sleuth:基于TPM值的差异分析

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kallisto等alignment-free转录本定量软件，会给出TPM值的定量结果。基于这种类型的结果进行差异分析时，有两种策略可以选择。

第一种是采用tximportR包，将结果导入到DESeq2种进行分析；第二种是直接采用sleuthR包进行差异分析。本章主要介绍sleuth的使用。

这个包的源代码存放在github上，链接如下

https://github.com/pachterlab/sleuth

github上的R包其安装方式比较特殊, 具体过程如下

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")
library(devtools)
install_github("pachterlab/sleuth")

首先从Bioconductor上安装依赖的rhdf5包，因为kallisto的定量结果为HDF5格式，这个R包用来读取数据，然后采用devtools这个R包，自动从github的源代码进行安装。

所有差异分析需要的都是定量结果和样本分组这两个基本元素，只不过不同的R包要求的格式不同。在sleuth中，将这两种信息存储在一个三列的数据框中，示例如下

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