UCSC hg19.ensembl.gtf

最新推荐文章于 2024-09-11 10:10:41 发布
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UCSC

UCSC是加利福尼亚大学圣克鲁兹分校，UCSC提供了一个基因组浏览器的网站，这个网站在生物信息领域比较有名，里面包含非常多重要的资源。包括很多重要物种的基因组资源。目前里面包含166多个数据集合。包括93个物种。可以在线浏览这些物种的基因组信息。当然也可以进行数据下载。

与NCBI和EBI不同的是，通过UCSC这个基因组浏览器，可以交互式的选择要下载的数据，U里面包含一个Table Browser，可以通过这个工具进行筛选。比如选取基因组中固定区域信息，例如只下载cds区域，tRNA区域等。

#官方网站：

UCSC Genome Browser Home

Table Browser   

wangchuang2017
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从UCSC下载基因组的GTF文件
庐州月光的博客
09-11 5901
欢迎关注”生信修炼手册”!从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式，一种是利用table browser 浏览器，另外一种是通过FTP服务。1. Table BrowserTable ...
RNA-seq流程学习笔记（5）-Linux系统下载UCSC人类基因组和基因注释文件（未完成）
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主要参考文章： 基因组各种版本对应关系 测试数据及参考基因组的准备 RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释 下载参考基因组的原因 我们测序得到的是几百bp的短read（具体长短还有差异？需要进一步学习）， 相当于把拼图打散了给你。如果没有参考基因组，从头(de novo)组装等于是重走人类基因组计划的老路，也就是打散了拼图，却不告诉你原来是什么样子，那么任务将会及其艰巨。目前人类基因组已经组装好了，我们只需要把我们测得序列回贴（mapping)回去，毕竟人与人之间的差距只有不到1%差异, 允许mi
参考基因组及注释文件下载
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从ＵＣＳＣ获得ｇｔｆ文件
student_zero的博客
01-31 4844
How to get tRNA/rRNA/mitochondrial gene GTF file Cufflinks/Tophat ask for a GTF file to mask the abundant transcripts (e.g. tRNA/rRNA/chrM). Here is the step to get such a file: Go to UC
下载基因组注释gtf文件和下载参考基因组序列
高锦的博客
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下载基因组注释gtf文件和下载参考基因组序列 对NCBI： wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p7_top_level.gff3.gz           ## hg38 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARC
建立hg19版本的gtf
fanyucai1
10-16 837
2:下载genePredToGtf:http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/genePredToGtf。参考链接：http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Genes_in_gtf_or_gff_format。
生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释
高锦的博客
10-25 1万+
生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释
如何获得hg38外显子的bed文件？
weixin_40594350的博客
04-18 4040
一、bed文件介绍 bed文件是一种记录基因组不同（功能）区域在基因组上的位置以及其它注释信息的文本文件。它包含了由空格或者tab分隔的不同列，以记录不同的信息，每一行对应一个区域。它最早出现于人类基因组计划中，后被广泛应用。因为它不直接在基因组上进行标记和修改，在使用上更具效率。 bed文件最开始并没有一个标准的格式，因此 UCSC Genome Browser 对它的描述逐渐成为了大家的参考标准。它最少为3列，最多可为12列。bed文件辅助 UCSC Genome Browser 对不同片段进行可视
构建index所需的参考基因组以及各种版本的注释文件
菠萝西斯的博客
05-10 2万+
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whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记3: 测试数据及参考基因组的准备
cs_mary的博客
02-25 2432
test datareference data: hg19<-NCBIGRCH37<-UCSCensembl 75<-ENSEMBLdownload reference data: .使用nohup在登出SSH会话后仍运行命令nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz & tar
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原文来源：x2yline在生信进化树上的评论，http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.htmlEnsemble（ ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 ）能够对人类基因自动进行注释，包括人类，小鼠，斑马鱼，猪和大鼠等，也包括来自HAVANA的人工注释信息。Ensembl是一项生物信息学研究计划，旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注...
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library("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") Error in library("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") : 不存在叫'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene'这个名字的程辑包
06-02
这个错误通常是因为您没有安装`TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene`这个包导致的。您可以使用以下代码安装该包： ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene") ``` 如果您仍然遇到问题，请确保正确地安装了Bioconductor和相应的依赖项。您可以通过以下代码检查Bioconductor的安装情况： ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::version() ``` 如果输出的版本号不是最新的，则可以使用以下代码更新Bioconductor： ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.12") ``` 如果仍然出现问题，请在安装和加载相应的库之前检查您的网络连接是否正常。
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