IF2. 综述癌症的进化理论：挑战和潜在的解决方案

最新推荐文章于 2025-02-26 11:09:58 发布

桓峰基因

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这期分享一篇2024年9月发表在 Nature Reviews Cancer 的文章 The evolutionary theory of cancer: challenges and potential solutions，作者综述癌症的进化理论：挑战和潜在的解决方案。

摘要

癌症的克隆进化模型是在20世纪50 - 70年代发展起来的，并在21世纪成为癌症生物学的核心，主要是通过对癌症遗传学的研究。虽然它已经证明了它的价值，但它的结构受到了表型可塑性、非遗传形式的遗传、克隆适应性的非遗传决定因素和基因的非树状传播等观察的挑战。人们甚至对克隆的定义感到困惑，我们的目标是解决这个问题。克隆进化模型的性能和价值取决于进化过程涉及癌症的经验程度，以及它解释这些进化过程的理论能力。在这里，我们确定了克隆进化模型理论性能的局限性，并提供了克服这些局限性的解决方案。虽然我们不主张克隆进化可以解释癌症的一切，但我们展示了在癌症动力学中已经确定的许多复杂性可以整合到模型中，以提高我们目前对癌症的理解。

介绍

癌症是跨越空间和时间的异质细胞群。这种多样性目前是一个主要的临床问题，限制了大多数癌症治疗的效率，因为经常有细胞亚群对正在使用的任何治疗产生耐药性。这种多样性也限制了预后的准确性和我们预测其对干预反应的能力，因为活组织检查可能无法代表整个肿瘤，并且随时间变化的随机性很强。因此，迫切需要更好地了解与这种多样化有关的机制，以便更好地管理癌症。在21世纪获得关注的细胞多样化的解释机制是克隆进化：癌细胞通过遗传和表观遗传改变的积累而多样化，这些改变可以改变细胞的相对适合度，从而通过自然选择导致克隆扩张或收缩。进化的原理和群体遗传学的工具可以并且已经成功地应用于癌症细胞。然而，癌症进展的进化观点受到了挑战，研究表明癌症的表型异质性在很大程度上与克隆的遗传学无关。鉴于自然选择的进化作用于表型，并依赖于其遗传力，这些数据质疑克隆进化模型的相关性。是时候对克隆进化模型的优势、劣势和改进机会进行评估了。为了实现这一点，我们首先通过对文献的历史和当代回顾来探索关于癌细胞进化的已知信息。然后，我们通过强调其基本假设来分析克隆进化模型的理论结构。通过，我们打算定位当前模型固有的理论和概念上的紧张和困难。我们总结了一些建议和观点，可以帮助解决一些问题，并增强癌症克隆进化的解释相关性。

什么是克隆？

克隆进化模型是基于对属于不同克隆的细胞在时间和空间上的分析。因此，克隆的概念很重要，但很少明确定义。有一种隐含的共识，认为癌症克隆体是一群从共同祖先那里继承了共同身份的细胞。然而，人们用来识别克隆的改变在不同的研究中是不同的。

传统上，克隆的身份是基于基因型，或更确切地说它的一部分。例如，克隆的一个典型定义是“一组从一个共同的祖先遗传下来的细胞，因此具有遗传特征”。由于实际原因，克隆进化研究通常基于驱动突变。一些研究使用的技术允许对基因组进行更广泛的分析，如全外显子组测序，甚至全基因组测序，这并不依赖于对哪些突变与癌症有关的先验知识。最后，一些研究倾向于使用中性突变作为无偏倚的方法来跟踪克隆进化。

在克隆的鉴定上还有一个更基本的本体论和认识论挑战。克隆进化模型依赖于从不完全信息中重建克隆：我们既无法获得所有癌细胞，也无法获得每个单细胞的所有可遗传特性。这可能导致“克隆错觉”，当亚克隆突变看起来是克隆的，因为活检只在亚克隆内进行。它还依赖于研究人员做出的选择，即哪些变化与定义克隆相关，哪些可以忽略。改变被认为是相关的突变列表，并因此，，用于重建克隆进化影响重建。例如，鉴定出的克隆数量将取决于所研究的基因数量和测序的深度。作为这个问题的一个极端说明，人们可以将克隆定义为基因组相同的一组细胞。然而，在单细胞水平上的全基因组测序可能会揭示，每个单独的癌细胞是独一无二的，因此，被视为一个新的克隆，使克隆的概念毫无用处。

克隆进化模型的历史表明这些应该用什么改变来定义克隆的选择随着时间的推移而改变。这种历史偶然性突出了克隆定义的随意性。在多元主义的方法中，人们可能会争辩说，哪种克隆描述是正确的或最好的，将取决于人们采用的观点和目标。克隆描述是否和程度在很大程度上取决于对克隆进化模型的期望。例如，对于任何通过计算克隆来量化肿瘤内异质性的研究来说，这都是一个问题。对于那些可能想要重建不同癌细胞之间系统发育关系（例如，不同位置转移之间）的人来说，这不是一个问题。

有一些克隆同一性的替代观点：一些研究现在已经使用表观遗传学来重建癌症进化。少数支持表型或功能克隆身份。例如，克隆被定义为“一组具有相同表型的细胞，它们从最近的共同祖先开始就一直表达表型”。如果一组干细胞具有相同的表型并且有一个最近的共同祖先，那么这一定义可能会将它们称为克隆，但它将排除了在细胞谱系树上属于同一分支的所有非干细胞。相比之下，在发育生物学中，克隆被定义为“单个祖先细胞的体内后代”，相当于系统发育中的单系进化枝。

