蛋白-小分子结构预测

1  蛋白-小分子对接

      靶点蛋白与小分子化合物复合物结构的精准预测对于苗头分子的发现与优化十分重要。当复合物结构已知时，就可以有的放矢，对小分子化合物展开高效的结构优化。平台的小分子对接工具提供了领域内公认的AutoDock vina以及自主研发的PS-Dock 作为对接引擎，并引入了深度学习模型打分函数，可提供靶点蛋白-小分子复合物结构的精准预测。平台内置了靶点库，输入靶点蛋白的序列、基因名称或结构等，即可选择对接位点进行计算， 获得复合物结构以及多种计算结合自由能打分。

2  虚拟筛选

      基于对接技术，平台进一步提供了虚拟筛选功能。平台内置了百万级别的小分子化合物库，输入靶点蛋白的序列、基因名称或结构等，即可选择对接位点进行虚拟筛选，可选择多个打分函数进行排序，获得可能的活性分子范围，极大减少实验筛选的工作量。

3  反向对接

       基于对接技术，平台进一步提供了反向对接功能。给定已知活性小分子，但其作用机制以及靶点未知时，就可以使用这个工具进行大规模的靶点筛选。目前平台内置了人类疾病相关的3000 多个靶点蛋白。值得注意的是，目前分子对接技术是半柔性对接， 靶点蛋白的结构是保持静止不动的。因此我们从pdb库中提取了每一个靶点关联的多个构象构建了两个靶点构象库，一个是包含8000余个结构的靶点代表构象库，一个是包含了40000余个结构的靶点所有构象库，供用户进行选择。通过多构象对接的设置，可以部分考虑靶点蛋白的柔性，提高靶点筛选的准确性。最终提供多个打分函数排序，以及复合物预测结构，为活性分子的靶点确定以及分子机制研究提供研究线索。

4   基于疾病、基于信号通路的对接

      平台内置了基于疾病的靶点集合，以及基于信号通路的靶点集合，也提供了用户自定义靶点集合的功能。选择特定的疾病或信号通路，或用户自定义的靶点集合，即可实现一键式多靶点对接，给出活性分子可能影响的疾病或信号通路的靶点蛋白，为机制研究提供线索。