TCGA 编码格式解读 | 怎么区分是不是肿瘤样品？

biomooc

于 2024-11-29 21:30:36 发布

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分类专栏：高通量测序文档文章标签：数据挖掘

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在这里插入图片描述

https://docs.gdc.cancer.gov/Encyclopedia/pages/TCGA_Barcode/

"-"分割符的第四位是Sample type：

Tumor types range from 01 - 09,
normal types from 10 - 19
and control samples from 20 - 29.

See Code Tables Report for a complete list of sample codes

https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes

编码举例 TCGA-02-0001-01C-01D-0182-01

TCGA命名每个字段的意义，如下：

Project-TSS-Participant-Sample&Vial-Portion&Analyte-Plate-Center

	TCGA：Project 项目名称
	02：TSS 组织来源代码
	0001：Participant 科研参与者
	01：Sample 样本类型
	C：Vial 样本序列中样本的阶数
	01：Portion 顺序中部分的次序
	D：Analyte
	0182：Plate 顺序中的板的顺序
	01：Center 测序鉴定