2021-07-10 FindMarkers与AverageExpression 两个函数的差异

library(Seurat)
sce=ileum##ileum为创建的Seurat对象
dim(sce)
##[1] 17284  5301  行为基因名，列为细胞名
table(sce$seurat_clusters)

##  0   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16 
##629 571 415 367 364 359 336 262 259 259 230 226 219 163 153 149 132 
## 17  18  19 
##109  71  28 
##各细胞簇中细胞个数



table(Idents(sce))

 ##        Paneth              TA       Stem Cell      Progenitor 
 ##           109             259             219             913 
 ##Enteriendocrine          Goblet      Enterocyte              19 
 ##           71             281            3421              28 
 ##个细胞类型中细胞个数

av <-AverageExpression(sce, assays = "RNA") 
##计算各每个细胞类型中每个基因的平均表达量

操作结果说明： 

 计算各每个细胞类型中每个基因的平均表达量