实验篇——了解IGV-GSAman

星石传说

已于 2023-10-16 12:28:02 修改

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分类专栏：实验室——生信分析文章标签：服务器笔记学习

于 2023-09-26 18:31:59 首次发布

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该博客围绕基因结构注释信息的人工矫正展开。指出因生物基因组结构复杂、测序数据可能有误以及算法有局限性，基因结构注释常不准确，需人工矫正。介绍了所需文件，包括gff、gff.gsaman、bw文件，还提及简单了解了IGV - GSAman软件。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

实验篇——对基因结构注释信息进行人工矫正

文章目录

前言
一、为何要做人工矫正
二、所需文件
三、实操
总结

前言

基于GSAman这个软件对基因结构注释信息进行人工矫正，得到矫正后的gff文件。

一、为何要做人工矫正

首先，基因结构注释总是存在问题这个现象是普遍的：
因为生物的基因组结构非常复杂，基因结构注释依赖于基因组测序数据，而这些数据可能存在测序错误、组装错误或者缺失等问题，导致注释结果不准确。
并且算法总是有所局限性，无法对基因组的复杂性进行全面考虑等等原因。
这时候就需要我们人工进行手动矫正了。

二、所需文件

gff文件，gff.gsaman文件、bw文件

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

三、实操

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

总结

无，简单了解了一下IGV-GSAman这个软件。

上善若水。水善利万物而不争，处众人之所恶，故几于道。

– 2023-9-21 筑基篇

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