HDOCK 蛋白蛋白对接软件使用；LZerD、pyDock、ClusPro网页在线对接

已于 2022-12-14 15:47:57 修改
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分类专栏： CADD/AIDD 文章标签： 蛋白对接
于 2022-12-13 17:14:38 首次发布
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本文介绍了如何使用HDOCK进行蛋白蛋白对接，包括离线命令行和在线网页版的操作步骤。同时，对比了LZerD、pyDockweb和ClusPro三种在线对接工具的使用过程和结果获取方式，以6BOY蛋白的DDB1-CRBN和BRD4部分作为测试实例。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

参考：
http://hdock.phys.hust.edu.cn/

注：本文章是取6BOY这蛋白，下载用pymol划分成DDB1-CRBN部分蛋白与BRD4部分蛋白，用这两个蛋白进行软件的对接测试

https://www.rcsb.org/structure/6BOY
在这里插入图片描述

一、HDOCK 蛋白蛋白对接软件使用

hdock支持蛋白与蛋白，也支持蛋白与核酸对接计算

1、离线命令行运行，linux端

1）首先需要申请
http://huanglab.phys.hust.edu.cn/software/hdocklite/
2）申请好后邮箱里会收到软件下载链接，然后下载即可

 wget http://huanglab.phys.hust.edu.cn/software/hdocklite/do******CKlite.tar.gz

3）解压

 tar zxvf HDOCKlite.tar.gz
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