年末3篇ChIP-seq文章连发，做ChIP认准爱基百客

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年末爱基百客ChIP-seq项目再传喜讯，3篇项目文章连发。涉及物种有微生物、植物和海洋生物。

文章一

CtrA activates the expression of glutathione S-transferase conferring oxidative stress resistance to Ehrlichia chaffeensis

发表单位：南开大学

发表日期：2022年12月12日

研究期刊：Front. Cell. Infect. Microbiol.（IF:6.073）

研究材料：查菲埃立克菌

2022年12月12日南开大学生命科学学院程志晖团队在Front. Cell. Infect. Microbiol.（IF:6.073）发表题为“CtrA activates the expression of glutathione S-transferase conferring oxidative stress resistance to Ehrlichia chaffeensis”的研究论文。该研究利用ChIP-seq研究Ehrlichia chaffeensis查菲埃立克菌CtrA在氧化应激中利用GSH的机制。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。实际上，除了这篇文章，爱基一直和程老师团队保持合作关系，差不多是一年一篇ChIP-seq的节奏。

病毒/病原菌侵染宿主的，勿需分离。爱基可以直接进行混样ChIP实验，一样可以进行病毒/病原菌蛋白结合DNA的分析。做ChIP选爱基百客。

摘要

查菲埃立克菌，人单核性埃里克氏病的病原体，是一种革兰氏阴性的强制性胞内细菌，它在人类单核细胞和巨噬细胞中感染和繁殖。宿主免疫细胞在感染时产生活性氧以消除Ehrlichia chaffeensis（查菲埃立克菌）。查菲埃立克菌的全局转录调控因子CtrA激活GshA和GshB表达，产生最有效的天然抗氧化剂谷胱甘肽，在氧化应激反应中对抗ROS损伤。然而，查菲埃立克菌利用GSH的机制尚不清楚。在这个研究中，作者他们发现在查菲埃立克菌中CtrA在氧化应激时激活谷胱甘肽 S-转移酶的表达，而GST利用GSH消除ROS，对E.chaffeensis具有氧化应激抗性。作者利用ChIP-seq技术发现CtrA与211个基因的启动子区域结合，包括gst。然后，作者利用EMSA验证了发现。总的来说，作者的研究结果证明E.chaffeensis的CtrA调控GSH的利用，其在抗氧化应激中发挥着关键作用，并有助于开发HME的新疗法。

文章二

Inferring regulatory element landscapes and gene regulatory networks from integrated analysis in eight hulless barley varieties under abiotic stress

发表单位：省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室

发表日期：2022年12月20日

研究期刊：BMC Genomics（IF:4.547）

研究材料：大麦

2022年12月20日，省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室在期刊BMC Genomics（IF:4.547）发表题为“Inferring regulatory element landscapes and gene regulatory networks from integrated analysis in eight hulless barley varieties under abiotic stress”的研究论文。该研究利用WGBS、ChIP-seq和RNA-seq技术构建不同大麦品种在4种非生物胁迫下的表观调控景观，为大麦胁迫响应提供了很多数据资源。爱基百客为该研究提供WGBS和ChIP-seq的技术支持。

摘要

顺式调节元件在抗性育种中变得越来越重要。通过重测序发现了许多DNA变异。研究DNA变异与顺式调节元件之间的联系是基础工作。顺式调节元件中的DNA变异一般会导致表型变异。作者利用WGBS、ChIP-seq和RNA-seq技术对8个无壳大麦品种在4种非生物胁迫下的调控元件景观进行分析。作者从8个品种的甲基化组数据中发现了231,440个低甲基化区域（LMRs）。LMRs主要分布在基因间区。通过甲基化程度与表达水平的相关性分析，鉴定出97,909对增强子-基因对。从耐受特异性的LMRs中识别出许多丰富的motif。筛选干旱胁迫的关键转录因子，从干旱胁迫增强子-基因对数据推断转录因子调控网络。预测出NAC转录因子靶向TCP、bHLH和bZIP转录因子基因。作者推断H3K27me3修饰区域与LMRs重叠超过了H3K4me3。LMRs中单核苷酸多态性的变异比基因组的剩余区域更丰富。表观遗传调控是生物体适应复杂环境的重要机制。通过对DNA甲基化和组蛋白修饰的研究，作者发现在无壳大麦非生物胁迫中增强子和转录因子发生了许多变化。例如，包括NAC在内的转录因子可能发挥重要作用。这丰富了大麦胁迫响应的分子基础。

文章三

MITF Contributes to the Body Color Differentiation of Sea Cucumbers Apostichopus japonicus through Expression Differences and Regulation of Downstream Genes

发表单位：中国科学院海洋研究所

发表日期：2022年12月20日

研究期刊：biology（IF:5.168）

研究材料：刺参

2022年12月20日，中国科学院海洋研究所孙丽娜团队在期刊biology（IF:5.168）发表题为“MITF Contributes to the Body Color Differentiation of Sea Cucumbers Apostichopus japonicus through Expression Differences and Regulation of Downstream Genes”的研究论文。该研究利用ChIP-seq探讨了MITF调控刺参体色分化的机制。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。

摘要

刺参是一种具有生态意义的棘皮，具有重要的营养和治疗价值。刺参的颜色变化是其最重要的栽培性状之一，因为颜色影响其生物活性成分、味觉和市场价格。MITF是无细胞发育和黑色素合成途径中最关键的基因之一。然而，MITF是如何调节海参的体色和分化的，目前尚不清楚。在这里，作者分析了MITF在白、紫色和绿色海参中的表达水平和位置，并通过ChIP-seq鉴定了MITF调控的基因。作者的研究发现表明MITF通过下游基因的差异表达调控海参绿色、紫色和白色的体色分化。这些发现为研究人员进一步研究海参体色发育的过程提供了基础，并为基因是如何被调控提供了依据。研究结果也将为海参育种提供支持，并为海参产业的发展提供有益的理论基础。

爱基百客在表观领域深耕多年，ChIP-seq一直是我们的王牌产品，有丰富的项目经验。另外，我们还有WGBS、ATAC-seq、Hi-C等表观产品。不论到单一技术，还是联合分析我们都可以提供技术服务，有需求的老师欢迎来勾搭哟~

◆ 关于 ChIP-seq 产品 ◆

将染色质免疫共沉淀与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。