DNA甲基化测序数据的分析流程及相关软件总结

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分类专栏： 生物信息学 生物学 医学 文章标签： DNA甲基化测序 生物信息学 生物学 医学 甲基化
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目前检测DNA甲基化的方法众多，主要可以分为以下几类（如表1所示）：

图片来源（凡时财等，中国科学: 生命科学，2015）


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其中，DNA甲基化芯片在过去由于价格便宜，成为之前主流的检测DNA甲基化方法，而甲基化芯片的处理流程和方法主要如下所示（表2）：
图片来源（凡时财等，中国科学: 生命科学，2015）


随着测序技术的发展，二代测序技术已逐渐成为检测DNA甲基化的重要流行方法，最具代表性的就是亚硫酸氢钠测序。经过亚硫酸氢钠处理的DNA序列，甲基化的碱基C保持不变，而未甲

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专栏目录
表观遗传学及DNA甲基化数据分析
bailan3959的博客
08-15 3338
关于举办“表观遗传学及DNA甲基化数据分析”专题班通知 各有关单位: 表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传的变化的一门遗传学分支学科。随着实验技术的进步，产生了海量的表观基因组数据，从这些数据中挖掘生物学特征对理解生命的生理及病理过程有重要意义。面对海量的数据包括DNA甲基化谱、组蛋白修饰谱、核小体定位信息，研究人员开发...
MspJI-seq_pipeline1.0:DNA甲基化研究中用于MspJI消化测序的管道-开源
04-30
MspJI-seq_pipeline1.0是DNA甲基化研究中用于MspJI消化测序的管道。 修饰依赖性限制性核酸内切酶MspJI消化与下一代测序结合，可以通过将高通量读数映射到参考序列来估计基因组中“ CNNR”胞嘧啶位置的甲基化状态。 MspJI-seq_pipeline1.0设计为通用映射程序，用于处理MspJI-seq的这些特殊特征。 其对齐基于开放源代码程序SOAP（Short Oligo Alignment Program），而mCNNR站点识别是通过perl中的正则表达式执行的。
甲基化分析流程（R）+代码
03-05
利用bioconductor相关包对甲基化数据进行一系列的分析，包含具体代码
生物信息流程开发之甲基化分析pipeline
高端的博客
03-15 3386
甲基化分析pipeline开发步骤详解已完成的甲基化Gitee项目地址甲基化背景知识开发准备工作功能模块拆解项目详细解决方案展示部分分析结果Manhattan图heatmap图十等分切割基因位置统计图问题反馈与协助 已完成的甲基化Gitee项目地址 如果你只想获得一个现成的pipeline工具加到你的linux服务器上，可以直接到我的Gitee项目地址clone下去，并跳过下面的具体代码问题解决过程。 项目代码仓库: 甲基化项目Gitee地址. 甲基化背景知识 甲基化是一种常见的基因修饰，研究人员对样本进行
DNA 甲基化芯片分析流程
03-23
DNA 甲基化芯片分析流程 methylome analysis chip
minfi包甲基化数据分析流程
医学和生信笔记的博客
05-07 979
minfiChMAP包的很多的函数都有minfi包的影子。minfi使用起来也很简单，就是5个对象走一遍流程即可，下面还是用之前的GSE194282数据集进行演示！
RRBS甲基化分析流程
热门推荐
生物医学信息学博客
06-02 2万+
RRBS甲基化流程 分析流程 和普通的测序分析一致，首先fastqc质量检测，接着对序列进行修剪，修剪后再质量检测；如果质量检测通过，则进行序列回帖，然后去除重复，计算甲基化程度，以及一些后续分析，本次后续分析使用R包methlykit以及edmr，还有其他一些甲基化分析软件可以参见附录。 流程命令 比对流程 首先进行fastqc质量鉴定，如果需要的话，再去除接头，PS：...
ChAMP甲基化数据分析：标准流程
医学和生信笔记的博客
05-07 2060
我们直接进行甲基化数据分析。使用ChAMP包分析甲基化数据，这个包非常强大，甲基化数据分析必须得了解它。这个包在bioconductor上，不要问我为什么不过在使用ChAMP包的时候需要提供一个样本信息文件，.csv格式的，其实这个文件的准备非常简单。ChAMP包给我们准备了一个示例数据集，我们先看一下示例数据是什么样的。在示例文件夹中的数据是这样的：其中就是样本信息，打开之后是这样的：通常这个文件应该是作者给出的，但是很多时候都没有…Sentrix_ID这个名字可以改这个名字不能改如果没有。
甲基化系列 3. 甲基化芯片数据分析完整版（ChAMP）
weixin_41368414的博客
05-21 4181
甲基化系列 3. 甲基化芯片数据分析完整版（ChAMP） 甲基化全套分析流程整理 （ChAMP）
