unibind:human转录因子结合位点数据库

unibind是一个基于ChIP-eat分析ReMap数据库的转录因子结合位点数据库,专注于人类转录因子。它整合了231种转录因子在315个组织和细胞系的1983个chip_seq数据,使用多种模型预测结合位点。用户可以按关键词检索并下载相关数据,包括TFBS的bed和fasta文件,为转录因子研究提供宝贵资源。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析,对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子,通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM等模型来准确预测转录因子结合位点,该数据库网址如下

https://unibind.uio.no/

数据分析的流程如下图所示

该数据库对来自315个不同组织和细胞系,231种转录因子,共1983个chip_seq原始数据进行分析,与hg38基因组进行比对,通过peak calling识别到peak区域,再进一步结合PWM, DNA shape model, TFFM, Bingding Energy model4种模型在peak区间的基础上进一步预测转录因子结合位点。

通过首页的检索框,可以根据各种关键词进行检索

检索结果如下所示

点击每个数据集可以查看

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