高分文章推荐。8+鞘脂代谢+预后模型+实验验证生信思路

今天给同学们分享一篇鞘脂相关基因在乳腺癌临床中的作用的生信文章“Exploring the role of sphingolipid-related genes in clinical outcomes of breast cancer”，这篇文章于2023年2月14日发表在Front Immunol期刊上，影响因子为8.786。尽管癌症研究取得了巨大进步，但乳腺癌(BC)仍然是一个主要的健康问题，并且是影响全球女性的最常见癌症。乳腺癌是一种高度异质性的癌症，具有潜在的侵袭性和复杂的生物学特性，针对特定亚型的精准治疗可能会提高乳腺癌患者的生存率。鞘脂是脂质的重要组成部分，在肿瘤细胞的生长和死亡中起着关键作用，并且越来越成为新的抗癌疗法的主题。鞘脂代谢（SM）的关键酶和中间体在调节肿瘤细胞和进一步影响临床预后方面发挥着重要作用。

图1 研究流程图

1. 单细胞测序数据分析

在单细胞数据集上，作者进行了质量控制。为了确认细胞样本的有效性，作者去除了一些细胞并限制了线粒体基因、核糖体基因和红细胞基因的百分比。测序深度和细胞内总序列表现出显着的正相关性。PCA还原图未显示细胞周期有任何明显变化。研究包含10个样本，其中每个样本的细胞分布基本保持不变。这表明对样品没有明显的批次影响，可用于进一步分析。随后，所有细胞都通过降维算法进行分类，即t-SNE分为19个更详细的簇（图2A）。有八种不同类型的细胞，例如成纤维细胞、单核细胞/巨噬细胞和肿瘤细胞（图2B）。AUCellR包用于确定每个细胞的SM活动，以探索SRG的表达特征。在表达更多基因的细胞中观察到更高的AUG值，这些细胞主要是橙色B细胞和浆细胞（图2C、D）。所有细胞都被分配了相应SRG的AUC分数，并根据AUC分数阈值分为两组（高鞘脂AUC组和低鞘脂AUC组）。为了阐明不同AUC分数的潜在生物学机制，作者进行了差异分析和功能分析，以确定与高和低鞘脂-AUC亚组之间的糖基化相关的DEG和途径。作者通过差异分析确定了1221个最有可能影响SM的基因。这些通路主要与氧化磷酸化、细胞凋亡、脂肪酸代谢和p53通路有关（图2E）。

图2 细胞亚群的注释和差异表达基因的鉴定

2. WGCNA分析

图3A显示TCGA和GEO队列独立，具有显着的批次效应。去除批次