featureCounts进行转录本定量

featureCounts是subread软件包中的一种工具，主要用来计算subread比对之后的结果进行reads计数，目前比较常用的reads计算工具有两款，一个是HTseq，另一款就是featureCounts。reads 记数主要用在RNAseq分析中。一般在利用R语言进行RNAseq数据分析时，输入文件基本上都是reads count结果。例如DEseq，DEseq2，edgeR，limma等R包，都需要输入这样的结果，不能直接输入归一化之后的结果，因为这些软件都需要使用自己归一化的方法。

Subread软件包是处理下一代测序数据的工具包。它包括子读取对齐器、虚拟外显子-外显子连接检测器和featureCounts读取摘要程序。

1. 下载安装subread

conda 安装，先安装conda环境，激活。

conda install subread

源码下载编译安装  Subread download | SourceForge.net

2. 转录本定量

• bam文件可以一个或多个。
• 可以写成脚本，批量处理。

gft_file="/path/to/your/gtf/file"
bam_file1="/path/to/your/bam/file1"
bam_file2="/path/to/your/bam/file2"

featureCounts -t exon -g gene_id -a ${gft_file} -o counts.txt ${bam_file1}

# 去除首行，#开头，其余行保留基因名，长度和read数。
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}!/#/{print $1,$6,$7}' counts.txt >counts.txt.simple

3. 下游分析

读入R成数据框，再用DESeq2包的DESeqDataSetFromMatrix函数读入生成DESeqDataSet对象，进行下游差异表达分析。

参考

http://subread.sourceforge.net/featureCounts.html​​​​​​​