如何绘制venn图

在日常中,我们常见的有很多绘制venn图的网站和脚本,在这里进行了一次总结:
绘制venn图的网站有:
1、https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
list1,2,3,4就是数据集的名称,可以直接输入基因的名称,该网站的优点是可以直接输入各个交集的基因,从图中直接点就可以了。
在这里插入图片描述2、https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
3、https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
4、http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9736766
使用R语言绘制venn图
准备数据,如下图所示,有几组就是几列
在这里插入图片描述绘制五个以下的venn图
导入数据,有表头就是header = T,没有表头即是header = F

data<-read.table('111.txt',sep='\t',header = F)

#1、绘制5个以下的venn图
#加载R包

library (VennDiagram)
venn.diagram(x=list(a=data$V1,
                                b=data$V2,
                                c=data$V3,
                                d=data$V4,
                                e=data$V5),
                         filename = "picture.png",
            		 height = 450, 
            		 width = 450,
             		resolution =300, 
            		imagetype="png", 
            		 col="transparent",
             		fill=c("red","green","yellow","darkorchid1","blue"),
             		alpha = 0.50, cex=0.45, cat.cex=0.45)

在这里插入图片描述#2、绘制6个及6个以上的venn图,俗称花瓣图

library(venn)
dataForVennDiagram=list(aa=data$V1,
						bb=data$V2,
						cc=data$V3,
						dd=data$V4,
						ee=data$V5,
						ff=data$V6)
venn(dataForVennDiagram, 
	 zcolor = "style", 
	 opacity = 0.25, 
	 cexil = 0.5, 
	 cexsn = 0.5, 
	 ellipse = FALSE)

在这里插入图片描述

############新增,推荐一个在线分析的生信工具######
免疫工具:http://www.sxdyc.com/singleCollectionTool?href-immune
在这里插入图片描述

R语言绘制Venn取交集基因时,可以使用VennDiagram这个包来完成。在调节标签位置方面,可以使用VennDiagram包中的set.label函数来调节。 首先,确保已经安装了VennDiagram包,并通过以下命令加载包: ```R library(VennDiagram) ``` 接下来,假设有两个基因集合A和B,我们可以使用以下代码生成一个简单的Venn: ```R A <- c("gene1", "gene2", "gene3") B <- c("gene2", "gene3", "gene4") venn.diagram( x = list(A = A, B = B), filename = "venn.png" ) ``` 上述代码将生成一个名为"venn.png"的Venn文件。 要调整标签的位置,可以使用VennDiagram包的set.label函数。该函数允许从以下位置之一选择: - "center":标签位于相应区域的中心。 - "above":标签位于相应区域的上方。 - "below":标签位于相应区域的下方。 - "horizontal":标签与相应区域水平对齐。 - "vertical":标签与相应区域垂直对齐。 以下是一个示例代码,展示了如何将标签位置设置为"above": ```R venn.diagram( x = list(A = A, B = B), filename = "venn.png", set.label = c("above", "above") ) ``` 上述代码将生成一个Venn,其中A和B的标签位于相应区域的上方。 请注意,通过调节set.label参数,可以自定义每个区域的标签位置。同时,还可以调整Venn的大小、颜色、边框等其他属性,以满足需求。详细的Venn绘制方法和参数设置可以参考VennDiagram包的文档和教程。
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