circos 可视化手册- zooms 篇

最新推荐文章于 2021-01-06 20:45:00 发布
最新推荐文章于 2021-01-06 20:45:00 发布
阅读量500 收藏
点赞数
分类专栏： circos
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/106556281
版权
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!

在展示染色体信息时，如果想要重点展示其中某一段区域的信息，可以借助zooms来实现。zooms起到一个伸缩的功能，将原本的区域方法或者缩小。

配置文件写法如下：
在这里插入图片描述
zooms由多个zoom构成，每个zoom必须具备以下几个参数

  1. chr
  2. start
  3. end
  4. scale

其中chr, start , end这三个参数指定需要缩放的染色体区域，scale指定需要缩放的倍数。

看一个具体的例子：
在这里插入图片描述

在上面的示意图中，对染色体多处区域进行了缩放。其中对1号染色体上的部分区域进行了放大，对2号染色体上的部分区域进行了缩小。

1号染色体100-120Mb区域放大2倍，接下来的区域依次类推，分别放大了3倍， 4倍，5倍；对应配置文件的写法为

最低0.47元/天 解锁文章
生信修炼手册
关注
专栏目录
circos 可视化手册-line plot 篇
庐州月光的博客
11-08 2666
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! line plot在circos中的用法比较简单，示例如下： 对于折线图而言，调整外观的属性有以下4个 1. thickness thickness 控制线条的粗细 2. color color 控制线条的颜色 3. fill_color fill_color控制填充色，在折线的下方进行颜色填充 4. max_gap 在直线图中，会看到如下所示的分割线，ma...
circos 可视化手册-highlights 篇
庐州月光的博客
11-07 2284
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 通过ideogram和ticks这两个block, 我们能够把全部的染色体信息绘制成精妙的circos 图片，但是这些只是circos的基本功能，染色体只是提供了一个基础的坐标系统，重点是染色体上相关区域的数据如何展示。 Highlights这个block 提供了一种功能，高亮某个区域，高亮的意思就是用不同的颜色进行填充。比如将CpG岛区域进行高亮，可以直观的...
Circos从入门到精通
热门推荐
小猪打呼噜
09-12 2万+
Circos从入门到精通
CIRCOS教程翻译 1.5——histogram
浮生终有醒
03-25 3762
跟上篇几乎一样，主配置文件有变化，其他无变化： karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt chromosomes_units = 1000000 chromosomes_display_default = no chromosomes = /hs[1234]$/ chr1* = red chr2* =
CIRCOS教程翻译 1.3 ——染色体的变化
浮生终有醒
03-25 3381
继续翻译，这一节是染色体的分割模式，两个次要配置文件没有变化（ticks和ideograms），主文件变化为： karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt chromosomes_units = 1000000 chromosomes_display_default = no #不让其显示默认的24条染色体 chromosomes
{转载}circos绘图（2）
where is redhat
10-19 1041
https://wenlongshen.github.io/2017/03/22/Circos-2/ 本章主要对circos环图中最基本的元素进行设置，包括karyotype、ideogram、ticks等模块。 Karyotype Karyotype的信息就如同坐标轴一般，其大小、顺序、位置等直接决定了后续数据的展示。这里我们新建一个karyotype.conf文件用来设置karyotyp...
从零开始学CIRCOS绘制圈图(五)
xuzhougeng blog
07-31 2793
这一部分承接从零开始学CIRCOS绘制圈图(四)，对之前的布局进行调整，使结构更加适合于发表。 染色体的位置顺序 默认情况下是会显示所有的染色体，而且会先从ath1到ath5,然后从aly1到aly8, 那么如何调整顺序呢？ 需要设置的参数是chromosomes_order, 按照自己的需求调整位置。 chromosomes_order = aly8,aly7,aly6,aly...
circos 可视化手册- fonts 篇
庐州月光的博客
06-04 724
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在circos中，fonts, colors, patterns这3个系统内置的block, 通过同一个配置文件引入，写法如下 <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>> 这个文件的内容如下： 通过include, 将color, fonts, patterns对应的3个配置文件分别引入。 本章看下fonts相关的内容，etc/fonts.conf的部分内容如下： 文件内容为key = value
circos 可视化手册-tile 篇
庐州月光的博客
11-08 1066
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! tile用来展示基因组上区域的分布，和之前介绍过的highlight不同的是，这些区域在图中并不是位于同一层的。为了避免不同区间之间的重叠，tile会将有重叠的区域分布在不同的层，结合图片来理解一下这个概念。示例图片如下 染色体之外的部分，就是tile了。可以看到，每个tile位于一个圆环区域内，其中的基本单位是一个个的矩形方块，我们称为tile; 不同的矩...
