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unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析,对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子,通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM等模型来准确预测转录因子结合位点,该数据库网址如下
https://unibind.uio.no/
数据分析的流程如下图所示
该数据库对来自315个不同组织和细胞系,231种转录因子,共1983个chip_seq原始数据进行分析,与hg38基因组进行比对,通过peak calling识别到peak区域,再进一步结合PWM, DNA shape model, TFFM, Bingding Energy model4种模型在peak区间的基础上进一步预测转录因子结合位点。
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检索结果如下所示
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