NBT | 宏基因组/转录组序列中鉴定质粒和病毒工具geNomad

在测序数据中识别和表征可移动遗传元件(质粒和病毒)对于理解其多样性、生态学、生物技术应用和对公共卫生的影响至关重要。2023年9月，发表于Nature Biotechnology的一项研究开发了geNomad，可同时识别和注释测序数据中的质粒和病毒序列的工具。geNomad作为一个分类和注释框架，结合来自基因和深度神经网络的信息来识别质粒和病毒的序列。geNomad使用超过200,000个标记蛋白质图谱的数据集来提供功能基因注释和病毒基因组的分类分配。其使用教程官网如下：https://portal.nersc.gov/genomad/index.html 。

#geNomad是一个从核苷酸序列中识别病毒和质粒基因组的工具。
#geNomad提供了最先进的分类性能，可用于快速从基因组、宏基因组或元转录组中找到可移动的遗传元素。
#1.geNomad的conda安装
conda create -n genomad -c conda-forge -c bioconda genomad
conda activate genomad
#或者pip安装
pip install genomad
#2.geNomad数据库下载
#如果第一次运行geNomad，需要下载geNomad的数据库，来执行病毒和质粒预测管道。
#geNomad依赖于一个数据库，其中包含用于分类序列的标记的配置文件、它们的分类信息、它们的功能注释等。
genomad download-database .
#3.geNomad使用教程
genomad end-to-end --cleanup --splits 8 GCF_009025895.1.fna.gz genomad_output genomad_db
#GCF_009025895.1.fna.gz为输入文件
#genomad_db为数据库
#参数设置
--cleanup #删除过程产生的中间文件
--splits #线程设置
#4.geNomad输出数据
genomad_output
├── GCF_009025895.1_aggregated_classification
├── GCF_009025895.1_aggregated_classification.log
├── GCF_009025895.1_annotate
├── GCF_009025895.1_annotate.log
├── GCF_009025895.1_find_proviruses
├── GCF_009025895.1_find_proviruses.log
├── GCF_009025895.1_marker_classification
├── GCF_009025895.1_marker_classification.log
├── GCF_009025895.1_nn_classification
├── GCF_009025895.1_nn_classification.log
├── GCF_009025895.1_summary
╰── GCF_009025895.1_summary.log
#5.参考文献
[1] Identification of mobile genetic elements with geNomad Camargo, A. P., Roux, S., Schulz, F., Babinski, M., Xu, Y., Hu, B., Chain, P. S. G., Nayfach, S., & Kyrpides, N. C. — Nature Biotechnology (2023), DOI: 10.1038/s41587-023-01953-y.
[2] https://portal.nersc.gov/genomad/index.html

参考文献：

[1] Identification of mobile genetic elements with geNomad Camargo, A. P., Roux, S., Schulz, F., Babinski, M., Xu, Y., Hu, B., Chain, P. S. G., Nayfach, S., & Kyrpides, N. C. — Nature Biotechnology (2023), DOI: 10.1038/s41587-023-01953-y.

[2] https://portal.nersc.gov/genomad/index.html

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