从Cell学单细胞转录组分析(一):开端

你们要的单细胞转录组分析系列它来了!!!这个系列会很长,但是我们相信,从开端到结束,你一定能够上手单细胞转录组的分析!

单细胞测序的发展时至今日,已经非常成熟了,无论是细胞的捕获、还是建库、后期数据分析等都趋于完善。这一点可以从发表的文章看出,之前做个单细胞可以发顶级期刊,而如今,需要有很好的科学问题和机制研究才能发好的期刊。单纯的单细胞测序明显后劲不足!

从这个系列开始,我们将跟着一篇《Cell》文章学习单细胞转录组数据的下游分析,以及下游分析数据的个性化作图。

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我们的目标还是为初学者提供一份详细易懂的流程,在于拿到测序数据下游数据、或者单细胞数据挖掘时能够得心应手。也会对一些基本的概念解析,不会涉及深入算法的讨论。至于单细胞上游的分析,对于生信的要求较高,是个人提高的部分!

1、单细胞测序发展历程

从下图单细胞的发展历程来看,在上个世纪人们就开始探究单细胞的研究了。那么为什么要进行单细胞测序呢?为什么要在传统转录组测序的基础上进行单细胞测序呢?因为组织、器官虽然是一个整体,但是组成他们细胞却是异质性的,也就是有不同的细胞类群。如果单纯做传统转录组,我们得到的是所有细胞的平均贡献,也许有些细胞的特殊贡献被湮没了。而不同的细胞发挥着不同的功能。也许在有些疾病模型中,在疾病进程中,细胞会出现转化,迁移。单细胞测序能够更好的抓住这些细节问题。

单细胞测序最初要解决的两个重要的问题是单个细胞的捕获(细胞通量)和文库的建立(微量核酸扩增)。目前这两个问题已经得到了很好的解决,而且成本也在不断下降。单细胞捕获平台用的最多的是10X Genomics和BD,他们有各自的建库方法,后期测序都不成问题。

近几年,是单细胞转录组测序繁荣发展的主要时期,人的器官、很多动物都已经经理了单细胞测序。就连12生肖,除了龙找不到样本外,其余的无一例外都已经进行了各方面的单细胞测序研究。相信未来,单细胞测序会像当年的转录组测序一样,普及化。

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(图片来源:https://doi.org/10.1373/clinchem.2017.283895

2、目前单细胞测序类型

  • 单细胞转录组测序:单个细胞转录组水平测序

  • 单细胞核测序:解决无法捕获完整细胞的测序策略

  • 单细胞空间转录组测序:从组织到单细胞

  • 单细胞ATAC测序:单细胞表观基因组学水平染色质可及性

  • 单细胞蛋白组测序:目前不是特别成熟

  • ......

3、单细胞测序基本原理

这里我们以10X Genomics为例,简述下单细胞测序原理。感兴趣的可以去B站获取更多资源,包括各种公司、单细胞大佬的视频讲座,相信听一遍会有收获。

首先我们需要解离组织(培养细胞或者外周血细胞则不需要)获得单细胞悬液,保证细胞活性至少80%以上,细胞活性对于后续的建库有影响,所以一定要保证活性(特殊细胞会有特殊要求)。10X Genomics运用微流控系统进行细胞分选,带有Barcode的Gel Beads 与水象的细胞和酶相结合,进入油相后形成单个的液滴。每个Barcode都是特殊设计的,Barcode带有一段每个细胞特异的UMI,用来标记细胞,也可以说每个Barcode代表一个细胞。最后,每个单个细胞滴在一个微孔中进行裂解,反转构建cDNA文库,每个微孔只包含一个细胞的转录组信息,并带有特殊标记,能够区别细胞!

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(图片来源:https://doi.org/10.1373/clinchem.2017.283895,有修改)

4、分析电脑配置要求

这个系列的分析是基于R语言的!

单细胞转录组分析不必神化,其实也很普通,只不过需要的步骤更多而已。对于普通学习者,不涉及上游分析,仅仅是下游数据的分析和可视化的话,一般的电脑即可。但是对于追求更高通量细胞,上有分析的小伙伴来说,需要更高的电脑配置,甚至需要借助服务器。如何选择电脑,生信技能树老师有发贴,感兴趣的小伙伴可以自行搜索!

单细胞转录组分析上车还是很快的,那就愉快的开始学习吧,有不周之处,或者错误,敬请指出,一起讨论进步。
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单细胞测序(single-cell sequencing)是一种高通量测序技术,可以对单个细胞的基因转录进行全面的分析。而R语言是一种广泛用于统计分析和数据可视化的编程语言。 在单细胞测序实验中,通过测序技术可以获取到大量的细胞的基因表达数据,包括每个细胞中数以千计的基因的表达水平。而这些数据的处理和分析就需要使用到R语言以及相关的数据分析包和函数。 首先,我们可以使用R语言中的数据读取函数将单细胞测序的原始数据导入到R环境中,并进行数据清洗和预处理。例如,可以通过R的数据处理包如‘Seurat’对单细胞数据进行降噪、标准化和归一化等处理,以确保数据的准确性和可靠性。 接下来,我们需要使用R语言的统计分析技术对这些单细胞数据进行分析。例如,可以通过差异表达分析(DEG)来寻找在不同细胞类型或条件下差异表达的基因。也可以使用聚类算法将细胞进行分,寻找不同细胞群体之间的差异和相似性。 同时,R语言还提供了多种数据可视化的方法,我们可以使用R语言中的绘图包如‘ggplot2’和‘pheatmap’等对单细胞测序数据进行可视化。可视化可以帮助我们更直观地展示细胞群体的分布情况、基因表达的模式等,从而更好地理解和解释实验结果。 总而言之,单细胞测序数据的R语言分析可以帮助我们深入理解细胞的表达特征和功能,发现新的细胞类型和亚群体,并为研究细胞发育、疾病机制等提供重要的生物信息。
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