小白如何挑选单细胞标记的marker基因？

单细胞研究正以前所未有的速度不断拓展和深化，从基础生物学到疾病诊断、药物研发等多个领域。通过单细胞测序技术，我们能够获取单个细胞的基因表达谱、表观遗传修饰等多维信息，还可以构建细胞图谱，揭示细胞类型的多样性和功能特异性。在这一过程中，挑选合适的marker基因是深入探究细胞异质性的关键一步。

对于初涉单细胞研究的小白来说，挑选marker基因虽然具有一定的挑战，但只要掌握了正确的方法和资源，就能逐步建立起自己的研究体系。一方面，丰富的数据库如CellMarker为我们提供了便捷的参考，海量文献也蕴含着宝贵经验；另一方面，各类先进的分析工具如Seurat可助力筛选。成功挑选marker基因，不仅能精准识别细胞类型，还将为揭示细胞功能、疾病机制等打开大门，引领我们走向单细胞研究的广阔前景。接下来介绍几个单细胞研究中最常用的数据库，供大家参考使用，助力大家的单细胞研究之旅更加顺畅。

一、医学方向

 ◆ 01 CellMarker 2.0 

2018年，哈尔滨医科大学李霞团队建设完成CellMarker数据库。2022年，CellMarker 2.0数据库升级版在期刊Nucleic Acids Research发布，新增一系列单细胞测序数据分析相关的功能。与旧版本相比，CellMarker 2.0除丰富了marker基因的数目和细胞种类外，最主要的是增加了scRNA参考文献的marker基因表格。当前版本收录了人类和小鼠共656个组织、2578种细胞类型和26915个细胞标记，还开发了6个在线小工具，功能包括细胞注释、细胞聚类、细胞分化和细胞通讯等。同时也新增来自10x Chromium、Smart-seq2、Drop-seq等48种技术来源的标记信息。CellMarker 2.0的最大特点是可以通过物种-组织-细胞来检索marker基因，同时也可以输入marker基因来获得细胞注释，即实现marker基因和细胞的双向检索。

• 数据库链接：http://117.50.127.228/CellMarker/

 ◆ 02 人类细胞图谱（HCA）计划 

HCA（Human Cell Atlas）致力于构建人类细胞的全面图谱，整合了来自全球多个研究机构的单细胞测序数据。该数据库不仅提供了详细的细胞类型特异性基因表达信息，还结合了细胞的空间位置等多维度数据。这使得研究者能够在更宏观的层面理解细胞在组织中的分布和相互作用关系，进而更精准地挑选marker基因。例如，在研究肝脏组织时，借助HCA可以了解不同区域肝细胞以及肝内其他细胞类型（如胆管细胞、星状细胞等）的基因表达特征，为肝脏疾病的