SC3 - consensus clustering of single-cell RNA-Seq data这是scRNA-seq聚类方法里面比较经典的聚类方法,在跑数据集的时候,几个一千多个细胞的小数据集没有报错,但是运行一个5000+细胞以上的数据集时,在这步:
sce <- sc3(sce, ks = 9 ,n_cores = 30)
疯狂报错!!!
就很无语,难道这种经典方法我都跑不通嘛!到了推理原因的时刻了
First,小数据集上我能跑通,所以问题不是在这个方法上,应该是因为数据集大小的改变,哪些参数不合适了,second, 我去看了SC3的手册:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/SC3/man/SC3.pdf
发现kmeans_nstart这个参数以2000个数据为分界,小于2000,参数设置为1000,大于2000设置为50,finally, 将代码改成:
sce <- sc3(sce, ks = 9 ,n_cores = 30,kmeans_nstart = 50)
即可解决问题!
遇到问题,推理出问题原因哇!