木本植物泛基因组文章盘点和解析

基因组包含了生物体的全套遗传信息，研究中通常会将一个物种中重要的品系或者最先测出的基因组作为参考基因组，并以此为基础进行个体或群体水平的遗传变异分析。然而， 由于地域、环境等因素的影响，同一物种内的不同个体间存在着丰富的遗传变异，来自单一个体的参考基因组难以覆盖物种群体的遗传多样性[1]。

以植物为例，栽培作物与其野生祖先相比，长期强烈的人工选择导致了严重的遗传瓶颈，栽培品种的遗传多样性显著降低。而作物的参考基因组常常来自栽培品种，显然无法代表野生种丰富的遗传变异，限制了对作物进化和驯化历史的深入研究[1]。鉴于参考基因组的局限性，研究者提出了泛基因组（Pan-genome）的概念。泛基因组自提出以来广泛用于细菌和动植物的研究，PubMed相关的研究报道逐年增长，并且多次登顶CNS级别的文章。

PubMed收录的与泛基因组有关的文章

木本植物不仅是我们生态系统的重要组成部分，同时也是许多经济作物的基础，比如苹果、柑橘、茶树等。本期，我们将深入探讨木本植物泛基因组研究的最新进展，通过汇总分析已发表的文章，展示这一领域的科研成果及其对我们泛基因组研究的启示。

 文献案例 

文献一：茶树泛基因组技术的基因挖掘与基因组学辅助育种

Gene mining and genomics-assisted breeding empowered by the pangenome of tea plant Camellia sinensis

• 发表单位：中国农业科学院深圳农业基因组研究所

• 发表期间：Nature Plants

• 发表时间：2023

• 材料选择：22个茶树品种(18个测序组装，4个来自已发表数据），品种来自三类：17个中华种（C. sinensis var. Sinensis,CSS），4个阿萨姆种（C. sinensis var. Assamica,CSA），1个白毛茶（C. sinensis var. Pubilimba,CSP），组织选取幼叶；

• 测序策略：PacBio（平均53×）+Hi-C+RNA-seq

• 生物学问题：研究主要关注茶树叶色差异（叶绿素、类黄酮、花青素等）、芽期、香气（儿茶素）等多个重要农艺性状相关的遗传变异，为茶树基因挖掘和分子育种提供了重要参考。

• 组学技术：转录组+非靶向代谢组（已发表数据）