成分—靶点网络构建

目录：

1.准备好网络文件

2.准备好属性文件（放同个xlsx也无所谓）

3.导入Cytoscape软件（开源）

1.网络文件：

将多个成分（mol_ID）和对应的靶点（gene symbol）汇总成一个表（如下图）。

研究多肽，成分就是多肽序列，靶点是SwissTargetPrediction里预测到的靶点。

2.属性文件：

一个表格，一列是条目，一列是条目对应的属性（如下图）

成分和基因去重后放进Term列，在Type列里输入属性。

3.导入cytoscape：

①将网络文件导入cytoscape：

 点击导入表格图标（框①），选择网络文件的sheet（框②），将成分定义为节点（箭头③），将基因定义为靶点（箭头④）

②将属性文件导入cytoscape：

 点击导入表格图标（框①），选择属性数据所在的sheet（框②），最后确定。

效果是右下窗口会多出属性列。

③调整和保存：

调一调吧，调调布局（Layout），进行选中（Filter），进行颜色，形状，大小的调整（Style）

算调整好的成分（多肽）—靶点（基因）网络图：

 如下图是文献里出现的成分—靶点网络图：

 

 成分（橙色块）是三个肽段（P1、P2、P3），靶点（蓝色块）是对应的能作用的基因名（Symbol）。

参考视频：

中药复方网络药理学：6. 单味中药成分及靶点网络构建_哔哩哔哩_bilibili