Ensembl数据库下载参考基因组（植物拟南芥）

最新推荐文章于 2025-03-06 00:51:28 发布
最新推荐文章于 2025-03-06 00:51:28 发布
阅读量1.9w 收藏 20
点赞数 4
文章标签： 数据库 sql database
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/u010608296/article/details/121438333
版权

Ensembl数据库下载参考基因组

下面以植物拟南芥为例：

1.进入网站：http://plants.ensembl.org/index.html

attachments-2018-04-EZWUTAGl5adc31bf19049.jpg

一些常用的物种列在首页 拟南芥，水稻，玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击：View full list of all Ensembl Plants species ；可以得到所有物种的列表；

attachments-2018-04-yctSTZ0X5adc31cd0bd62.jpg

2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面；

可以看到拟南芥基因组的介绍信息：

attachments-2018-04-tojMBPyk5adc31dbdb7e9.jpg

3.下载参考基因组：点击Download DNA sequence (FASTA)

attachments-2018-04-3j5J3i7V5adc31edbfec6.jpg

一般我们下载*toplevel.fa.gz文件，为参考基因组完整文件，其他rm，sm，和分开染色体得文件；sm和rm的意义可看README文件

 

 

生信自学笔记（三）分子数据库
羊城迷鹿的博客
07-27 4833
分类 基因组数据库：GDB、GenBank、Ensembl 核酸数据库：ENA（EMBL）、GenBank、DDBJ 蛋白质数据库：SWISS-PROF、PIR、PDB 一个数据库记录由两部分组成：原始序列数据和描述这些数据生物学信息的注释。 记录格式 FASTA 在生物信息学中，FASTA 格式是一种用于记录核酸序列或肽序列的文本格式，其中的核酸或氨基酸均以单...
【Methods】Accessing Ensembl annotation with biomaRt
小哲的博客
10-09 1097
Accessing Ensembl annotation with biomaRtIntroduction Mike L. Smith, Steffen Durinck, Wolfgang Huber 12 August 2021 Package: biomaRt 2.49.4 Introduction
拟南芥中基因家族序列的提取
hgz2020的博客
08-17 2462
1.拟南芥基因组数据的下载是一个收录植物基因组数据的网站，数据整理比较规范，已 经提供了去除可变剪切的 cds 和 protein 序列文件。只有 gff3 文件需要 过滤处理2. 对拟南芥的注释文件gff3文件进行ID处理，最终得到以下4个文件基因组文件：Ath.genome.fasta基因注释文件：Ath_final.gff3 cds序列文件：Ath.cds.fasta蛋白序列文件：Ath.pep.fasta3.从拟南芥数据库 geneFamily 中下载我们关注的基因家族信息。
Ensemble_plants数据库批量下载python脚本
最新发布
Fufu_00的博客
03-06 233
Ensemble_plants数据库批量下载python脚本，生物信息 生物数据库 python
NCBI/BIG测序数据下载---通过Aspera下载拟南芥T2T原始数据
cfc424的博客
08-28 2982
NCBI/BIG测序数据下载---通过Aspera下载拟南芥T2T原始数据
从Ensembl下载基因组
Vicbear的博客
10-17 4215
植物参考基因组：http://plants.ensembl.org/index.html。动物参考基因组：http://asia.ensembl.org/index.html。其他真菌细菌等参考基因组：http://ensemblgenomes.org/下载cds需要先选择parent directory（返回上一级）基因注释文件gff和gtf文件需要在上界面点。下滑菜单common name发现大黄鱼。选择gff3 gtf下载所需基因注释文件。选择进入cds、pep文件下载。
拟南芥参考基因组
weixin_44874487的博客
08-21 2777
阿拉伯芥信息资源 (TAIR) 维护着一个关于模式植物拟南芥（Arabidopsis thaliana）的遗传学和分子生物学数据的数据库。TAIR 提供的数据包括完整的基因组序列、基因结构、基因产物信息、基因表达、DNA 和种子库、基因组图谱、遗传和物理标记、出版物以及拟南芥研究社区的信息。基因产物功能数据每周都会根据最新发表的研究文献和社区数据提交进行更新。TAIR 还在其数据页面上提供了广泛的链接，指向其他拟南芥资源。TAIR10_protein_lists和。然后下载两个版本的蛋白质组就可以了。
