使用二代矫正三代全长转录组数据

使用二代矫正三代全长转录组数据

 (2017-11-02 10:09:45)

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分类： 三代

1:纠正的工具有很多，我看到的文献分别有proovread与LoRDEC 

 

2:在文献中A survey of the complex transcriptome from the highly polyploid sugarcane genome using full-length isoform sequencing and de novo assembly from short read sequencing比较了一下认为LoRDEC 比较好一点

 

3：在文献Long read reference genome-free reconstruction of a full- length transcriptome from Astragalus membranaceus reveals transcript variants involved in bioactive compound biosynthesis中使用的是proovread

 

4:在处理全长转录组的时候一般后续分析都是针对HQ序列进行分析的，如果你有了二代数据就可以将HQ与LQ合并，然后使用cdhit-est去冗余，去除的参数可以参考上面的文献：-c 0.99 –G 0 –aL 0.00 –aS 0.99 –AS 30 -M 0 –d 0 –p 1