组学数据分析实操系列 | （三）Metascape零代码解锁富集分析

谱度众合

于 2025-02-17 16:20:59 发布

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文章标签：数据分析蛋白质组学

本文链接：https://blog.csdn.net/Specally/article/details/145685683

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前言

今天和大家分享一个功能非常强大的基因注释富集分析网站——Metascape，无需代码基础、无需注册，直接登录分析网站即可使用。Metascape使用了先进的技术，它的前端采用了Angular JavaScript框架，后台使用了MySQL数据库和Python编程语言。并且Metascape每月更新相关数据库四十多个，以确保提供最准确的结果。作为用户，我们只需要上传基因列表到Metascape网站，就能快速获得丰富的基因注释富集分析结果。总之，Metascape是一个方便、快速且准确的基因注释分析网站。

Metascape网站在2015年推出，在随后短短四年内它就获得了广泛的关注和应用，被超过4000篇文献引用，其中不乏Cell、Nature、Science级别的顶刊文章，并且这些文献中有超过一半直接使用了Metascape提供的分析结果图片。

分析流程

01进入Metascape网站（https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1

02导入数据，设定参数

在分析蛋白质组学数据时，一般根据差异倍数（如|Log2FC|≥1）及统计检验的P值（如P < 0.05）筛选得到差异蛋白列表。这时我们可以将差异蛋白ID（如UniProt登录号）或者对应的基因ID上传至Metascape网站。有两种上传的方式可供选择：一种是上传仅包含蛋白ID或基因ID的文档（Select File …）；另一种是将蛋白ID或基因ID复制，然后粘贴至Metascape网站相应的框中。具体的格式可参考右侧Upload File Format中不同的文件格式。

Metascape还支持同时分析多个差异蛋白列表（Multiple Gene Lists），这样我们可以更清楚地了解不同比较组中差异蛋白的功能情况，更好地理解差异蛋白在不同生物学过程和通路中的作用。

Step1：导入数据后，Step2：步骤需要选择分析所需的物种信息。根据分析需求，在Input as species和Analysis as species选择相应的物种。

完成设定物种后，便可开始Step3注释富集分析了，可选择直接分析Express Analysis或个性化分析Custom Analysis。若选择Express Analysis，完成分析后，点击Step3的Analysis Report Page查看结果。

03个性化富集分析

上一步的Express Analysis进行的是直接富集分析，会结合多个数据库的信息（如Reactome、KEGG、Hallmark和GO数据库）进行分析，这种方法的最大优点是可以帮助用户综合分析差异蛋白在多个功能和通路上的富集情况，提供更全面的生物学解释。

如果只需要针对某个特定数据库进行富集分析，可以选择Custom Analysis进行个性化富集分析。点击Custom Analysis，跳转后包含四个功能模块，分别是ID Conversion（ID转换，识别导入的蛋白或基因ID及其所属物种）、Annotation（基因注释，提供不同数据库来源的基因注释信息）、Membership（从属分析，标记感兴趣的通路及基因）和Enrichment（基因富集分析）。

以最常用的个性化富集分析Enrichment功能模块为例，可调整的关键参数如下图所示。若需要个性化背景基因，可点击红箭头处Change修改背景基因（对于定量蛋白质组学结果，通常选取本次研究检测到的所有蛋白）；若更改红框中富集结果的筛选条件（如常用的P < 0.05等），可控制显著条目的数量；还可以选择不同的分析数据库来定制富集分析的类型（如GO、KEGG Pathway、Reactome等）。选择好相应参数后，点击Enrichment Analysis进行富集分析。

04富集分析结果的下载

对于直接分析结果的下载，可点击Analysis Report Page，跳转至新页面，页面上方出现Gene List Report Excel Sheets（基因注释及富集数据表格下载）、Gene List Report PPT file（基因富集分析、蛋白与蛋白相互作用关系分析结果展示图下载）和All in One Zip File（结果文件压缩包下载）。