从零开始用snakemake搭建完整的甲基化生信分析流程（第一章）基础篇
高端的博客
10-22 2493
从零开始用snakemake搭建完整的甲基化生信分析流程 阅读文章后的收获：专业的snakemake编程技能；甲基化分析pipeline 作者生物信息学硕士，6年生信分析师从业经验，快速响应读者问题，提供技术支持，欢迎订阅专栏 文章目录前言一、snakemake简介二、甲基化生物信息分析流程三、分布书写snakemake代码 前言 需求：在linux服务器上部署甲基化分析pipeline，并用snakemake管理分析流程，本篇为基础篇，之后会带来详细的专业流程搭建方法 一、snakemake简介
[生信]甲基化测序的三种数据
qkrdmsghk的博客
07-04 4012
甲基化测序的 WGBS和RRBS，还有芯片 全基因组DNA甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS） 是 DNA 甲基化研究的金标准，它通过 Bisulfite 处理和全基因组 DNA 测序结合的方式，对整个基因组上的甲基化情况进行分析，具有单碱基分辨率，可精确评估单个 C 碱基的甲基化水平，构建全基因组精细甲基化图谱。数据量非常大。 简化甲基化测序...
基因组规模DNA甲基化测序数据处理及其表观遗传分析.pdf
08-15
#资源达人分享计划#
DNA测序出峰图识别软件chromas
03-06
DNA测序出峰图识别软件chromas，医学实验用
pycoMeth:牛顿Nanopore DNA测序数据集的Nanopolish下游的DNA甲基化分析
05-09
弃用通知现在不推荐使用此派生。 PycoMeth现在由通过以下URL进行维护和开发：
methpipe:用于从亚硫酸氢盐测序中分析DNA甲基化数据的管道
05-04
MethPipe提供了对测序数据进行甲基化特定技术评估的工具，并用于估计各个胞嘧啶的甲基化水平。 此外，MethPipe包括用于识别更高级别甲基化功能的工具，例如低甲基化区域（HMR），部分甲基化域（PMD），高甲基化区域...
大肠癌中Polo-like激酶1（PLK1）突变和DNA甲基化的探索
06-03
据报道，DNA甲基化会影响某些癌症中PLK1的表达。 这项研究旨在调查PLK1基因的遗传突变和DNA甲基化对CRC中PLK1过表达的影响。 这项研究涉及从癌症体细胞突变目录（COSMIC）和UniProtKB中进行数据挖掘，对HCT116，SW...
methylKit:用于DNA甲基化分析的R包
05-06
methylKit是一个软件包，用于DNA甲基化分析和高通量亚硫酸氢盐测序的注释。 该软件包旨在处理及其变体的测序数据，还可以处理靶标捕获方法，例如序列。 此外，methylKit可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基...
一文读懂DNA甲基化及BS-seq
Baimoc
09-10 9532
一、什么是DNA甲基化 DNA甲基化是一个生物过程，它会在在DNA分子中引入甲基化基团，但是甲基化并不会改变序列本身，而会改变DNA片段的活性。 在哺乳动物中，DNA甲基化对于正常发育必不可少，而且与很多生物学现象有密切联系，包括基因组印迹，X染色体失活，转座因子招募，衰老和致癌作用。 胞嘧啶甲基化是在真核生物和原核生物普遍存在的，而且甲基化的速率在物种之间有很大的差异。 最常见的是在胞嘧啶的5号碳位置，在酶和底物的作用下，引入一个甲基基团，变成了5甲基胞嘧啶（5mC），从而改变了它的活性。 腺嘌呤甲基化
新版TCGA的甲基化数据分析
医学和生信笔记的博客
11-13 4319
中，包括分组信息、生存信息、分期信息等，我们这里只要用到分组信息即可，所以先把。可以看到和转录组的差异分析结果差不多，但是都是探针信息，基因信息需要注释才行。主要是甲基化差异分析，甲基化的一些可视化，甲基化和转录组数据的联合作图。我们需要确定谁和谁进行相比，也就是要创建一个含有分组信息的列。我们还是使用之前下载好的TCGA-COAD的甲基化β值矩阵。对象和相应的分组信息就可以进行甲基化差异分析了。可以在一张图中查看转录组数据和甲基化数据的情况。需要准备转录组差异分析结果和甲基化差异分析结果。
wgbs甲基化数据分析
最新发布
06-13
WGBS（Whole-Genome Bisulfite Sequencing）是一种高通量测序技术，用于检测DNA甲基化的状态。它可以在全基因组水平上检测甲基化，因此被广泛应用于表观遗传学研究中。 对于WGBS数据的分析，通常包括以下步骤： 1. 数据质量控制：对原始数据进行过滤和剔除低质量序列，保证后续分析的准确性和可靠性。 2. 参考基因组的比对：将测序数据比对到参考基因组上，利用比对结果来评估甲基化的状态和位置。 3. 甲基化位点的识别：对于每个位点，计算其甲基化水平，并进行统计分析和可视化。 4. 功能注释和生物信息学分析：将甲基化位点与基因和调控元件进行关联分析，探究甲基化与表观遗传学调控的关系。 以上是WGBS数据分析的基本步骤，不同的研究目的和问题可能需要进行不同的分析策略和方法。

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