如何把生物信息学数据资源和分析工具充分融合到生物和医学研究中?

目前,测序技术已基本取代芯片技术,广泛应用于各种生物学和医学领域。随着高通量测序技术的革新、各种组学、精准医学等领域的发展,近10年来产生的关于各种不同物种的多组学(基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、甲基化组、微生物组等)数据越来越多(大数据)。对这些海量大数据进行有效的生物信息学分析,可为相关的实验设计或药物研发等提供精准指导和充足的数据支撑。因为各种组学数据可以提供全基因组范围内所有基因的表达或甲基化全景图,把实验和生物信息学充分结合起来,就能有效深入阐释各种生物学或医学相关的机制或指导研发各种相关的应用。

目前,很多无生物信息学背景或有较弱生物信息学背景的人还无法高效准确的处理各种生物学或医学数据,如何有效利用已有的在线平台或资源来充分了解和使用生物信息学知识尤为重要。因为学习编程到上手需要的时间漫长、安装和使用软件等流程繁琐。为此,在这里为大家推荐一个很好的免费平台,AIPuFu平台(网址:www.aipufu.com)其中包含各种丰富、专业且方便使用的在线生物信息学资源(各种大数据挖掘)和工具(各种绘图工具、统计工具、预测工具、查询工具等),而且,AIPuFu社区(网址:bbs.aipufu.com),能提供自由交流、分享、咨询、讨论和学习的场所,从而可便捷的获取生物信息学、生物学、医学等领域的知识、热点和资源等。


以下为列举了一些重要在线生物信息学应用

1、各物种代表性大数据集的在线挖掘和查询,并产生相应的专业结果图或表。包括动物、植物、真菌、原生生物和原核生物。如:关于各种人类癌症/肿瘤的TCGA数据挖掘、SEER数据挖掘,还有小鼠、大鼠、拟南芥、水稻、大肠杆菌等各组学层次数据的挖掘和查询等等。这些应用可供用户在线及时研究和查询感兴趣的基因、组织、疾病是否有相关显著的结果,是否能和实验结合起来,可有效为用户的实验验证提供数据参考和支撑等;

以人的数据为例(其他物种类似):

如绘制多个基因在某种肿瘤中的表达热图

如研究某个基因的表达是否与病人的生存显著相关

如研究两个基因的表达在某种肿瘤中的表达相关性

如研究某个基因在肿瘤和正常中的表

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