每一种癌症都有一个细胞谱系树，描述了癌症中细胞的关系和历史，定义克隆就是划分进化树的问题。

什么是克隆进化模型？

历史视角

克隆进化模型是一个抽象的模型，描述癌症细胞在患者体内的进化。这句话通常被认为是彼得·诺埃尔说的，但是诺埃尔自己总是明确表示，他是在总结这个领域发展出来的想法。对肿瘤内异质性的观察和癌细胞进化的想法在1976年之前就已经存在了，其成功发生在后来。

在20世纪50年代，进化的概念经常用于肿瘤学来描述癌症的进展，虽然并不总是暗示达尔文的过程。在此期间，对癌细胞核型的研究支持了由 Theodor Boveri 首先提出的假说，即肿瘤可能由异常有丝分裂引起的染色体缺陷产生，该假说预测了癌症的克隆起源。核型分析还观察到癌细胞中包含的染色体数量的变化，并且作为单细胞全基因组分析，在揭示癌细胞的进化中起着至关重要的作用。核型观察直接提出了以下问题：肿瘤是否由多个细胞株组成，每个细胞株都有固定数量的染色体，或者肿瘤细胞的核型是否可以改变。如果是这样，这些变化是随机的还是可遗传的和选择性的。T. S.Hauschka直接提到了“类似于系统发育的突变选择序列”，认为“特定的肿瘤核型具有竞争性生存价值”。许多技术被用于解决癌症克隆起源的问题，包括费城染色体16的发现，两个等位基因之一的随机体细胞失活葡萄糖-6-磷酸脱氢酶的妇女或免疫球蛋白重链重排。

所有这些实验都趋向于克隆起源癌症的假设，肿瘤内异质性起源于可能经历选择的后续变异。在大多数这些论文中，进化论的概念被放在次要位置，但是有些直接讨论了应用于癌症的进化原理。英国细胞遗传学家c.e.福特专门发表了一篇论文，论述健康、辐照或癌变体细胞中的选择性压力，以捍卫假说，即“不平衡的核型变化对存活和增殖的可能性有影响”，因此，“一个细胞群体的核型结构将是对其内部产生的可变性的选择性力量作用的结果”。J.Lejeune认为选择假说对于克隆进化模型的一致性是必要的，并明确提到使用核型来重建“克隆的自然历史”，将这种重建与“古生物学家的方法从一个形式到另一个形式重建门的历史”进行比）。

在诺埃尔对癌症进化模型的优雅总结之后，我们得到了……沉默。癌症的进化生物学几十年来一直处于休眠状态，只有少数科学家在诺埃尔的框架上进行研究。直到21世纪，领域才获得了发展势头。当高通量测序开始产生大量癌症基因数据时，人们对癌症进化的兴趣加速了，这可能不是巧合。肿瘤内异质性和克隆扩张性的临床重要性的观察随之而来，同时证实治疗通常选择具有突变的预先存在的克隆，使其对治疗产生耐药性。虽然临床影响仍然有限，但进一步的研究表明，癌症治疗的进化方法可以显著改善进展时间和总生存率。在这一切之中，对进化生物学和生态学如何有效地应用于癌症的综述可能有助于为未来的进展奠定基础。

癌细胞是如何进化的？

任何具有可遗传属性多样性（可以导致实体之间的差异适应）的实体群体都可以通过自然的选择进化。体细胞就是这样的实体，可以通过自然选择进化，因为突变导致细胞之间的遗传多样性，并且（至少一些）可以改变细胞的适应性。悬而未决的问题是，它们是否以及在多大程度上是通过自然选择进化的，科学家和哲学家们一直在争论这个问题。

重要的是要认识到癌细胞可以通过一个多种机制。虽然它们可以通过自然选择进化，有些肿瘤几乎没有自然选择的证据，而且似乎是这样以中性进化为主。数学中立大约三分之一的实体瘤、多发性骨髓瘤和慢性髓细胞性白血病的进化模型与遗传数据一致。另一个泛分析也得到了强调在生殖系中占主导地位的负选择几乎是在癌症和体细胞进化中不存在。尽管克隆进化最初被认为是一个连续渐进的过程，它已经表明变化的爆发也可能发生。克隆进化可以通过停滞、渐进或标点发生，与之不同分子钟以不同的速度滴答作响，可以通过线性进化或分支进化进行。有一个多样性癌细胞克隆进化的过程。

此外，尽管克隆进化模型传统上关注癌症（干细胞）作为选择单位的进化，但选择可能发生在更高水平上（图1a），在细胞群上而不是单个细胞上。例如，关于转移之间是否存在自然选择的进化，每个转移作为一个生殖实体，产生进一步的继发性转移的争论。更高水平的选择也可以在癌症干细胞及其非干细胞后代的集落中选择，或在可能分裂和死亡的上皮增殖单位（如结肠隐窝）中选择。癌症中的选择也可能发生在细胞以下的水平，通过转座元件或染色体外DNA的进化，如果它们能够独立于细胞复制复制（图1b）。事实上，选择可能在细胞以上和细胞以下的额外水平上起作用，并不违反克隆进化模型。它增加了它的复杂性，就像多层次选择一样，在生物体的以上和以下层次，没有违反进化论，而是增加了它的复杂性。

图 1 通过自然选择的癌症进化可以同时在多个生物层面组织中运作

克隆进化模型的价值是什么？

克隆进化模型整合了目前关于癌症细胞进化的知识。这是一个高度理论化的框架。它不仅旨在描述，而且还旨在重建过去的进化，预测潜在的未来进化（例如，对治疗的耐药性），解释在患者中发生的现象，并为新的治疗干预提供基础。我们把这些特性称为克隆进化模型的理论价值。

