【DoubletFinder】predicts doublets in single-cell RNA sequencing data

DerekRusso

已于 2022-11-07 09:26:38 修改

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分类专栏：单细胞pipeline 文章标签： r语言

于 2022-04-29 09:46:59 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/DerekRusso/article/details/124488364

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DoubletFinder是用于预测单细胞RNA测序数据中双倍体的工具，它包括四个步骤。主要参数包括：处理过的Seurat对象、统计显著的主成分数量、生成的人工双倍体比例、用于计算pANN的PC邻域大小以及pANN阈值。该方法适用于未整合的scRNA-seq数据，并且在去除低质量细胞群后效果更佳。

摘要由CSDN通过智能技术生成

remotes::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')

DF共分成四步：

需要输入的参数：

（1）seu ~ fully processed seurat object (i.e., after NormalizeData, FindVariableGenes, ScaleData, RunPCA, and RunTSNE have all been run)

（2）PCs ~ The number of statistically-significant principal components, specified as a range (e.g., PCs = 1:10)

（3）pN ~ This defines the number of generated artificial doublets, expressed as a proportion of the merged real-artificial data. Default is set to 25%

（4）pK ~ This defines the PC neighborhood size used to compute pANN, expressed as a proportion of the merge

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