【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第5-6讲转录

taotaotao7777777

已于 2022-05-23 22:16:44 修改

阅读量3.1k

点赞数 8

分类专栏：分子生物学文章标签：深度学习人工智能机器学习

于 2022-05-09 18:21:56 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/zea408497299/article/details/124464842

版权

第5-6讲转录

文章目录

4. 转录 (transcription)

4. 转录 (transcription)

4.1. 中心法则 central dogma

在这里插入图片描述

DNA 是遗传信息的载体，它通过转录生成信使 RNA(mRNA)，翻译生成蛋白质的过程来控制生命现象。
蛋白质是基因表达的产物，基因表达主要包括转录和翻译两个基本过程，其中转录是基因表达的核心步骤。
转录：以 DNA 链为模板拷贝出一条与 DNA 链序列完全相同（除了 T→U 之外）的 RNA 单链的过程。

4.2. RNA 合成的特点

RNA 的合成是以反义链（模板链）为模板，以 5’→3’方向合成的，合成的 RNA 的序列是与 DNA 编码链（意义链）相同。
同在 DNA 中一样，形成磷酸二脂键 (Phosphodiester bonds)。

必需的成份：RNA polymerase , rNTPs, transcription factors, promoter & terminator/template
（1）RNA polymerase：
细菌 Bacteria：全酶 (Holoenzyme) α₂ββ’σω。一种核心酶和多种因子。
真核生物 Eukaryotes：三种 RNA 聚合酶

polymerase Ⅰ	nucleolus	28S, 18S, 5.8S rRNA
polymerase Ⅱ	nucleus	mRNA, snRNA
polymerase Ⅲ	nucleus	tRNA, 5S, snRNA

4.3. 转录与复制的区别

转录是以两条 DNA 链中的一条 DNA 链为模板合成 1 条 RNA 分子；而复制是以反向平行的两条 DNA 链为模板合成 2 条 DNA 分子。
在转录中 DNA 的解链是有限的、短暂的，只发生足够长度的链分离以便 RNA 聚合酶“阅读”DNA 模板；而在复制过程中两条 DNA 母链永久性地分开。
转录在化学和酶反应上类似于复制，但是不同于复制：
① 转录产物是 RNA （核糖核酸），复制产物是 DNA（脱氧核酸）;
② RNA 聚合酶催化反应不需要引物 (de novo 合成，从头合成 ）;
③ 错误率较高 (error rate: 10^-4)，因为没有 3’-5’外切酶活性；
④ RNA 产物不与模板链配对。
不同于 DNA 双螺旋结构，RNA 主要以单链形式存在于生物体内。
① RNA 分子能够形成分子内的碱基配对，形成局部的双螺旋和 假结 (Pseudoknot) 结构。

② RNA 的二级结构：
G:U 配对；
折叠成局部双链结构：hairpin, bulge, loop ；
RNA 的双螺旋结构类似于 DNA 的 A 构型（小沟宽而浅，大沟窄而深，相互作用蛋白的氨基酸不容易进入大沟）。

4.4. RNA 分类

RNA 分类

4.5. RNA 的功能

蛋白质合成
a. mRNA: 作为基因和蛋白质合成机器之间的中间体。
b.tRNA: 作为 mRNA 中密码子和氨基酸之问的接头。
c. rRNA: 发挥结构作用，如核糖体的重要组分。
作为遗传物质：某些病毒自我复制中的模板
作为调节分子
a. Small non-coding RNA 通过序列互补地结合并干扰某些 mRNA 的翻译。
b. snRNAs: 参与真核生物中 mRNA 前体分子的加工
As catalysts (ribozyme) 作为催化剂（核酶）
一些 RNA（包括核糖体的结构 RNA）是催化细胞中重要反应的酶。