该模型的一个主要理论价值是解释癌症如何以及为什么随着时间的推移和对治疗的反应而变化。系统发育重建提供了癌症自然历史的描述。例如，克隆突变（也称为“截尾”突变）往往不同于亚克隆突变（也称为突变，只出现在一个“分支”上）。系统发育重建可以强调暴露和突变过程随时间的变化，例如，在数年后，患有肝细胞癌的非洲移民中黄曲霉毒素b1相关突变特征的丧失他们到达了法国。它还表明，与预期相反，转移可以在癌变早期发生。经验教训从这些系统发育重建也有利于药物靶向（例如，针对克隆突变而不是亚克隆突变）并通过选择来帮助预测治疗耐药性的风险抗性突变，如表皮生长的T790M突变对第一代EGFR产生耐药性的因子受体（EGFR）肺癌抑制剂。许多突变都与抵抗治疗的方式现在可以让临床医生更好地决定使用哪种治疗方法。克隆进化模型也有被用于危险分层和预后，使用的措施克隆进化，如肿瘤内异质性，预测其中癌症前期倾向于发展为侵袭性疾病而癌症倾向于致命的。

克隆进化模型预测，不同的环境将改变突变克隆的扩展能力。例如，在造血系统中，突变的克隆随着年龄的增长而出现，这一过程被称为克隆造血。不同的环境变化可能导致克隆性造血，如衰老、化疗、感染和吸烟。然而，每个人都倾向于选择不同类型的突变。克隆造血也伴随着各种突变和各种动态变化。这也有助于解释癌症的晚期发生，因为健康细胞适应性的降低随着年龄的增长为选择突变的克隆提供了较弱的竞争对手。请注意，促进理论有时被认为与体细胞突变理论相反，但这两种理论在克隆进化的背景下是相容的，因为适应性取决于细胞的内在特性和外在特性。

更根本的是，克隆进化模型产生了一个深刻的概念转换，将癌症视为一个动态过程。因此，它使人们对寻找灵丹妙药的治疗策略失去了信心，并要求在研究和治疗实践方面做出改变。该模型预测，大多数晚期癌症倾向于能够逃脱任何治疗。这导致了各种关于如何开发治疗方法的主张进化原则，比如药物假期，随时间改变药物和适应性疗法控制克隆动态，以预防治疗抵抗克隆体的扩张失控。

多年的观察和实验测试克隆进化模型的各个方面都支持其理论价值。然而，它并不能解释癌症的所有表型。将癌细胞置于不同的微环境中会使它们表现不同。一个极端的例子是，其中将癌细胞置于健康环境中可以使它们的行为“正常化”。表型肿瘤内异质性可能在很大程度上独立于基因型，而表型可塑性越来越被认为是肿瘤内异质性和治疗逃逸的重要因素。

模型假设和限制

克隆进化模型的表现取决于两个不同的方面，一个是事实，即进化过程对癌症的影响程度，另一个是理论，即当前克隆进化模型捕获这些过程的程度。该模型的前提是，进化过程确实在癌症中起作用。这个得到了几十年证据的支持。然而，模型的重要性是一个悬而未决的问题。进化过程对癌症的影响越大，克隆进化模型就越相关。克隆进化模型的理论性能是另一个问题。目前的模型可能只是部分地捕捉到了癌症进化过程的实际参与。将与进化过程的实际参与相关的挑战与与模型的理论表现相关的挑战分开是很重要的。后一个可以通过扩展当前模型来解决。

我们在当前的克隆进化模型中看到两个重要但有问题的潜在假设：

(1)癌细胞的表型，特别是它们的适应度，被认为在很大程度上依赖于它们的基因型（克隆进化的研究历史上一直由遗传方法主导）；

(2)癌细胞之间的祖先关系被认为形成了细胞的分支树，这两者实际上都不是系统进化所必需的。我们将在详细分析这两个假设，寻找模型的限制和批评，并区分那些对进化理论解释癌症的程度（事实程度）的真正限制，以及那些邀请改进当前克隆进化模型（理论限制）的限制。

假设1：适应性很大程度上取决于基因型

克隆进化模型借鉴了现代进化综合理论，这是达尔文进化的一种定量遗传理论，将进化定义为种群中遗传变异频率随空间和时间的变化。作为一个数学和理论的框架，它需要一些简化的假设，特别是有机体被简化到它的遗传学。在肿瘤学中，特定的遗传改变已被确定并表征为其关键功能在疾病的发展和演变中的作用，这导致癌基因和肿瘤抑制基因的概念在20世纪80年代获得成功。然而，从发育生物学的角度来看，相同的基因型可以在正常细胞中产生非常不同的表型，这也适用于癌细胞。癌细胞的适应性很大程度上依赖于它们基因的假设面临着许多挑战。

鉴定关键克隆进化基因具有挑战性

大型财团已经投入了大量精力对肿瘤进行测序，以确定癌症基因，并且已经确定了几个混淆因素，比如基因的大小和它们在脆弱位点的位置。一些突变的存在需要统计意义根据一些背景因素，如每个核苷酸的突变率，结构变异和纯度样例。考虑到典型的癌症驱动基因的突变存在于体细胞健康组织中，比较癌变组织和非癌变组织中突变的频率也出现了至关重要的。例如，NOTCH1突变在食管中很常见癌症和皮肤癌，导致假设它是一个驱动基因在那些癌症中。然而，由于NOTCH1突变在正常皮肤和食管上皮中比在肿瘤中更常见在这些组织中，NOTCH1突变实际上可能具有保护作用对皮肤和食道癌都有效。因此，识别驱动程序突变不是微不足道的。

