教程学习：Introduction to Structure Preparation and Visualization

0、写在开始：

这个教程介绍如何准备配体和蛋白结构，这是建模工程必要的第一步。

教程的组成：

• 建立项目和导入结构
• 准备蛋白质结构
• 准备配体结构
• 可视化蛋白质-配体复合物

1、建立项目和导入结构：

打开Maestro

点击File>Change Working Directory调整工作目录

点击File>Save Project As>修改文件名为FXa，点击Save #新建一个名为FXa的prj项目

点击File>Import Structures #导入目录下的结构

点击File>Save Checkpoints #对当前项目状态进行保存

分子结构可以是pdb格式。导入的结构可以在Entry List栏目中查看，也可以在Project Table栏目中查看（按Ctrl+T）打开。

点击File>Get PDB>PDB ID中输入1fjs>点击Download

#1FJS就会导入到Workspace中

通过从网络中下载的方式导入pdb结构。

2、准备蛋白质结构：

从PDB、vendors或其他资源获得的结构文件一般缺乏必要的消息，对于执行建模相关的任务。比如，缺乏H原子、部分电荷、侧链或者部分二级结构。

为了顺利进行建模工程，使用Protein Preparation Wizard来解决常见的结构问题。

在 "导入和处理（Import and Process）"选项卡中，默认勾选了推荐的最小处理任务。根据您的结构需要，还可以选择填充缺失的侧链和/或环路。

在 "审查和修改（Review and Modify）"选项卡中，您将看到复合物的所有组成部分： Chains（链）、Waters（水）、Ligands（配体）和Hets（连接体）。您可以在此选择保留或删除复合物中的哪些成分。

“细化（Refine）”选项卡允许对PDB结构进行更详细的修改。氢键分配（H-bond assignment）部分用于优化氢键网络--该过程采样水取向，并在指定 pH 值下翻转 Asn、Gln 和/或 His 侧链。调整pH值将相应改变残基和配体的质子化状态，如果您希望准确反映实验条件，调整pH值将非常有用。限制最小化部分可解决添加氢或填充缺失侧链时可能发生的冲突。默认情况下使用 0.3 Å 的 RMSD，通过谐波惩罚（harmonic penalty constraints）约束最小化氢原子和重原子。也可以选择只最小化氢原子。

在打开的Protein Preparation Wizard弹窗里，点击Preprocess按钮，就会对导入的蛋白结构进行默认配置的优化（过程需要点时间）。

结束后出现一个报告弹窗，列出结构中存在重叠的原子，点击OK，重叠的原子会得到修正。

 在Protein Preparation Wizard点击Review and Modify更换栏目：

点击Chain Name中的L>点击上方按钮Delete进行删除 #L链结构会被删除
shift+左键选择A链中的所有水分子>点击Delete #对A链中所有水分子进行删除
shift+左键选中A链中的所有GOL>点击Delete #对A链中所有丙三醇配体进行删除

勾选Het面板中配体的不同状态，配体的构象会自动更新在workspace中，下方的红字也会显示不同质子化状态下配体的惩罚分数，明显在S2状态下，配体的惩罚分数最低，为0.03Kcal/mol。

 现在进入下一个栏目Refine。

 在Entry list中，对1fjs-minimized结构进行重命名为1FJS-prepared，在current selection区域 中也会同步改名。

3、准备配体结构：

使用的配体是pdb文件中附带的同源配体（cognate ligand）

以下的步骤将介绍如何用LigPrep模块来准备配体数据集。

配体文件通常来自多个数据库，例如vendors、PDB或pubchem。要考虑到配体可能是1D、2D的结构，且有着未标准化的化学属性。

在一个虚拟筛选之间，配体要转化为3D结构，且将其化学属性进行适当的标准化和推断（standardized and extrapolated）。

在Entry List中>右键1FJS-prepared

选择Split>Into Ligands，water，Other

#在Entry List中将会出现新的Entry

仅让配体处于Include状态（在workspace中仅展示配体）

点击Tasks> Browse > LigPrep #打开LigPrep面板

 任务结束，在Entry List中会出现新的entry（配体不同的同分异构状态）

按住Ctrl+T打开Project Table面板，点击Tree可以查看不同Entry的属性信息。

4、可视化蛋白-配体复合物：

配体的修饰：

让1FJS-prepared处于Include状态。
按下键盘上的L #workspace会聚焦于配体

在Quick Select中点击L  #workspace中组成配体的原子会被选中

点击Style按钮

选择“ball and stick representation”来展示配体

点击Color Atoms按钮右侧的箭头>选择Element+Custom Carbons>下方色盘中选择橙色
#配体的碳原子会用橙色来修饰

 蛋白的修饰：

在Quick Select中点击P #workspace中的蛋白分子会被选中

按下键盘上的Z，workspace会聚焦到选中的结构

在Style按钮中，点击Ribbons，蛋白将会用这个模式修饰

对相互作用的修饰：

在workspace的右下角可以打开interaction面板

接触/冲突（contacts/Clashes）的阈值设置为0.89表示不好（bad），0.75表示难看(ugly)。这些值对应于两个原子之间的距离与它们的范德华半径之和的比率。

对活性口袋的可视化：

在Quick Select中点击Binding Sites #组成活性口袋的残基会被选中

点击Style>点击Surface #在workspace中出现一层覆盖活性口袋的膜

在entry list中include状态下的entry右侧会有个“s”按钮

#点击对surface进行调整

在workspace中对surface右键点击

对出现的栏目选择display Option...

在color scheme中，将constant换成electrostatic Potential

设置数值范围为-0.1~0.1

点击OK #surface的颜色将会根据口袋的静电势能进行变化

 生成一个2d相互作用图：

点击偏好工具箱（Favorites toolbar）中的Ligand Interaction，可以生成2D图

检查栏目中sync with 3D有无勾选，选中后，随workspace中的位置变化，2d图也会相应变化。

点击File>save screenshot对图片进行保存为png格式

对结构进行移动、旋转：

alt+右键： 移动

alt+左键：旋转

ctrl+右键：可以决定显示的多少（结构会从周围向中心模糊）

ctrl+左键：选择

对3D图进行保存：

worksapce >Save Image As #打开保存图片的面板

点击Option>>

检查transparent background和dpi #检查透明背景和dpi（一般300）

修改文件名，点击Save #默认保存png到工作目录下