单细胞RNA速率

研究背景：测序数据中存在未剪接mRNA

基于SMART-seq2、inDrop 和 10x Genomics Chromium的测序方案，发现 15-25% 的Reads包含未剪接的内含子序列，判断方法：

mature (spliced) mRNA：only to the exonic regions

unspliced mRNA ：spanned exon-intron boundary/mapped to the intron

1. 未剪接和剪接 mRNA 之间的平衡可预测细胞状态

特定基因的转录导致未剪接mRNA的增加，随后剪接mRNA的增加，相反，转录的抑制或缺失导致未剪接mRNA的减少，然后是剪接 mRNA 的减少。因此，通过将未剪接的mRNA与成熟的剪接mRNA进行区分，可以近似地得到mRNA丰度的变化，即RNA速率。 

2.小鼠肝脏中昼夜节律相关基因在24h中的剪接（s）和未剪接（u）mRNA的丰度

每个时刻未剪接的mRNA 的量都与下一时刻成熟mRNA 的量一致（图e）。昼夜节律相关基因Fgf1在白天高表达，相反，Cbs基因在下午晚上高表达。

3.未剪接和剪接mRNA状态推断细胞轨迹 

 浅显的理解：对于一个基因而言，RNA速率可以在时间尺度上比较基因的表达；对于细胞分化而言，细胞中未剪接mRNA的多，可能提示其处于发育相对较早的阶段。

和轨迹推断的区别：拟时序分析根据不同细胞RNA的表达量，对细胞进行排序，展示的是不同细胞转录水平的相似度，通常需要指定拟时序起点。RNA速率分析mRNA丰度变化（基因表达状态的时间导数），展示的是细胞的真实状态，不需要指定起点。

参考文献：Nature, 2018, 560, 494–498.