在确定癌症基因方面还有一个概念上的问题。相同的突变在一个上下文中可能是中性的，甚至是有害的（有害的突变），而在另一个上下文中可能成为驱动因素，反之亦然。起源细胞的概念说明了这一现象：同样的突变可能有不同的影响，这取决于它发生在哪个细胞。同样，治疗改变细胞的环境，可以选择具有特定抗性突变的克隆，这些突变在治疗期间扩大，在治疗退出时倒退。治疗引起剧烈而迅速的选择压力，但也可能产生较慢的变化，其结果是一样的。例如，衰老会改变细胞的健康状况，因此突变在年轻人中可能是中性的，甚至是有害的，但在衰老的背景下却是有利的（有利突变）。根据定义，适合度总是相对于特定的环境。癌症细胞的环境在疾病的整个自然发展过程中发生变化，但也由于衰老、干预和其他暴露变化而发生变化。识别驱动突变的困难使基于驱动突变定义克隆的工作复杂化。

基因并不是唯一的遗传物质

现在人们已经认识到，许多表观遗传特性在细胞分裂时是可遗传的，并且可以促进克隆进化，包括转移的进化和对药物的耐药性。然而，表观遗传学包含了广泛的现象，其中一些是随机的和可遗传的，而另一些则在细胞的控制下，并可能响应某种形式的信号而改变，例如，在分化过程中。这些可遗传的改变可以在无性进化中作为表观突变整合。研究发现了遗传和表观遗传克隆进化之间的一致性，这使得有意义，因为癌细胞有一个统一的谱系。此外，在一个遗传克隆中可能存在多个表观遗传亚克隆，反之亦然。这再次提出了一个问题，即使用什么信息来描述和计数克隆（图2和框1）。表观遗传改变挑战克隆进化模型的理论准确性，当该模型仅依赖于基因突变时，但它不挑战其事实范围。

可遗传的特性可能超越遗传物质以及它的表观遗传改变。随着细胞繁殖的进行细胞分裂时，子细胞继承细胞质的一部分母细胞，包括细胞器，RNA和蛋白质。他们也会遗传母细胞可能已经改变的微环境。这可能会产生细胞表型的短期遗传性时间尺度取决于波动和周转率这些分子和微环境。在细菌中，使用“姐妹机器”将两个子细胞独立分离生长通道，显示出不同的非遗传性状存在不同时间尺度下不同的“记忆”模式，从2到10代。在黑色素瘤细胞系中，227个基因表现出短暂的遗传性高表达（约40小时)共鉴定出152例，其中162例先前与对治疗的抵抗力细胞中有两种高表达瞬时遗传基因，特别是EGFR和神经生长因子受体（NGFR），对MEK表现出更高水平的抗性抑制剂曲美替尼优于未分选细胞。

属性在不同时间尺度上的继承在很大程度上被忽略了；然而，鉴于治疗性干预的持续时间较短，这些替代形式的遗传可能具有临床相关性。正如将在“遗传和时间尺度”一节中讨论的那样，提高我们对遗传的理解可能会提高克隆进化的理论性能。

图 2 定义克隆是一个分裂癌细胞树的问题

一种基因型可以呈现多种表型

正常体细胞在多细胞生物中是表现性的。表型塑性在发展领域早就被研究过了对癌症也越来越重要。从单一基因型，细胞可以采取不同的表现型，由于至少三个非排他性的过程：分化，对其他的反应外在信号和随机波动（基因产物和表观遗传修饰）。后两者包括去分化，转分化或细胞状态的其他变化，如代谢的变化。癌细胞继承并改变了细胞的表型可塑性它们从正常细胞进化而来。

目前，独立于基因型的表型变异被克隆进化模型所忽视。因此，可塑性被视为对克隆进化模型事实程度的挑战：癌症中非遗传可塑性的因果关系越多，进化过程就越少。例如，一项对雌激素受体阳性乳腺癌接受辅助内分泌治疗的休眠和复发的研究表明，该治疗随机诱导了一小部分来自随机多样性克隆的癌细胞进入不稳定的休眠状态。在这种情况下，自然选择的进化对癌症细胞在治疗中存活的能力没有多大作用。然而，表型可塑性概念的模糊性使争论变得模糊。可塑性的一些情况可能是遗传的，实际上只是一个理论挑战，可以纳入改进克隆进化模型。

首先，癌细胞的表型通常依赖于非遗传的，但可遗传的特性，如增殖。这种表观遗传驱动的表型多样性可以很容易地整合到克隆进化模型中。同样的道理也适用于任何其他导致细胞表型的非遗传遗传特性。

其次，表型可塑性的程度可以遗传，编码在基因组或表观基因组中。某些细胞谱系可能比其他细胞更具可塑性，这使它们在不断变化的微环境中具有优势。其他细胞的表型非常稳定，例如完全分化的细胞。一些突变可能会增加细胞的可塑性，对这些突变的选择将间接地通过对它们产生的表型的直接选择进行。有关于突变率的进化和表型可塑性的进化的相关文献可以用于将表型可塑性整合到克隆进化模型中。