4.6. 转录相关的关键术语

编码链（有意义链）、模板链（反义链）

编码链（coding strand）: 与 mRNA 序列相同的那条 DNA 链，或称有意义链 (sense strand) 。
模板链（template strand）: 根据碱基互补原则指导 mRNA 合成的 DNA 链，或称反义链（antisense strand）。
转录单元 ( transcription unit
)：是转录成单个 RNA的 DNA 序列，起始于启动子并终止于终止子。
转录起始位点 (Transcription start site) 是指与新生 RNA 链第一个核苷酸相对应 DNA 链上的碱基，通常为嘌呤 A 或 G。通常在起始核苷酸的两侧为 C 和 T (i.e. CGT or CAT)
启动子：是一段位于结构基因 5’端上游区的保守的 DNA 序列，能活化 RNA 聚合酶，使之与模板 DNA 准确地相结合并具有转录起始的特异性。
增强子
RNA 聚合酶 RNA polymerase 是转录过程中最关键的酶。
① 主要以双链 DNA 为模板，以 4 种核苷三磷酸 (rNTPs）作为活性前体。
② 需要 Mg²⁺/Mn²⁺为辅助因子。
③ 不需要任何引物（但是可以人为加一段已知序列的引物（带标记的）来转录，便于纯化）。
④ 以 5’→3’方向合成 RNA 链。
⑤ 缺乏 3’→5’外切酶活性。
⑥ 是一个含有多个亚单位 (multi-subunit) 的酶。
RNA 聚合酶需执行的功能：
(1) 识别 DNA 双链上的启动子；
(2) 使 DNA 变性在启动子处解旋成单链；
(3) 通过阅读启动子序列，RNA pol 确定它自己的转录方向和模板链。
(4) 最后当它达到终止子时，通过识别终止子停止转录。

4.7. 原核生物的转录

4.7.1 原核生物 (E.coli) 的 RNA 聚合酶全酶 α₂ββ’σω

大肠杆菌只有一个核心酶 Core enzyme α₂ββ’ω ，参与转录延伸。
σ 只与转录起始有关，通过使 RNA 聚合酶全酶与启动子紧密结合而启动转录。
所有原核生物基因都由相同的核心酶转录，基因特异性取决于 σ 因子，不同的 σ 因子结合的启动子位置不同。
RNA 聚合酶的 β 和 β’ 亚基具有 DNA 模板的通道。

4.7.2 原核生物的启动子结构 ★★★

在原核生物中，-10 区 和 -35 区 的距离约 16~19 bp, 过大或过小都会降低转录活性。这可能是与 RNA Pol 本身的大小和空间结构有关。
-10 区 (-10 box, Pribnow 区/框盒）
是由 5 个核苷酸组成的保守序列，是聚合酶结合位点，其中央大约位于起点上游 10bp 处，所以又称为 -10 区。
-10 box 特点：
① AT 较丰富，易于解链；
② 其保守序列为 TAtAaT，位于-10bp 左右，保守序列小写字母表示该碱基保守性略低；
③ 突变后会改变启动子效率；
④ 与 RNA pol 紧密结合形成开放启动复合体；
⑤ 使 RNA pol 定向转录。
-35 区的发现：研究发现，只有 -10 区 是不能结合 RNA 聚合酶的。从噬菌体的左、右启动子 P_L 及 P_R 和 SV40 启动子的 - 35 bp 附近找到了另一段共同序列：TTGACA。
35 box ( Sextama 盒 )
其保守序列为 TTGACa，与 -10 序列相隔 16-19bp。
为 RNA pol 的识别位点。
是 RNA 聚合酶与启动子的结合位点，能与 σ 因子相互识别而具有很高的亲和力。但不能被 RNA Pol 的核心酶识别，核心酶只能起到和模板结合和催化的功能。
原核生物启动子的共同特点
(1) 位置和距离都比较恒定，都在其控制基因的 5’端，常和操纵子相邻；
(2) -35 序列，-10 序列等特征序列都十分保守；
(3) 都含有识别 (R ) 、结合 (B) 和起始 (I) 三个位点；
(4) 直接和多聚酶相结合，与 σ 结合决定转录的特异性。
E. coli σ⁷⁰ 基因的一级结构
被含有σ⁷⁰ 的 RNA 聚合酶全酶识别的典型的大肠杆菌启动子

σ因子自身并不能与 DNA 结合，但与核心酶相互作用后暴露出σ因子的 DNA 结合域：β’ 亚基的氨基酸片段促进 σ因子与启动子 -10 框的非模板链的结合。
σ因子可以选择哪些基因将被转录：
σ⁷⁰ (RpoD)-“管家”σ因子/主要σ因子，转录生长细胞中的大多数基因。制造保持细胞存活所必需的蛋白质。
σ⁵⁴ (RpoN) -氮源缺陷应激σ因子
σ³⁸ (RpoS) -饥饿应激σ因子
σ³² (