项目文章 | Dev Cell 陕西师范大学研究团队发表棉花纤维发育中的作用及调控机制

近日，陕西师范大学肖光辉课题组在期刊Developmental Cell（IF=10.7）发表题为Strigolactone promotes cotton fiber cell elongation by de-repressing DWARF53 on linolenic acid biosynthesis的文章，本研究利用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq、Y1H/Y2H、Dual-LUC、EMSA等技术方法探究GhD53在棉花纤维发育中的作用及调控机制。爱基百客为该研究提供DAP-seq的技术支持。

研究背景  

细胞伸长是植物生长的基本细胞过程，对器官发育和生长至关重要。棉花纤维作为研究植物细胞伸长的优秀模型，其发育包括起始、伸长、次生细胞壁合成和成熟四个阶段。陆地棉纤维具有重要商业价值。随着对棉花基因组认识的增加，通过基因手段改善棉花纤维特性变得更加可行。植物激素在植物生长、发育和对外部刺激的响应中起关键作用。独脚金内酯（SL）在调节植物生长和发育中具有重要地位，它对花青素积累、根系结构、叶片发育、花大小、株高以及对干旱、耐热、耐寒和缺磷的适应等都有影响。其生物合成途径已明确，感知依赖于特定蛋白，且通过一系列蛋白相互作用调控相关基因表达。然而，大多数研究是从宏观表型角度，其在植物细胞发育中的作用仍不清楚，且对其介导的信号通路的理解滞后于生物合成途径，虽然已知SL促进纤维细胞伸长，但SMXL/D53在SL调节的细胞伸长中的精确作用和调控机制仍不清楚。

 研究思路 

通过对GhD53基因的表达分析、亚细胞定位分析以及构建转基因植株等方法，研究GhD53对棉花纤维细胞伸长的影响。利用染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）和RNA测序（RNA -seq）等实验技术，分析GhD53的靶基因，以及SL对GhD53调控的影响。通过酵母单杂交、双荧光素酶报告基因检测、电泳迁移率变动分析（EMSA）等实验，研究GhD53与转录因子GhSLRF的相互作用以及对靶基因的调控机制。

  研究结果 

1. GhD53通过抑制亚麻酸生物合成抑制棉纤维细胞伸长

在棉花(Gossypium hirsutum, Gh)中，存在六个不同的D53基因。对棉花和拟南芥D53基因的系统发育分析表明，GhD53-5和GhD53-6的关系最近，而GhD53-1和GhD53-4较近。这些GhD53基因中的四个（GhD53 -3、-4、-5、-6）在胚珠和纤维发育阶段都表现出较高的表达。在这些GhD53变体中，只有GhD53-6具有与其自身启动子结合的能力，并对其自身转录进行负调控。此外，在合成独脚金内酯类似物rac-GR24（GR24）处理后，GhD53-6蛋白积累减少。作者后续选择了GhD53-6进行进一步研究。烟草亚细胞定位实验结果证实GhD53蛋白主要定位在细胞核内。GhD53基因在棉花纤维发育的关键阶段（DPA10-20）表达量最高；然而随着棉纤维生长，GhD53蛋白的积累逐渐减少。为了进一步了解GhD53对棉花纤维发育的影响，作者构建了GhD53-OE植株和GhD53-RNAi植株（图1A，1B）。GhD53的过表达植株中棉花球重量、成熟纤维长度、植株高度和种子重量均出现降低（图1C-F）。GhD53–RNAi植株对应出现相反的表型。

此外，研究观察到过表达GhD53减弱了GR24对