第三，表型可塑性包括各种现象，如分化（多细胞生物中一个强大的、有通道的、可预测的过程），对外部信号的反应（也部分可预测，尽管有微环境信号的条件），和随机波动（不可预测）。如果想要解决癌症进化解释的经验局限性，那么这些过程之间的差异就很重要。这些类型可塑性需要在概念上加以区分的原因可以通过两个假设的对比例子来说明。首先，当一种治疗方法选择干细胞时，因为它们的外排泵上调，选择外排泵将维持克隆组成。这是因为所有的基因克隆都含有癌症干细胞，尽管根据不同克隆中癌症干细胞的比例，克隆的大小可能会有变化。其次，当细胞周期特异性处理选择慢周期或非增殖细胞时，如果静止是由特定微环境诱导的，那么发生在该微环境中的克隆将存活下来。这两种情况对克隆进化模型提出了不同的挑战。在第一种情况下，所有基因克隆的维持可能隐藏了干细胞的选择。在第二种情况下，抗性可能被错误地归因于克隆的遗传，而实际上是它的位置导致了抗性。其他涉及可塑性的情况也可能挑战克隆进化模型。例如，克隆进化模型以癌症干细胞为例细胞是选择的单位，但也可能发生去分化。允许非干细胞参与进化动力学。

尽管响应外部刺激的表型可塑性是克隆进化实际参与的主要限制，但基于分化和基于随机的可塑性类型代表了理论挑战。只要分化保持稳健和可预测，这种类型的可塑性就可以包含在克隆进化的数学模型中。同样，随机可塑性也适用于数学模型，可以引入癌症的进化模型。

多基因型可以产生相同的表型

这种现象可能是趋同进化、表型可塑性或非遗传因素的情况。选择压力可能在独立的谱系中选择相同的表型，这在癌症进化模型中得到了很好的解释。我们认为癌症的特征是由于自然选择作用于不相关细胞而发生的趋同进化。这种对癌症遗传进化模型的挑战导致了一种假设，即通过关注表型的进化，我们获得了更多的清晰度和控制力。正如所述，分化过程和对环境信号的反应可以导致相似的表型，而不考虑潜在的遗传学。还有其他非遗传的决定因素的表型，可能是独立于克隆的遗传。例如，癌细胞可以通过细胞外囊泡转移蛋白质、脂质和核酸，从而导致恶性表型。在胶质瘤小鼠模型中，研究表明，具有突变EGFR的癌细胞可以将截断的致癌形式EGFRvIII转移到缺乏突变的癌细胞中，导致这些细胞获得突变的表型。区分表型的遗传和非遗传决定因素是关键，因为第二个是对克隆进化模型的事实程度的直接挑战，尽管进化理论可以解释遗传的非遗传决定因素表现型作为噪声的一种形式，包括表现型进化模型中性状的遗传性或可进化性的测量。

假设2：癌细胞谱系是树状的

克隆进化模型假设细胞系呈树形，，其中细胞系分裂和死亡，但不融合。克隆通过从单个共同祖先细胞（框1）继承来定义。继承是垂直的，从亲代细胞开始。此外，基于细胞系的克隆进化模型隐含地假设细胞是选择的唯一单位。一些观察结果对这些假设提出了质疑。

图 3 克隆进化比细胞的分叉树更为复杂

细胞融合与癌细胞繁殖模式

癌细胞可以融合成有活力的、可再生的细胞，从而产生克隆细胞群。癌症中的细胞融合被认为是罕见的，并且在很大程度上被忽视了。然而，一些研究已经报道了癌细胞和非癌细胞之间的融合（杂交瘤是这种融合的一个著名的案例），或者不同癌细胞之间的融合。在患者中，已经报道了在骨髓移植的背景下与造血细胞的融合，提供了跟踪细胞融合的标记物。例如，一位母亲接受了儿子的骨髓移植，后来患上了肾癌，其中的部分癌细胞既含有癌细胞的染色体改变，也含有来自她儿子细胞的Y染色体。另一项研究分析了7名患有各种癌症（胰腺导管腺癌、肾细胞癌、头颈部鳞状细胞癌和肺腺癌）的患者的肿瘤活检，发现了所有这些癌症中癌细胞和白细胞融合的证据。在此结果的基础上，研究人员在胰腺癌患者中寻找循环杂交细胞，发现循环杂交细胞的数量与晚期疾病相关，并与预后不良相关，而未融合循环肿瘤细胞的情况并非如此，这提高了融合可能增加癌症进展风险的可能性。

细胞融合在癌细胞进化中的作用已经在体外和动物模型中进行了研究。癌细胞系和巨噬细胞的杂交体一旦移植到小鼠体内，其倍增的时间比母体癌细胞系短，这表明细胞融合可以增加细胞的适应度。细胞融合还可以为癌细胞提供新的特性。例如，与巨噬细胞等造血细胞融合，可使融合后的癌细胞具有迁移能力。一些研究讨论融合作为可能的替代机制（但不相互排斥）达尔文克隆进化解释转移根据，转移能力是通过进化过程获得的通过自然选择。其他研究表明癌细胞系之间的融合可以产生新的细胞系，这些细胞系比原始细胞系更恶性，并且具有治疗抗性。细胞融合也被认为是产生癌症干细胞的一种可能机制。最后但并非最不重要的是，细胞融合是一种机制，可以通过随后的遗传物质随机损失产生多样性。细胞融合并不破坏克隆进化的实际程度，但增加了进化过程的复杂性，这是克隆进化模型目前没有考虑到的。

水平基因转移

克隆进化模型假设遗传与细胞分裂是垂直的。然而，一些水平基因转移的机制，如线粒体和DNA的交换已经描述过了。肺癌细胞系的共培养线粒体DNA（mtDNA）与骨髓非造血细胞或皮肤成纤维细胞，或乳腺癌细胞移植mtDNA缺失系显示线粒体功能恢复通过线粒体转移。线粒体的介绍导致间充质间质细胞（MSCs）转化为癌细胞的增加氧化磷酸化，ATP生成，迁移和癌细胞的增殖线粒体的水平转移通过从内皮细胞到MCF7乳房的纳米管隧道癌细胞被证明可以改善对阿霉素的化疗耐药性在vitro。共培养也得到了类似的结果骨髓基质细胞体外或移植后的急性髓细胞白血病母细胞来自患者或小鼠细胞系。共培养的胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和间充质干细胞也会导致代谢重新布线线粒体从间充质干细胞转移到GSCs，导致GSC1中替莫唑胺的增殖和耐药性增加。

