基于功能预测数据下游分析的R包ggpicrust2

最新推荐文章于 2025-03-21 09:13:42 发布

刘永鑫Adam

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文章标签： r语言人工智能机器学习 python 深度学习

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjA4Njc1MA==&mid=2247507513&idx=3&sn=c105985388ee323ef235847a1c85da38&chksm=faba3488cdcdbd9e1e5d51a69b64ba19c46156a88d5ca2a10c20de0d5bbd98cfea22885891a6&scene=126&sessionid=0

版权

写在前面

总体来讲，作者这个R包提供了基因和功能的对应表格和函数，方便不了解功能的朋友进行尝试。其次提供了几种展示功能差异的可视化办法，作者尝试用组合图展示，尝试和大家已经有的东西区分开，这是一种有益的尝试。但是整理可视化效果和布局都有待进一步提升。但是值得大家进行尝试学习。

第一作者：
Chen Yang
仓库地址：
https://github.com/cafferychen777/ggpicrust2#citation
文章地址：
https://arxiv.org/abs/2303.10388
本文代码数据地址：https://github.com/taowenmicro/Rcoding/tree/main/ggpicrust2_%E5%8A%9F%E8%83%BD%E5%88%86%E6%9E%90

作者摘要

微生物组研究现在已经超越了对样本中微生物的组成分析。来自大规模人体微生物组研究的越来越多的证据表明，肠道微生物组变化的功能后果可能为研究其对炎症和免疫反应的影响提供更大的力量。虽然16S rRNA分析是最流行的一种成本效益高的方法，用于描述微生物组成，但标记基因测序无法直接提供社区成员基因组中存在的功能基因的信息。已经开发了生物信息学工具，利用16S rRNA基因数据来预测微生物组功能。其中，PICRUSt2已成为最流行的功能概况预测工具之一，可生成整个群落通路丰度。然而，目前没有最先进的推断工具可用于测试比较组之间通路丰度的差异。我们开发了ggpicrust2，这是一个R软件包，可进行广泛的差异丰度（DA）分析，并提供可出版的可视化。

安装R包

安装R包出现了lefser包的错误，所以这里我先安装这个依赖，然后再安装目标R包；

#--安装R包
BiocManager::install("lefser")
devtools::install_github('cafferychen777/ggpicrust2')

使用三人成师数据演示

数据内容全部放到github中，大家可以下载重复.下面这个代码是一个流程性的代码，一条解决全部问题，但是往往不容易弄清楚作者是怎么做的。所以这个运行结束后面还有逐条运行。

#--实例

library(readr)
library(ggpicrust2)
library(tibble)
library(tidyverse)
library(ggprism)
library(patchwork)
map <-
  read_csv(
    "./map_16s.csv"

  )
map$...1 = NULL

group <- "Group"
library(R.utils)
gunzip("./picrust2_out_pipeline/EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz", remove = TRUE)

daa_results_list <-
  ggpicrust2(
    file = "./picrust2_out_pipeline/EC_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv",
    metadata = map,
    group = "Group",
    pathway = "KO",
    daa_method = "LinDA",
    p_values_bar = TRUE,
    p.adjust = "BH",
    ko_to_kegg = TRUE,
    order = "pathway_class",
    select = NULL,
    reference = NULL 
  )

逐步运行差异分析—出图

这里使用了ALDEx2方法，还有一些其他方法，这里作者主要参考的NC上面14中差异方法，具体大家可以自己查看。

#If you want to analysis kegg pathway abundance instead of ko within the pathway. You should turn ko_to_kegg to TRUE.
#The kegg pathway typically have the more explainable description.
#metadata should be tibble.
library(readr)
library(ggpicrust2)
library(tibble)
library(tidyverse)
library(ggprism)
library(patchwork)
metadata <-
 map

kegg_abundance <-
  ko2kegg_abundance(
    "./picrust2_out_pipeline/KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv"
  )

group <- "Group"
#--进行差异分析
daa_results_df <-
  pathway_daa(
    abundance = kegg_abundance,
    metadata = map,
    group = group,
    daa_method = "ALDEx2",
    select = NULL,
    reference = NULL
  )

柱状图组合图可视化

这里注意，通路显著的数量较多的话，可视化不出来，所以这个工具现在不是很好用，后面作者应该会进行很多更新，但是目前有基于功能预测的进一步分析工具，作者已经在努力了，加油。

daa_sub_method_results_df <-
  daa_results_df[daa_results_df$method == "ALDEx2_Kruskal-Wallace test", ]

daa_annotated_sub_method_results_df <-
  pathway_annotation(pathway = "KO",
                     daa_results_df = daa_sub_method_results_df,
                     ko_to_kegg = TRUE)

Group <-
  metadata$Group # column which you are interested in metadata

# select parameter format in pathway_error() is c("ko00562", "ko00440", "ko04111", "ko05412", "ko00310", "ko04146", "ko00600", "ko04142", "ko00604", "ko04260", "ko04110", "ko04976", "ko05222", "ko05416", "ko00380", "ko05322", "ko00625", "ko00624", "ko00626", "ko00621")

热图和排序图展示

有这两个图形的演示，可以绘制。

#  展示组合柱状图和误差图#--------
daa_results_list <-
  pathway_errorbar(
    abundance = kegg_abundance,
    daa_results_df = daa_annotated_sub_method_results_df,
    Group = Group,
    p_values_threshold = 0.04,
    order = "pathway_class",
    select = NULL,
    ko_to_kegg = TRUE,
    p_value_bar = TRUE,
    colors = NULL,
    x_lab = "pathway_name"
  )

# 展示热图#---------
# Create example functional pathway abundance data
abundance_example <- matrix(rnorm(30), nrow = 10, ncol = 3)
rownames(abundance_example) <- paste0("Sample", 1:10)
colnames(abundance_example) <- c("PathwayA", "PathwayB", "PathwayC")

# Create example metadata
# Please change your sample id's column name to sample_name
metadata_example <- data.frame(sample_name = rownames(abundance_example),
                               group = factor(rep(c("Control", "Treatment"), each = 5)))

heatmap_plot <- ggpicrust2::pathway_heatmap(t(abundance_example), metadata_example, "group")#--展示排序图#---------
# Create example functional pathway abundance data
abundance_example <- data.frame(A = rnorm(10), B = rnorm(10), C = rnorm(10))

# Create example metadata
metadata_example <- tibble::tibble(sample_id = 1:10,
                                   group = factor(rep(c("Control", "Treatment"), each = 5)))

pca_plot <- ggpicrust2::pathway_pca(t(abundance_example), metadata_example, "group")
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