拟南芥数据库
m0_51268845的博客
10-29 1051
https://1001genomes.org/data/GMI-MPI/releases/v3.1/
植物基因组脚本分析：Ensembl Plants的应用与实践
- 获取软遮罩序列：包括如何从特定植物（例如拟南芥）获取经过软遮罩处理的序列。 重复遮罩和注释在基因组学中是非常重要的步骤。重复遮罩主要是识别并隐藏掉基因组中的重复序列，因为这些重复序列可能会干扰后续的...
《蒙古沙冬青的参考级基因组揭示了其在豆科植物中的进化历史和耐旱机制》
pilot_wan的博客
03-03 1049
AmERF2生长在极端环境中的植物是独特抗逆基因和机制的来源。蒙古沙冬青（*Ammopiptanthus mongolicus*，豆科）是一种原产于半干旱和沙漠地区的旱生常绿阔叶灌木；然而，其耐旱机制尚未被充分理解。在此，我们报告了蒙古沙冬青的参考级基因组组装，描述了其在豆科中的进化历史，并研究了其耐旱机制。组装的基因组长度为843.07 Mb，其中98.7%的序列成功锚定到蒙古沙冬青的九条染色体上。
【听课笔记】复旦大学遗传学_06基因组
abdslfwoeugp
08-02 4538
六、基因组 6.1 基因组概论 6.1.1 基因组概念、分类与性质 6.1.2 基因组的结构与功能特点 6.2 人类基因组计划 6.3 人类（核）基因组的组成 6.3.1 人类基因组概况 6.3.2 人类基因组中的基因及基因相关序列 6.3.3 人类基因组中的非编码 RNA 6.3.4 人类基因组中的基因外 DNA 6.4 基因组作图与测序方法 6.4.1 基因组作图方法 6.4.2 基因组测序策略.........
Linux系统下RNA-seq分析（利用bowtie2比对）
weixin_43927366的博客
03-12 1864
3.bowtie2-build 是用来建立索引的命令，/home/lumino/TEST1/TEST1.1/tair10.fa 是你的基因组 FASTA 文件的路径，tair10 是你希望为索引文件使用的前缀。综上所述，从提供的数据来看，这些数据的质量在映射率和读取长度方面看起来是合理的，但还需要进一步的质量控制分析来确认其完整的质量状况。: 没有次级对齐的 reads，这通常表示数据中的 reads 都是唯一的，没有来自重复区域或高度相似区域的 reads。则指定了输出SAM格式文件的路径和名称。
拟南芥基因注释
little^raccoon
12-01 2248
Athaliana_447_Araport11.annotation_info.txt文件下载链接 https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#!bulk?org=Org_Athaliana_er #!/usr/bin/perl my $infile=shift; my $gene_num=shift; my $outfile=$infile.".annotation.txt"; $gene_num-=1; my %anno_hash; $usage="
转录组数据下载
wangprince2017
01-30 1813
开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇：使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse...
weixin_34238642的博客
08-09 1487
开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇：使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse 系统：Arch LinuxJBrowse版本：1.12.1 假设JBrowse安装目录为：/www/jb假设下载保存路径为：/pub1/dl假设JBrowse安装的服务器为：http://localhost:3003 本文是开源基因组浏览器JBr...
如何利用数据库下载参考基因组
weixin_30765505的博客
08-28 853
参考网址： http://www.bio-info-trainee.com/1469.html http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html http://hgdownload.soe.ucsc.edu/down...
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

wangchuang2017

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值