水平基因转移也可发生在癌症中，因为从细胞外囊泡（包括垂死癌细胞的凋亡小体）摄取DNA。这已经在体外实验和小鼠实验中得到证实，并且可以通过DNAs治疗来预防。微泡已被证明携带致癌基因如MYC或HRAS，可以被其他细胞吸收。通过细胞外囊泡在癌症中水平基因转移的程度和重要性仍然是一个悬而未决的问题。水平基因转移与癌症的进化模型并不矛盾。相反，它增加了模型的复杂性。适应通过自然选择可以发生在水平转移除了垂直遗传。

胞浆形成和水平转移

除了基因转移外，表型特性还可以通过胞浆作用（一种膜片段在细胞间转移的机制）水平转移。Trogocytosis是一种与癌细胞进化相关的现象，因为它允许细胞独立于其遗传和表观遗传获得新的表型特性，导致基因型和表型之间的不匹配。例如，在使用患者来源的异种移植物的结肠癌小鼠模型中，癌细胞能够获得淋巴细胞膜蛋白，包括淋巴细胞标记物，以及免疫调节表面蛋白，其抑制免疫细胞的激活。使用白血病小鼠模型也获得了类似的结果，尽管在本研究中，自然杀伤（NK）细胞和CD8+T细胞从白血病细胞获得检查点受体程序性细胞死亡蛋白1 (PD1)，这导致抑制 NK细胞抗肿瘤免疫。嵌合抗原受体-T（CAR-T）细胞和CAR-NK细胞逃逸与巨噬细胞增多有关。只有当其诱导的表型能够通过至少一次细胞分裂传递时，Trogocytosis才能对克隆进化有意义。细胞表面物质部分通过细胞分裂维持，但遗传给子细胞的对称性是未知的，以及分裂后表型丢失的数量。

细胞同类相食是另一个可以提供特性的过程，使细胞在特定的选择压力下改变其适应性。例如，转移性黑色素瘤细胞可以吞噬T细胞，这允许它们在血清缺乏的情况下存活。类似地，一个乳腺癌癌细胞系被证明会蚕食间充质间质细胞，这也通过诱导休眠状态提高了它们在饥饿情况下的存活率。同样，它对克隆进化的贡献取决于这些表型的遗传能力。

由于细胞分裂或细胞同类相食导致的表型水平传播降低了这些表型的遗传性，因此降低了克隆进化模型的实际范围。

细胞内的微生物

虽然克隆进化指的是癌细胞的进化，但癌细胞内微生物（如病毒、细菌和真菌）的存在可能要求克隆进化的多物种观点。长期以来，病毒一直与致癌有关，在它们直接导致致癌的情况下，甚至整合到癌症基因组中，它们成为遗传物质的一部分，在癌症中进化。最近的研究观察到细菌和真菌不仅存在于一些癌症细胞周围，而且它们也可以居住在它们内部，甚至表明大多数肿瘤内细菌都在细胞内，居住在癌细胞和免疫细胞中。

细胞内微生物可以改变宿主细胞的功能特性和适应性，从而促进克隆进化。它们可以增加癌细胞的适应性；例如，在结直肠癌中，核梭杆菌细菌与增加的致瘤性相关。梭杆菌阳性肿瘤移植到患者来源的异种移植模型中，而梭杆菌阴性肿瘤则没有，这种差异通过抗生素治疗被逆转。细菌可以抑制或引发免疫反应，例如，通过肽呈现，并且还可以介导癌症细胞对治疗的抗性，例如，通过将化疗代谢成无活性形式。人类乳头瘤病毒干扰多种肿瘤抑制机制并增加它们感染的肿瘤细胞的适应性。

因此，细胞内微生物可能以可预测的方式促进克隆进化，这可以在克隆进化模型中实现。细胞内细菌的异质性和局域分布导致了“微生物克隆内多样性”的概念，即相同遗传克隆的癌细胞的不同适应度取决于细胞内细菌的存在。然而，对于整合微生物在克隆进化中的作用，存在理论上的挑战。其中之一是这些微生物的传播方式。它们可以垂直传播，因此，只是代表受感染癌细胞的一个亚克隆，也可以水平传播，从一个细胞转移到另一个细胞。在第二种情况下，他们质疑癌细胞之间的树状遗传模式。此外，细菌本身可能经历自己的进化动力学。肿瘤内细菌代谢活性的生物信息学分析表明，细菌在肿瘤细胞和微环境形成的选择压力下生存。因此，各种选择过程可能作用于癌细胞谱系和微生物谱系。

因此，癌细胞的进化可能不是一个简单的细胞分支树，而是可能涉及分支之间的融合和传递（图3）。基因和非基因遗传可能不仅是垂直的，有时也可能是水平的。此外，克隆进化可能不仅涉及癌细胞，还涉及可能改变癌细胞适应性的细胞内细菌和真菌。这些机制挑战了当前克隆进化模型的理论功效，而不是癌细胞进化的实际参与程度。因此，它们为改进克隆进化模型的理论力量开辟了道路。

完善癌症理论

在“模型假设和局限性”一节中讨论的克隆进化模型的挑战和局限性表明了改进模型的机会。将重点关注克隆进化模型的四个潜在扩展：遗传的多样性和时间尺度超越遗传学，表型可塑性，进化的网状模式和克隆的概念。

