TRRUST:实用的转录因子-靶标基因调控数据库

转录因子是转录调控中的主要反式作用因子。因此，阐明TF-靶标相互作用是理解复杂特征（疾病、生长发育等）背后的调节回路的关键一步。前面我们分享了动物转录因子数据库AnimalTFDB v4.0 以及植物转录因子数据库PlantTFDB 。

在这里，今天接着给大家介绍一下TRRUST数据库，全称Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining。它是人工注释的转录调控网络数据库，TRRUST不仅包含转录因子对应的靶基因，也包含了转录因子间的调控关系。所提供的TF-target互作信息能够避免TF-target互作信息假阳性高。

TRRUST目前包括两个物种：人和小鼠，分别包含800个人类TF和828个小鼠TF的8,444和6,552个TF目标调节关系。它们源自11237篇发表的文章，其中描述了转录调控的小规模实验研究。TRRUST数据库还提供调节模式（激活或抑制）的信息，已知有8,972个调控信息，占比59.8％。

数据库文章发表在Nucleic Acids Research；题目为：TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions作者使用MeSH词汇查询、不断改进的sentence-based文本挖掘算法，加之挖掘后仔细的人工校对，保证了该数据库中的TF-target调控互作都是经过实验验证的。目前该数据库收录了已经报道的人和小鼠的6552对TF-target调控信息。

• TRRUST：http://www.grnpedia.org/trrust/

TRRUST使用教程

打开网页主页，可以发现主要分为三个部分。第一部分是ABOUT TRRUST，点击“About TRRUST”即显示当前页面，展示了TRRUST数据库的基本信息。点击“Download”，页面跳转到如下，用户可以下载TRRUST数据库所收录的人和小鼠的所有TF-target调控关系对。

接下来重点介绍TRRUST的SEARCH模块。

1、可以在红色框内选择物种人/小鼠；然后选择想要查询的转录因子。我们以人的SOX9转录因子为例。

点击提交得到3部分结果：

1.Targets and TFs ：该转录因子（SOX9）靶向的基因，以及其他哪些转录因子调控该转录因子（SOX9）

2.Other TFs that share targets ：该转录因子（SOX9）协同其他转录因子之间的蛋白质-蛋白质相互作用网络

3.Associated diseases/pathways ：与该转录因子（SOX9）相关的疾病/途径

第一部分结果由图可以看出 AMH、AR、BEST1、CDK4都基因都受SOX9调控，还可以点击下载按钮把这些SOX9靶向的基因下载下来。

还可以得到CEBPZ、CREB1、GLI1等这8个转录因子调控SOX9

第二部分展示的与SOX9共享靶基因的其他TF列表，以及SOX9协同TF之间的蛋白质相互作用网络。

第三部分展示的是与转录因子SOX9相关的疾病/通路，包含有疾病相关通路、KEGG相关通路以及GO terms分析。

另外还可以搜索非转录因子蛋白，以人的CDKN1A为例。

点击提交可以得到有哪些转录因子调控CDKN1A

除了查询单个基因的调控情况，还可以提交一组功能/途径/表型的基因进行查询。以网站中的示例人类乳腺肿瘤中ESR1敲低引起的DEGs。

点击提交得到这一组差异基因的调控关系，结果会展示有效查询基因，无效查询基因以及查询TRRUST（12）中包含的基因及其表格。

我们可以看到ESR1转录因子在这一组基因中靶向6个基因；而且会展示对应的p值以及FDR值。点击# of overlapped genes中这6个基因。可以得到ESR1靶向的这6个基因的具体信息以及靶基因的GO描述。

总结一下，通过TRRUST我们可以得到人和小鼠某一基因的调控关系，还可以得到一组基因中的关键转录因子。数据库还提供了下载链接，可以得到完整的数据信息。

今天的介绍就到这里了，只有更加清楚的了解转录因子的调控关系，才能更好阐明我们所要研究的疾病、发育等表征。做转录因子相关验证可以找爱基百客做ChIP-seq、IP-MS、DNA pull down等相关实验，有相关问题可以及时和我们沟通哦。