生信分析进阶8 - 提取hg19/hg38参考基因组着丝粒和端粒区域(灰区)bed

对hg19/hg38参考基因组着丝粒区域、端粒区域、微卫星重复区域和异常比对区域等进行统计,输出bed文件。

1. 解析black list文件

以解析hg19 bed文件为例,将每个结果单独保存为tsv文本文件,hg38 bed只包含染色体+开始坐标+结果坐标。

import pandas as pd
import os
df_blacklists = pd.read_csv("hg19.blacklist.encode.bed", sep='\t', 
				names
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生信与基因组学

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