继承和时间尺度

遗传是任何癌症进化理论的核心概念。没有某种遗传就不可能有进化。然而，继承的定义是松散的，它的定义受到的争论。已经提出了几种继承形式的分类。这包括内部和外部继承通道的区别。内部遗传包括通过细胞分裂（或细胞融合）传播的因素，如遗传和表观遗传。外部遗传包含每一个不通过细胞分裂传递的传递。内部遗传可以通过细胞谱系进行追踪，而外部遗传则不能。将遗传的遗传模型扩展到表观遗传模型是相对容易的，至少对于随机突变的表观遗传状态来说是如此。然而，内部遗传也可以延伸到遗传学和表观遗传学之外。研究非遗传和非表观遗传可遗传表型的一种方法可能是使用育种者方程式来量化这些表型的遗传力。通过测量癌细胞表型（在体外或体内）在不同时间尺度上的变化选择压力，癌症生物学家可以量化程度感兴趣的表型的遗传性。这可以解释两者内部和外部遗传模式，包括非（外）遗传细胞质遗传与生态位构建。注意这些可遗传性的测量取决于可遗传变异的程度在人口中。表型可以遗传，但会出现如果种群中不包括底物的变异，就不可能编码这种表现型。

癌症存在外部遗传，至少是通过生态位构建。在生物体和它们所改变的生态位之间存在一种共同进化的形式。这种共同进化可以在进化的正式模型中表示。当肿瘤细胞参与生态位构建时，通过激活成纤维细胞，招募免疫细胞，诱导血管生成和其他方式改变其微环境，它们产生一种外部遗传形式，改变了自身的选择压力，从而改变了它们自己的进化轨迹。这种外部继承的时间尺度可能很长。例如，即使在没有癌细胞的情况下，活化的成纤维细胞也可以通过自分泌循环、表观遗传改变甚至遗传改变来维持其促肿瘤表型。人们已经开始努力将生态学整合到克隆进化模型中，但考虑到生态位构建仍然具有挑战性。关于哪一种遗传更重要也有争论。一种观点认为，在代代相传的因素和代代相传的因素之间存在着因果不对称，前者在进化中具有更重要的作用，因为它们可以通过自然选择在很长一段时间内积累起来。然而，在癌症中，选择压力在非常不同的时间尺度上发生变化。在过去的几十年里，老龄化慢慢地改变了选择的格局。癌症的特征是转化所必需的，必须在肿瘤进展的时间范围内持续，这可能需要几十年的时间。短期形式的遗传不能有意义地促进这些长期的进化过程通过自然选择。然而，还有其他阻碍肿瘤进展的障碍，例如转移期间在循环中的生存，可能只需要克服几个小时或几天的时间。在这种情况下，从亲本细胞或生态位继承一些关键蛋白质，比如一群肿瘤细胞可以安全地通过血液，可能会持续足够长的时间，将肿瘤细胞运送到新的转移性微环境。同样，放疗和化疗等治疗方法对癌细胞施加强烈的选择压力，通常只适用于几代细胞，类似于细胞质遗传的时间尺度。对遗传克隆进化的关注只能部分捕获进化的短时间尺度事件，并且有几种途径可以帮助在这方面改进模型。一种方法是利用各种分子钟重建克隆进化。DNA、复制数量变异（CNVs）和单核苷酸变异（SNVs）主要随年份变化。CpG位点的甲基化具有比snv更快的时钟速率，尽管这些速率在基因组中可能因位点而异。其他表观遗传修饰组蛋白或改变细胞状态通过信号转导和过渡到新的吸引子状态在遗传调控网络可以迅速发生，可能需要他们自己的克隆进化模型中的分子钟。

未来的研究应该描述不同遗传机制的时间尺度（图4）。任何持续小于细胞寿命的表型变化都不能成为克隆进化的有意义的遗传特性。任何持续时间少于时间尺度上的选择压力对演化的影响不大细胞群对压力的反应。相比之下，机制产生表型变化的遗传会持续很长时间比选择压力更长的时间对a的响应是重要的人口对这些压力，只要有相关的变异细胞群。有解缠结的数学方法遗传的不同形式，包括遗传、表观遗传和生态产业。

图 4 不同时间尺度上的继承类型

表型可塑性

表型可塑性可以削弱基因型和表型之间的关系，降低表型的遗传力，从而抑制自然选择的影响。然而，表型可塑性本身可以是一种适应性表型，并且通过自然选择已经进化多次。至少有一个历史理论框架支持表型可塑性对遗传进化的贡献：鲍德温效应，即最初的表型调节后来通过遗传适应得到加强的过程。

Baldwin效应，在其简化形式中，指的是一个三步过程：

首先，一些个体通过表型可塑性来适应环境变化。这种表型可塑性的初始阶段允许一些个体避免灭绝。

其次，发生了一些基因变化在存活的种群中，使它们能够在新的环境中生存而不必付出表型可塑性的代价。

第三,这些由基因决定的表型受到自然的青睐选择并最终在种群中传播是因为它们达到了与表型可塑性个体相同或更适合的表型，而不必付出可塑性的代价，这可能是一个代谢要求很高的过程。因此，鲍德温效应是一个特例其中适应最初是个体的，不可遗传的成为遗传和选择。

一些研究提出了次生遗传选择的初始表型适应机制。例如，当暴露于EGFR抑制剂时，大多数EGFR突变的肺癌细胞会死亡，但有一些可以通过一种名为“持续程序”状态。复发克隆的测序和药物筛选从单个初始EGFR突变克隆的持久细胞发育而来揭示了异质性抗性机制的二次选择，表明存在鲍德温效应。同样地，它被观察到的时候，EGFR T790M耐药突变不存在在某些情况下，治疗可以从持久性细胞发展而来。持续程序细胞不需要处于静止状态。短暂接触长春新碱可以激活外排泵，保护细胞免受药物的侵害，让它们保持活跃的增殖状态这种激活是稳定的由表观遗传修饰遗传的，这种修饰后来可能稳定下来通过基因改变。

