做流向图_如何看懂KEGG通路图？

|撰文：周老师

KEGG PATHWAY数据库是进行基因功能分析和代谢网络研究的强有力工具，不管你是做转录组还是蛋白组，你都有必要学会如何看得懂KEGG通路图。

下面就以PI3K-AKT signal pathway为例，看下如何看懂KEGG通路图吧！

| kegg数据库通路信息的分级

近年来，各种新型的基因功能数据不断涌现。但作为最古老传统的数据库之一，kegg数据库依然是大家最经常使用的数据库。kegg数据库的特点是，将基因和代谢物（化学信息）以网络图的形式详细呈现出来，便于读者了解在机体内基因与代谢物的信号传递过程。

很重要的一点，kegg是人工收录的数据库。即，里面收录的信息都有文献支持，然后以手绘通路图的形式呈现基因-代谢物的关系。因此，虽然kegg的信息不全，更新时效性也较差，但非常可靠。秉承“信息不在多，以质取胜”的理念，kegg数据库就成了广大生物研究者最喜欢使用的数据库之一。

图1 kegg数据库包含的信息

虽然，我们目前的信息分析使用的是本地版的kegg数据库，但实际上kegg数据信息都是从其官网下载的。现在，我们就从官网入手，来了解下这个数据库。

如果我们登陆KEGG的官网（http://www.kegg.jp/），映入眼帘的就如下图。虽然信息很多，但本质是从不同的角度访问数据库的信息。

图2 kegg官网首页

我们就先从kegg pathway入手了解这个数据库。如果我们点击“kegg pathway”，将会进入kegg的通路列表，如下图。从这个列表，我们可以知道，kegg的通路分类也是分层级的。层级一共可以分为三级。以下图为例&#