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RSS订阅原创 Trends Pharmacol Sci综述|衰老表观遗传调控及干预的研究进展
衰老是一个复杂且不可避免的生物学过程，表现为机体功能随时间逐渐下降，并伴随多种慢性疾病（如心血管疾病、神经退行性疾病和癌症）的风险显著上升。近年来，随着全球人口老龄化趋势加剧，深入理解衰老机制并开发有效的干预策略已成为生命科学和医学研究的核心议题之一。表观遗传调控作为其核心机制之一，通过DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA修饰及非编码RNA等多种方式动态影响基因表达，驱动细胞衰老、组织退行及慢性疾病的发生。系统解析表观遗传调控在衰老中的作用机制，不仅有助于揭示衰老的本质，还将为开发基于表观遗传的衰老评估工具和干
2025-11-18 10:10:27
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原创 如何用植物-微生物互作研究植物非生物胁迫？| 非生物胁迫专题
通过四组学数据构建的跨域网络分析揭示，海藻糖生物合成途径丰度的显著增加和糖转运蛋白SWEET基因的表达分别促进了蔗糖和海藻糖的分泌，从而导致了假单胞菌属和链霉菌属的富集，这一点在后续的验证试验中得到了证实。综上所述，研究通过揭示春小麦“自救”与向根际微生物“求助”相结合的策略，为其抗旱机制提供了新的见解，为增强春小麦的干旱适应能力带来了新的机遇。在此，研究以耐盐植物野生大豆为研究对象，证明了在盐胁迫植物的根系和根际微生物群中，以假单胞菌属（Pseudomonas）为主的高度保守微生物显著富集。
2025-11-17 14:01:44
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原创 手把手教你如何上传原始数据（GSA数据库）
相比以往大家熟知的NCBI，GSA数据库符合国家数据安全标准，而且可以选择中文界面，对国人来说使用感受更加友好。如果是人类遗传资源相关组学原始数据，遵从《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》总则规定，建议您将数据提交到GSA-Human数据库，以实现人类遗传资源数据的受控访问、保障人类遗传源数据的安全性。GSA for Human数据库网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/GSA数据库网址：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
2025-11-14 09:44:22
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原创 空间转录组学揭秘肿瘤微环境
现在，空间转录组学（Spatial Transcriptomics, ST） 技术的崛起，如同战场上的高空侦察，赋予我们前所未有的能力，以前所未有的分辨率，洞察肿瘤这场“局部战争”的每一个细节！通过高分辨率的空间基因表达图谱，空间转录组学能够精确识别并定位各种免疫细胞（如细胞毒性T细胞、调节性T细胞、B细胞、巨噬细胞等）在肿瘤组织中的浸润区域和密度。如果您渴望在肿瘤免疫研究中取得突破，深入解析免疫细胞与癌细胞的“攻防”机制，我们专业的团队和领先的技术将是您最值得信赖的科研伙伴。
2025-11-13 09:52:57
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原创 如何研究植物非生物胁迫的表观调控和胁迫记忆 | 非生物胁迫专题
在植物科学研究领域，解析非生物胁迫的响应机制始终是核心议题之一。随着基因组学研究的深入，我们日益认识到，仅从DNA序列本身已不足以完全阐释植物在面对干旱、盐碱、极端温度等逆境时所表现出的高度可塑性。表观遗传调控，作为连接环境信号与基因表达谱动态变化的关键桥梁，正成为该领域的前沿和热点。它通过DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑及非编码RNA等多层次、可逆的分子机制，赋予了基因组在无序列变异下的功能多样性与环境适应性。近年来，得益于高通量测序技术的飞速发展，特别是ChIP-seq、ATAC-seq、WGBS和
2025-11-12 11:51:11
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原创 单细胞 | 如何读懂单细胞转录组高频分析的图片
Dotplot（点图）是单细胞分析中最常用的可视化之一，堪称“信息密度之王”——它用点的大小+颜色同时编码两个维度的信息，在一张图里展示“哪些基因在哪些细胞簇表达、表达多少、覆盖多广”。小提琴图是在单细胞转录组分析中常用且信息密度很高的一类图形，用来展示一个连续变量在不同细胞群（例如簇、样本、条件）中的分布情况，便于发现特异性高表达的细胞簇。点的大小：表达该基因的细胞比例（Percent Expressed，0-100%）——点越大，簇内表达该基因的细胞越多。意味着簇内有两个亚群，表达量不同。
2025-11-11 09:47:54
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原创 如何研究植物非生物胁迫中的转录因子？| 非生物胁迫专题
抗冷型等位基因HSF21Hap1的启动子区域存在的天然变异，可通过抑制碱性亮氨酸拉链蛋白bZIP68（冷敏感的负调控因子）的结合，从而在低温胁迫下提高HSF21的表达水平。综上所述，在近1-2年的研究中，转录因子作为植物非生物胁迫应答的核心调控元件，其从信号感知到基因表达的精细机制正日益清晰。它们作为信号通路末端的执行者，能够特异性地识别并结合到下游胁迫应答基因启动子区域的顺式作用元件上，通过激活或抑制这些基因的转录，从而在分子、细胞乃至整个植物体水平上启动广泛的生理生化适应性改变。
2025-11-10 13:42:46
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原创 生物信息学分析中的常见误区与解决方案（以表观遗传学数据为例）
通过严谨的质控、精妙的实验设计、审慎的统计解读以及创新的多组学整合策略，科研人员能够有效规避风险，确保分析结果的准确性与可靠性。单一组学数据只能提供某个侧面的信息，无法全面反映基因调控的动态全貌，可能错失重要的关联信息和潜在的调控机制。实验验证：对关键的差异位点或区域进行小规模的湿实验验证（如ChIP-qPCR、EMSA、酵母单杂交等），这是将生物信息学结果转化为可靠生物学发现的必经之路。精妙实验设计：在实验设计阶段，尽量将不同处理组的样本随机分配到不同的批次中，或采用平衡设计，将批次效应的影响最小化。
2025-11-07 12:02:25
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原创 国自然热门信号通路——NF-κB信号通路：炎症与免疫的“总开关”
探究染色质重塑：通过ATAC-seq，研究者可以动态追踪NF-κB通路激活过程中染色质重塑的足迹，预测潜在的NF-κB结合位点和调控元件，并与其他高通量测序技术（如ChIP-seq验证NF-κB的直接结合，RNA-seq评估下游基因表达）结合，共同构建NF-κB在表观遗传和转录水平上如何精细调控基因表达的全面图景，这对于深入理解其在疾病发生发展中的作用具有重要意义。无论是抵御病原体的入侵、修复受损的组织，还是肿瘤的发生发展、慢性炎症的持续，NF-κB的身影无处不在。但在某些特定情境下，也可诱导促凋亡基因。
2025-11-06 11:53:00
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原创 ATAC-seq+RNA-seq——基因表达调控的“黄金搭档”
将二者的数据进行深度关联分析，就如同开启了一扇洞察基因表达奥秘的大门，能够深入探究基因表达量与ATAC信号之间的复杂相关性，精准锁定哪些染色质开放区域的变化与基因表达的上调或下调密切相关，进而构建出精细的基因表达调控网络，清晰解析转录因子在基因表达调控中的关键作用机制。本文通过对黑豹蠕虫的基因组测序，结合ATAC-seq技术和转录组分析，揭示了全身再生的分子机制。随着技术的不断发展和应用的不断拓展，ATAC-seq与RNA-seq的结合必将在未来的研究中发挥更大的作用，为生命科学的进步贡献更多力量。
2025-11-05 11:50:51
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原创 CUT&Tag项目文章（IF=16.6）| 表观+代谢组揭示转录因子LHX2在前列腺癌神经内分泌分化的新机制
其中，LIM家族转录因子LHX2在NEPC及小细胞肺癌中均过表达，并与不良预后相关，提示它可能在驱动NEtD中扮演着“先驱”转录因子的关键角色，但其具体功能和机制尚待深入阐明。本研究揭示了LHX2在前列腺癌中的作用机制，即LHX2在前列腺癌中的表观遗传学机制，在长期靶向治疗的情况下，LHX2 是驱动前列腺癌发生发展的关键因子，细胞命运由其特定的代谢和表观遗传环境决定，抑制AR后糖酵解酶上调，糖酵解活性增加，产生乳酸化，组蛋白乳酸化激活LHX2表达，加速DNA甲基化，促进NE信号和PCa进展。
2025-11-04 11:37:46
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原创 ATAC-seq实验全流程详解与关键质控指南
片段分布：呈现典型的“核小体周期性条带”，即第一个主峰：~200 bp（无核小体区域，即开放程度最高的区域），第二个峰：~400 bp（mono-nucleosome），后续峰：~600 bp，~800 bp等（di-, tri-nucleosome）。Tn5会随机插入到开放的染色质区域，在完成DNA的切割的同时也完成测序接头的连接。酶切反应后，对于DNA片段需进行纯化，通常通过磁珠纯化的方式来富集目标长度的片段（主要去除过短的片段和酶本身），以最大化测序数据利用率。2.计数： 细胞核活率<5%。
2025-11-03 11:39:48
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原创 产品推介 | ChIP-seq——转录因子/组蛋白修饰研究利器
将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段，研究体内转录因子和靶基因直接相互作用，对于调控蛋白在基因组上的结合靶点筛选、差异化表观遗传变异的原理揭示提供了重要的解决方案。此研究利用RNA-seq、ChIP-seq、CUT&Tag-qpcr、WB、CRISPR/Cas9基因编辑等技术探究了乳酸通过组蛋白乳酰化调控肿瘤免疫逃逸的机制，研究揭示了乳酸代谢在肿瘤免疫微环境中的重要作用，并为靶向乳酸代谢的肿瘤免疫治疗提供了新的思路。
2025-10-31 14:12:48
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原创 表观组+代谢组的组合为何受到顶刊的青睐？
核心问题：肝星状细胞（HSC）活化过程中，由己糖激酶2（HK2）介导的乳酸生成，是否通过诱导一种特定的表观遗传修饰——组蛋白乳酸化（histone lactylation），来驱动促纤维化基因的表达，从而推动肝纤维化的进程。基因序列给了我们“生命说明书”，但同样的基因，为何在不同环境、不同时期会表现出截然不同的状态？当我们将表观组学和代谢组学整合分析时，就像同时获得了“调控地图”和“燃料清单”，它既能解释复杂表型的来源，又能指向可操作的靶点，从肿瘤到免疫，从发育到衰老，都能给出机制与疗法的双重答案。
2025-10-30 11:46:55
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原创 富集分析怎么选？GO、KEGG、GSEA、GSVA一次讲透！
它会把所有基因按照表达量的变化趋势（比如从高到低）排个队，然后看看你感兴趣的某个基因集（比如某个通路的所有基因，或者某个功能类别的基因群）是不是在这个排序列表的某一端（通常是顶端或底端）富集。比如你有肿瘤样本和正常样本，GSVA就能通过对每个样本的基因表达谱进行分析，计算出一个“通路活性分数”，告诉你这个通路在每个样本里的活跃程度，进而可以比较不同样本组之间通路活性的差异，或者进行聚类、生存分析等后续研究。但它的缺点是通路数量有限，而且主要是已知的经典通路，对于一些新发现的机制可能覆盖不够。
2025-10-29 11:15:28
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原创 Annual Rev(IF=26.5)重磅综述 | 一文了解植物组蛋白修饰的功能和机制详解
1. 组蛋白修饰由“书写器”、“阅读器”和“擦除器”调控，它们各自在基因激活和沉默中扮演着独特的角色。“书写器”和“擦除器”直接改变激活型或沉默型标记的水平；然而，“阅读器”的作用更为复杂，它们既可以增强也可以抵消这些标记，甚至可以介导额外的下游功能。2. 目前对染色质修饰因子的研究主要局限于基因突变体，且评估方式多为位点特异性的，侧重于其表型效应，而非其精确的分子功能和生化特性。3. 组蛋白修饰通过调节多能性因子的表达来维持分生组织中的干细胞状态，并使其能够分化为其他组织。
2025-10-27 10:27:30
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原创 好搭档，基因组组装+DNA甲基化为非模式植物的性状研究提供思路
当前大量非模式植物的基因组解析仍停留在低完整性、低分辨率水平，难以支撑后续功能基因定位及调控机制研究。DNA甲基化作为植物中保守的表观遗传调控方式（包含CG、CHG、CHH三种修饰语境），已被证实参与调控目标植物的关键性状，但当前相关研究仍存在“机制模糊、关联缺失”的问题。高质量基因组研究与DNA甲基化分析并非相互独立，而是存在“支撑与被支撑”的依赖关系：一方面，只有基于染色体级、单倍型分辨率的基因组，才能精准定位甲基化位点（如基因启动子转录起始位点（TSS）上游2kb区域、转座元件（TE）邻近区域），避免
2025-10-24 11:46:35
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原创 SSR分子标记，让基因多态性“一眼可见”！
微卫星标记(Microsatellite)，又称简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR），或短串联重复序列（Short Tandem Repeats,STR），是广泛分布于真核生物基因组中的简单重复序列，通常由2～6个核苷酸单元串联组成，序列长度一般在200bp以内。将筛选出条带清晰多态性好的引物，合成荧光引物，不同的引物用不同颜色荧光表示，将荧光引物对所有子代样本分别进行PCR 扩增，毛细管电泳（ABI3730）对扩增产物进行检测。：组织样本或DNA、SSR引物序列/引物。
2025-10-23 14:48:39
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原创 Nature文献分享 | ChIP-seq助力揭示哺乳动物异染色质形成与维持机制
中期SUV39H2/HP1脱离后，后期SUV39H2先回贴染色体（fig.3g），末期HP1再聚集，而G2E3-KO严重阻断这一重定位（fig.3g）。本文围绕哺乳动物异染色质组装机制展开，揭示了E3泛素连接酶G2E3通过催化组蛋白H3第14位赖氨酸的单泛素化（H3K14ub），在细胞分裂过程中驱动SUV39H甲基转移酶定位于中心粒周围异染色质，进而促进H3K9me3修饰和HP1蛋白招募，从而维持异染色质结构和功能，并防止SUV39H错误定位于常染色质，确保染色质正确分隔和基因表达调控。
2025-10-21 14:11:15
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原创 多组Venn | 零代码绘制好看的花瓣图
花瓣图（Flower Plot）是一种韦恩图的一种变体或美化形式，通常用来展示多个集合（通常是 3~15 个）之间的重叠关系，但以“花瓣围绕中心”的形式展现，更具视觉美感与对称性。前面若干列代表的是输入的元素集合状态（TRUE 代表参与交集，FALSE代表的是不参与交集），倒数第二列是满足组合状态下的值，最后一列代表的是具体组合状态的交集元素。花瓣图中每个“花瓣”代表一个集合（如一个实验组、一个样本、一个通路），中心区域是所有集合的交集，外围则是每个集合独特元素。登录后，如下图，我们进入到小工具专栏。
2025-10-20 14:18:05
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原创 植物单细胞研究如何开展？
本研究利用单核RNA测序（snRNA-seq）与ATAC测序（snATAC-seq）技术，构建面包小麦根部的单细胞转录组与染色质可及性图谱，系统解析了异源六倍体小麦在单细胞水平上的亚基因组不对称表达模式。本研究以棉花纤维起始发育这一重要农艺性状为核心研究对象，针对其细胞类型复杂、关键调控基因不明的研究背景，利用空间转录组学（Spatial transcriptomics）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，系统解析了棉花胚珠在-1、0、1 DPA三个关键时间点的细胞异质性及基因表达动态。
2025-10-17 11:59:06
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原创 项目文章 | 整合组学解析桂花花期调控的miRNA–靶基因网络与功能机制
桂花（Osmanthus fragrans）作为我国传统名花，其观赏与经济价值受限于仅2-3天的短暂花期。花开放与衰老是受复杂基因网络调控的重要生理过程，涉及细胞形态、色素代谢与激素水平等多方面变化。目前相关研究多集中于模式植物，对桂花等木本观赏植物的分子调控机制，特别是miRNA在其中的作用仍知之甚少。开展桂花开花衰老的分子机制研究，不仅有助于解析这一重要生物学过程，更为突破产业发展瓶颈、延长观赏期提供理论依据，具有重要科学意义与应用价值。
2025-10-15 11:45:09
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原创 scRNA-seq还是snRNA-seq，如何选择
制备单细胞悬液，通过微流控芯片（如10xGenomics）或微孔板技术，将单个完整的活细胞（或悬浮的完整细胞）分离到独立反应体系中，裂解细胞膜后提取总RNA（主要是核内RNA+少量胞质RNA），反转录为cDNA并构建测序文库。样本条件：只有冻存组织（如临床手术标本库的长期保存样本）、难解离的致密组织（如心脏、脑、肾脏）、或样本处理可能导致细胞死亡（如低温保存的样本）；研究目标：避免解离导致的细胞应激（如神经元在解离过程中易死亡），需捕获传统方法难分离的细胞（如成熟神经元、心肌细胞、脂肪细胞）；
2025-10-13 11:38:49
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原创 项目文章（IF：11.5）|LncRNA编码的微蛋白“APPLE”通过非经典机制驱动肝细胞癌进展
肝细胞癌(HCC)治疗研究取得新突破：广医-广州生物院联合团队发现lncRNA ASH1L-AS1编码的微蛋白APPLE通过非经典机制激活MAPK信号通路。该蛋白通过抑制ERK1/2去磷酸化持续激活MAPK信号，促进HCC进展，且不依赖RAS突变。研究证实E2F1转录因子调控ASH1L-AS1表达，并筛选出潜在靶向治疗组合。这项发表在《Journal of Experimental & Clinical Cancer Research》的研究为HCC治疗提供了新靶点和策略。
2025-10-09 11:47:34
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原创 如何进行WGBS的数据挖掘——从甲基化水平到功能通路
DMR (Differentially Methylated Regions)： 指由多个相邻的DML组成的区域，这些区域的甲基化水平在不同样本组间存在一致且显著的差异。DMR鉴定后，我们会得到一个差异甲基化区域列表，这些区域往往与特定的基因相关联。它们常常位于重要的基因调控区域，如启动子、增强子、或基因体内部，直接影响目标基因的表达，是疾病诊断生物标志物和治疗靶点的潜在来源。仅仅知道甲基化水平是不够的，找到在不同生物学条件下（如疾病与健康、处理组与对照组）发生显著改变的区域，才是揭示生物学机制的关键。
2025-09-29 11:36:10
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原创 RNA甲基化技术如何选择？
m⁶A主要分布在mRNA的编码区外显子、3'非翻译区（3'UTR）及长链非编码RNA（lncRNA）中，参与调控mRNA的剪接、出核、翻译效率及稳定性（如METTL3/METTL14复合物负责甲基化写入，FTO/ALKBH5负责擦除，YTHDF1/2/3等蛋白介导识别）。适用场景：高通量测序（MeRIP-seq/MiCLIP-seq）后，对候选基因/位点进行验证；原理：将变性后的总RNA直接点在尼龙膜上，经UV交联固定后，用抗m⁶A（或m⁵C等）抗体孵育，化学发光显色，信号强度即代表甲基化水平。
2025-09-26 11:49:29
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原创 Adv Sci项目文章 | m6A介导EP300表达调控H3K27调节人原始多能性
近日，广州医科大学附属第三医院范勇教授、华南理工大学施雪涛教授、北京大学第三医院于洋研究员共同通讯在Advanced Science(IF=14.1)在线发表题为“H3K27ac Is Essential for Human Naive Pluripotency Modulated by m6A-Driven EP300 Expression”的研究论文。该研究利用ChIP-seq、CUT&tag、MeRIP-seq、RNA-seq等技术方法揭示了m6A介导的H3K27ac修饰对人类多能干细胞原始多能性的建
2025-09-24 16:57:27
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原创 ATAC-seq项目文章|IF=18.7 嗜酸乳杆菌通过调控小胶质细胞过氧化物酶体功能促进脑缺血后的认知功能恢复
脑缺血是指一种病理状态，其特征为脑部血液循环不足，从而导致脑组织缺氧和营养供应中断。由于其高患病率和严重的神经后遗症，阐明其潜在的病理生理机制对于开发针对这种普遍的脑血管疾病的精准治疗干预措施至关重要。患有脑缺血的患者往往会出现诸如胃肠道出血、微生物群失调以及便秘等并发症。肠道微生物群失调不仅是脑缺血的后果，还会通过肠道-大脑轴的双向交流加剧其进展和预后。对肠道微生物的多种调节手段，包括粪便移植、益生菌等，为脑缺血提供了乐观的治疗潜力。然而，目前的方法存在局限性：粪便移植需要特定的方案，而益生菌在菌株特异性
2025-09-22 16:49:36
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原创 云平台 | 零代码绘制桑基图
1. 云平台小工具使用1.1 云平台关系网络可视化之桑基图1.2 参数设置1.3 任务查看1.4 结果1.4.1 图片格式1.4.2 交互网页格式首先，打开爱基百客官网，点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。弹出云平台界面（），输入账号、密码和验证码方可登录；进入云平台，可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化，实现真正的“登陆后，如下图，我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了33款小工具供大家使用，包括等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。
2025-09-17 11:36:58
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原创 Tn5转座酶：基因组学研究的革命性工具
这种靶向性的Tagmentation，使得CUT&Tag能够以极低的细胞输入量实现高分辨率、高信噪比的表观基因组图谱绘制，成为了继ChIP-seq的另外一种蛋白质-DNA互作技术的选择，极大简化了实验流程并提高了效率。从最初被发现时的"跳跃基因"现象，到如今成为实验室不可或缺的"瑞士军刀"，Tn5转座酶的发展历程堪称分子生物学工具改造的典范。相较于传统的超声破碎或酶切片段化后进行多步连接的方法，Tn5的一步法文库制备流程更快、更高效，尤其适用于处理微量或珍贵的DNA样本。
2025-09-15 11:46:14
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原创 扩增子or宏基因组测序——全景解码微生物驱动的生命密码
研究通过大规模宏基因组测序分析675头猪的744份下呼吸道微生物样本，构建了包含10,031,593个非冗余基因的猪肺微生物基因目录（PRGC90）和356个宏基因组组装基因组（MAGs），其中44.8%的基因和41.8%的物种为首次报道。一次实验即可同时解析细菌、古菌、真菌、病毒等全谱微生物的物种组成、菌株水平基因信息，以及耐药基因、代谢通路、可移动元件等功能潜力，还能发现未知物种与新型基因。扩增子测序：适用于初步调查（如1000份土壤样本的细菌多样性），或预算有限的纵向研究（如时间序列分析）。
2025-09-12 11:34:00
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原创 Mol Plant综述 | 一文了解植物染色质重塑研究现状：复合物组成、机制多样性与生物学功能
染色质重塑复合体是真核生物中调控染色质结构的关键因子，负责调控转录、DNA修复和基因组稳定性。与酵母和动物中的染色质重塑因子相比，植物染色质重塑因子既具有保守特征，又具备物种特异性，这为植物适应环境变化提供了独特优势。通过生物化学、表观基因组学和蛋白质组学等前沿技术手段，科学家们揭示了植物染色质重塑机制的全新奥秘，遗传学研究也持续证实这些复合体在植物生长和应激适应过程中维持染色质稳态的关键作用。2025年9月1日，植物领域Top期刊Molecular Plant刊登了中山大学联合北京生命科学研究所的综述文章
2025-09-11 11:41:07
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原创 快速get国自然热点—单细胞3’转录组和5’转录组的区别
此外，作者通过分析小鼠和患者GBM标本血管类群细胞的染色体拷贝数变异（copy number variation，CNV）特征，认为起源于神经干/前体细胞的GBM肿瘤细胞仍维持了神经谱系限制性，不太可能跨谱系转分化形成非神经谱系细胞，这一发现表明在肿瘤发生过程中，血管细胞不是通过反分化而扩张，而是通过增殖而扩张。然而，5'端转录组中gel beads的末端序列是tso序列，其末端有polyG的结构，转录本会在酶的作用下在其5'端加上polyC的结构，由此完成互补配对。发表期刊：Protein&Cell。
2025-09-08 11:49:09
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原创 快速get国自然热点—单细胞免疫组库的研究思路
T细胞和B细胞是特异性免疫反应中的关键细胞，T细胞负责细胞免疫和调节免疫反应，而B细胞主要通过产生抗体来介导体液免疫。CDR3位于V(D)J重组的连接处，是最具多样性的区域，决定了抗原识别的特异性。T细胞和B细胞是特异性免疫反应中的关键细胞，T细胞负责细胞免疫和调节免疫反应，而B细胞主要通过产生抗体来介导体液免疫。B细胞或者T细胞里，V(D)J 区段是在mRNA 的5'端，所以和Gel Bead表面携带的Barcode和UMI所在的核酸序列紧挨着的是mRNA的5‘端，以便捕获全长的V(D)J序列。
2025-09-05 11:50:18
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原创 DNA甲基化技术如何选择？
爱基百客作为国内领先的表观服务商，配备了完善的表观组学实验平台和高通量测序平台，能提供全基因组范围内的甲基化测序技术（WGBS、RRBS、meDIP、EM-seq等），也能提供单基因甲基化检测技术（TBS和MassArray）。原理：亚硫酸氢盐转化后，PCR扩增目标区域→单链模板与测序引物退火→依次加入dNTP，每掺入一个碱基释放焦磷酸（PPi）→酶级联反应（ATP硫酸化酶、荧光素酶等）将PPi转为光信号→根据C/T峰高比例，定量每个CpG位点的甲基化百分比。抗体偏好高甲基化区，低甲基化信号易被低估；
2025-09-05 11:48:19
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原创 Cell | 华大Stereo-seq实现宿主-微生物时空解析，破解FFPE难题
全球积累的海量FFPE样本，蕴含了丰富的疾病信息，但其中的RNA往往会出现不同程度的降解，使其成为难以高效解读的“黑匣子”，这对空间转录组学的应用构成了显著挑战。总之，作为空间转录组技术的“里程碑式突破”，Stereo-seq V2既像“万能钥匙”能够破解FFPE样本难题，又整合“解密宿主-微生物互作+全转录组覆盖+单细胞分辨率”等多维能力，为临床样本高通量空间生物学研究开辟新道路，有望成为临床病理学与转化研究的核心工具，为疾病诊断、靶点发现提供精准支撑。
2025-09-02 11:41:09
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原创 RNA-seq与RT-qPCR结果“打架”？深挖差异背后的分子与技术玄机
如果RNA样本存在一定程度的降解，mRNA的3'端Poly(A)尾会受损。如果RNA-seq检测到的是多个异构体的总表达量发生变化，但您qPCR引物只扩增其中一个异构体，且该异构体的表达趋势与其他异构体不同，就可能导致结果不符。，那么在3'端偏好的RNA-seq数据中，这个基因的表达量可能被低估（因为5'端读段少），但在RT-qPCR中却能被正常检测到，从而导致结果不一致。进行逆转录，那么这些在多聚T引物RNA-seq中被“遗漏”或低估的转录本，就有可能在RT-qPCR中被检测到，从而导致趋势不符。
2025-09-01 11:53:14
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原创 数据量 vs. 文件大小：揭秘测序领域两种“G”的奥秘！
第一行：以‘@’开头，是这一条read的名字，这个字符串是根据测序时的状态信息转换过来的，中间不会有空格，它是每一条read的唯一标识符，同一份FASTQ文件中不会重复出现，甚至不同的FASTQ文件里也不会有重复；第二行：测序read的序列，由A，C，G，T和N这五种字母构成，这也是我们真正关心的DNA序列，N代表的是测序时那些无法被识别出来的碱基；第四行：测序read的质量值，这个和第二行的碱基信息一样重要，它描述的是每个测序碱基的可靠程度，用ASCII码表示。理解它们，是高效管理和处理测序数据的基石！
2025-08-29 11:50:43
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原创 项目文章|MeRIP-seq助力解析m6A RNA甲基化与康乃馨花衰老的调控机制
从E0h到E24h，这些基因的m6A修饰水平和转录丰度均显著降低。接下来，计算了每个转录本上m6A峰的数量，有趣的是，随着乙烯处理时间的增加，含有两个或更多m6A峰的转录本百分比下降，从E0h的45.01%降至E4h的30.18%，再到E24h的38.77%，这表明大多数转录本以单个m6A峰的形式存在（Fig.1D）。结果发现，乙烯处理显著降低康乃馨花mRNA的m6A水平，mRNA中m6A/A的比例从E0h的0.58%降至E4h的0.47%，E4h与E24h之间没有显著差异（Fig.1B）。
2025-08-25 11:11:59
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原创 Science子刊 | scRNA-seq+CUT&Tag解析热疗对卵巢癌的治疗机制
本次我们详细解读一篇2025年发表的关于热疗对卵巢癌治疗机制的scRNA-seq+CUT&Tag+RNA-seq文章，不论是实验室设计、研究思路还是分析方法都值得参考。该研究发表在国际期刊Science Translational Medicine（IF:14.6）上，题目为“Heterogeneous cellular responses to hyperthermia support combined intraperitoneal hyperthermic immunotherapy for ovar
2025-08-22 15:57:17
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空空如也
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