长期以来，鲍德温效应在进化生物学中一直被忽视，它只是一种“争取时间”的小现象，因此，它只在选择压力变化太快而导致传统的变异和选择过程无法产生适应的情况下才引起的兴趣。癌症正是其中一种选择压力可能迅速变化的情况（例如，治疗的开始），购买时间可能是一种关键的进化机制，可以纳入克隆进化模型。

网状、渐渗和开放谱系

细胞谱系通常被认为是一棵树，但正如“假设2：癌细胞谱系是一棵树”部分所讨论的那样，癌细胞融合可以发生，遗传也可以是水平的，线粒体、染色体外DNA、细胞片段（如膜）或细胞内细菌和真菌可能转移。这些过程都违反树假设并影响系统发育重建，因为细胞树不一定与基因树匹配（图3）。它还影响克隆反卷积的大量分析，因为水平基因转移和细胞融合违反了这些算法基于的许多假设。在一个细胞系中可能存在多个不一致的基因树，反映了基因通过所有这些独立的现象的不同流动。类似的谱系违反在原核生物中很常见，产生了网状进化的概念。网状结构导致许多人认为生命之树是一种歪曲。将进化描述为一个交错分支的网络或网可能更合适。已经开发了几种方法和使用，如无根树的一致性因子和多样性指数，并且已经开发了新的计算方法和统计来识别横向转移和分析系统发育网络。总的来说，围绕网状进化发展起来的修正进化论需要多层次的观点，有时也被称为整合进化，其中多个遗传世界有助于观察到的多样性。这些概念和计算工具代表了提高我们对克隆进化理解的机会。鉴于水平遗传转移可以为获得功能适应（如转移能力或多药耐药能力）提供进化捷径，因此评估此类网状事件在癌症进展中的意义并采用整合的克隆进化模型非常重要。

克隆多样性定量分析

将克隆作为肿瘤内异质性和癌症细胞进化的代表是基于两个隐含的假设：克隆内的细胞是同质的（克隆内同质性），并且与其他克隆的细胞不同（克隆间异质性），因此它们的数量反映了肿瘤细胞群的多样性。然而，正如方框1中所讨论的，这些假设可能是有争议的（图2）。如果我们使用突变来描述克隆（图2a），则有三个克隆，因此，三个相关的癌细胞群体具有不同的特征特征。然而，表观遗传学对克隆有不同的描述（图2b），它们的整合（图2d）表明存在超过三个相关的癌细胞群体。

可以测量克隆内同质性和克隆间异质性的程度。这可以通过测量任意两个细胞之间的距离以及任意表型或基因型测量的克隆之间的距离来完成。例如，在三种急性骨髓性白血病小鼠模型中，对条形码谱系内转录组多样性的测量发现，克隆显然不是均匀的，因为单细胞RNA测序经常显示细胞在表型空间上的覆盖，而不是紧密的集群。相比之下，另一项研究观察到人类黑色素瘤细胞系中条形码谱系内的克隆内高同质性和条形码谱系之间的克隆间异质性。单细胞基因组学分析也可用于测量克隆多样性。一项分析发现了证据，证明只有少数克隆的存在，克隆内部几乎没有变化，以及基于拷贝数对两个乳腺癌病例的分析，克隆之间存在很大程度的差异。相比之下，同一个研究小组在另外两例乳腺癌病例中发现在点突变中存在巨大的基因组多样性，这使得作者质疑克隆的概念，因为没有发现两个肿瘤细胞在基因上是相同的。

完全放弃克隆计数是可能的。因为它们是测量肿瘤中遗传多样性的结构和程度的代理，我们可以用表征多样性的其他方法代替克隆的计数。例如，如果样本之间的进化关系可以重构为一棵树，那么就会有各种各样的树统计数据，这些统计数据实际上可能比克隆的数量更敏感，更能代表遗传多样性。事实上，其中一些措施提供了种群动态和肿瘤内选择的信息。

结论

毫无疑问，体细胞经历了进化过程，包括遗传漂变和自然选择。它们获得可遗传的改变，其中一些影响它们的繁殖和生存。癌细胞进化的事实是在20世纪50年代意识到的，自21世纪以来进行了大部分研究。然而，进化过程在多大程度上解释癌症仍有争议。癌症进化理论在解释许多癌症现象和开发更好的干预措施方面的成功，清楚地显示了该理论的实用性。然而，同样清楚的是，非进化机制会导致癌症。该领域目前正在评估进化和非进化机制在癌症中各自的作用。然而，如果我们不清楚进化和非进化机制之间的界限，就无法做到这一点。今天有许多关于癌症的理论和模型，它们的整合极具挑战性。目前还不清楚哪些与进化论相容，哪些与进化论不相容。一般来说，其他癌症理论，如癌症干细胞理论，返祖理论和无法愈合的伤口理论，描述了体细胞进化的生物学限制和能力。为了解决这个问题，我们关注了进化过程的边界，区分了两种边界：理论边界和事实边界（图5）。

癌症进化动力学的事实边界超出了当前的理论，癌症的进化理论需要扩展，以考虑表型可塑性、可选择的遗传模式、水平基因转移、细胞谱系融合和更好的克隆多样性测量。关于这些现象以及它们在癌症中的相对重要性，还有很多有待发现。一个改进的癌症进化理论应该导致在我们的预测，预后和治疗癌症的改进。