图,第一列选source 第二列选target,第三列选edge attribute。
step2:导入进来后自动画出图如下
step3:将上图进行美化
style选项卡里选择自己虚幻的样式
step4:改变节点大小作为权重,节点的连通度越高,节点越大
(1)首先,计算节点的连通度:Tools--Network Analyzer---Network Analysis--Analyze Network---treat the network as undirected
我们只保存name和degree这两列
将这两行内容复制到EXCEL中,EXCEL中选中第一列,选择数据--删除重复项
将此表格导入cytoscape,
Tools--Network Analyzer---Network Analysis-----Generate Style from Statistics
可进行如下设置:值越小点越小,值越小边越细
到此为止,观察可见,连通度越大则点越大
(2)点击上方的view---show graphic details;则可显示节点的标签
(3)将节点调整成我们想要的颜色
column选择Degree,Mapping Type选择Continuous Mapping,点击剪头所指的地方即可重新设置颜色
点击左边剪头所指的下指剪头即可调整颜色
如图所示,即可将节点的颜色调整好
step5:调整边,不同颜色表示的权重不同
进行如图所示的设置
如图,我们将节点和边的大小和颜色设置好了
step6:对个别顶点进行设置:
点击图中将要设置的顶点即选中,按住shift键连续点击即可选择多个顶点。
点击style选项卡中剪头根部的地方,即可对选中的节点重新设置颜色。
最终结果如下图所示: