生信软件36 - SAM/BAM/CRAM文件插入SNV/INDEL/SV工具Bamsurgeon

本文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/142368402

1. Bamsurgeon简介

将基因组变异（SNV、INDEL和SV）添加到SAM/BAM/CRAM文件的工具（addsnv.py、addindel.py和addsv.py），用于测试变异分析程序。

2. Bamsurgeon安装

依赖于wgsim和samtools，比对工具bwa（同时支持其他比对工具，如novoalign, gsnap, bowtie2, and tmap），python（本人版本为3.9）。

wgsim安装参考文章：生信软件33 - Wgsim生成双端(PE) fastq模拟数据

# 推荐使用conda安装samtools
conda install samtools -y
conda install bwa -y

# Pysam python库
pip install pysam

# picard
wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/1.131/picard-tools-1.131.zip
unzip picard-tools-1.131.zip

# Exonerate
git clone https://github.com/adamewing/exonerate.git
cd exonerate
git checkout v2.4.0
autoreconf -i
./configure && make && make check && make install

# Velvet
git clone https://github.com/dzerbino/velvet.git
cd velvet
make
cp velvetg $HOME/bin
cp velveth $HOME/bin

########### linux非conda安装 ########### 
git clone --recurse-submodules --remote-submodules https://github.com/samtools/htslib.git
make -C htslib

# samtools
git clone https://github.com/samtools/samtools.git
make -C samtools
cp samtools/samtools $HOME/bin
cp samtools/misc/wgsim $HOME/bin

# bwa
git clone https://github.com/lh3/bwa.git
make -C bwa
cp bwa/bwa $HOME/bin
########### linux非conda安装 ###########

3. 检查依赖是否正确安装

Bamsurgeon项目地址： https://github.com/adamewing/bamsurgeon

# clone Bamsurgeon github
git clone https://github.com/adamewing/bamsurgeon.git
cd bamsurgeon

# 检测依赖
python -O scripts/check_dependencies.py

4. 运行示例

# -o bin/addsv.py 脚本路径
# -v 输出插入结构变异文件
# -f 输入bam文件
# -r 输入参考基因组fasta，需构建好bwa索引
# -o 输出插入变异信息的bam文件
# --aligner 比对器，此处bam采用bwa mem工具获得
# --seed 随机种子生存器
# --inslib FASTA文件包含可能的插入库

# bwa索引
bwa index Homo_sapiens_assembly19.fasta
# fasta索引
samtools faidx Homo_sapiens_assembly19.fasta

# 具体参数可以查看python脚本信息
# addindel.py和addsnv.py使用方法类似
python -O bin/addsv.py -p 1 -v test_data/test_sv.txt \
-f test_data/testregion_realign.bam \
-r test_data/Homo_sapiens_chr22_assembly19.fasta \
-o test_data/testregion_sv_mut.bam \
--aligner mem \
--keepsecondary \
--seed 1234 \
--inslib test_data/test_inslib.fa