circos- Session 1 Lesson 3 Changing ideogram scale
where is redhat
11-22 216
scale adjustment is defined in the circos.conf  using the chromosomes_scale parameter.  The syntax of the value for this parameter is :   chromosomes_scale = chr1 = 0,2 , chr2 =2 , chr3 = 10 .  which ...
使用biopython可视化染色体和基因元件
庐州月光的博客
01-06 2160
欢迎关注”生信修炼手册”!基因组结构元件的可视化有多种方式，比如IGV等基因组浏览器中以track为单位的展示形式，亦或以circos为代表的圈图形式，比如在细胞器基因组组装中，基因元件...
署名用by还是from_Circos系列3：用最简的方式呈现脑区之间的功能连接（二）
weixin_29699041的博客
12-03 782
本篇的内容是用一个案例对Circos进行学习和实践，并对一些基本信息文件和配置文件进行解读。提供的数据和要求与之前一期推送R语言系列2：如何用R绘制复杂且美观的热图完全相同，即表格里是一个90*90的矩阵，即90个脑区之间的功能连接矩阵，具体要求有：(1)将其中功能连接值大于0.8的正连接和小于-0.2的负连接进行可视化，要求正负连接可以区分，连接强度可以区分，左右半球可以区分；(2)按...
用circlize包绘制circos-plot
R语言中文社区
03-05 1万+
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/公众号：生信大讲堂往期回顾R语言可视化学习笔记之相关矩阵可视化包ggcorrplotR语言可视化学习笔记之ggrepel包R语言学习笔记之相关性矩阵分析及其可视化ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记ggplot2学习笔记系列之主
CIRCOS教程翻译 4.2——Margins
浮生终有醒
05-06 1301
边际？不知道在这一节是什么意思，不过可以从教程里面得知是控制ticks的宽度与缩放圈圈的范围： show_ticks = yes show_tick_labels = yes radius = dims(ideogram,radius_outer) multiplier = 1e-6 label_offs
circos 可视化手册- heatmap 篇
庐州月光的博客
11-08 3466
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! heatmap将一系列的数值映射到一个颜色梯度中，是最常用的图表之一。在circos中，通过plot这个block进行设置。用法如下： heatmap的数据和scatter plot, histogram是一样的，最少有4列内容。前3列定义染色体上的区域，第4列指定每个区域的value值，其他列可以是配置文件中的属性，示例如下 heatmap中的color...
circos 可视化手册-plots 篇
庐州月光的博客
11-08 3102
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 不论是highlights还是links,展示的都是染色体上某段区域的信息，在实际的数据中，除了区间信息外，还会有该区间对应的数据信息，比如测序深度等信息。对于这种信息，通常我们会通过散点图，折线图等图表来展现，在circos中，也有对应的功能，通过plots这个block ， 可以在数据映射到二维坐标系中，然后通过不同的图表类型来呈现。 plots需要的数据...
circos 可视化手册- colors 篇
庐州月光的博客
06-04 2406
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 颜色属性是circos中使用频率最高的属性，由colors这个block进行设置，默认的配置文件为etc/circos.conf。 在circos中，每种颜色都有一个唯一的name,通过这个name来调用该颜色值。配置文件中定义的就是各种颜色的值 在定义颜色值时，有一下3种方式 rgb hsv lch 上述三种方式对应三套不同的颜色体系，rgb对应RGB色彩模式，通过R(red), G(green), B(blue) 3原色的叠加来得到各种颜色，每个原色的取值范围为
circos 可视化手册- text 篇
庐州月光的博客
11-08 2388
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 不论是heatmap, 还是scatter, histogram, 反应的都是基因组上某段区域对应的value值的分布，这里的value都是数值。对于value是字符串的情况，专门定义了text这种图表类型，用于展示。 看一个text的实例 text在图上就是一圈的字符串标记，字符串可以添加连线，表明对应的染色体位置。 配置文件的写法如下： 首先看下fil...
circos 中堆积柱状图的画法
庐州月光的博客
11-08 2331
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在之前的文章，我们介绍了如何使用histograms来构建普通的柱状图，今天看下如何构建堆积柱状图。先来看一个堆积柱状图的例子 对应的数据如下： 和普通的柱状图相比，堆积柱状图只不过是第4列有多个value, 多个value 之间用逗号分隔。 配置文件的写法如下： 大部分属性和常规的柱状图是完全一样的，需要注意的是其赋值的写法。比如fill_color,...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值