软件的安装:
sra-tools
fastqc
trim-galore
hisat2
htseq
multiqc
samtools
前两个是空白对照组,剩余六个,分别是经过三种不同处理的实验组。
原始数据的获取
用sra-tools中的命令preftech下载这八个原始数据
接下来,使用fastq-dump,将得到的sra文件转化为fastq文件,一边进行下一步的分析
liuzh/project/sra$ fastq-dump --gzip --split-3 -O ../fastq.gz/ ./SRR144023*
通过这一步,我们就得到了16个fastq文件,但是得到的却是:
结合在转化过程中出现的:
判定是网页注释出现问题,实则是SE数据
质检
接下来,对fastq文件做质检,用到了fastqc
质检得到了两个文件,一个压缩文件,一个是html的网页文件
我们可以通过网页文件观察各个样本fastq文件的各项指标,我们也可以通过multiqc软件去整合这8个样本的质检报告,得出一个综合的质检报告,这对于大批量数据的质检是非常便捷的
质控
用trim_galore进行质控,trim_galo