玩转表观，ATAC-seq+RNA-seq共探染色质重塑机制研究

最新推荐文章于 2025-05-10 18:09:08 发布
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分类专栏： 表观代谢 文章标签： 算法 人工智能 大数据
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染色质重塑（Chromatin Remodeling）是指通过改变染色质结构来调节基因表达的过程。染色质是由DNA和组蛋白组成的复合体，染色质重塑通过调节组蛋白修饰、核小体位置和结构等方式，改变染色质对核酶的敏感性，从而影响基因的可及性和表达。染色质重塑作为细胞内的一个核心过程，在细胞分化、发育以及基因表达调控中扮演着举足轻重的角色。

染色质重塑的机制[1]

染色质重塑主要通过以下两种方式进行：1组蛋白共价修饰：包括组蛋白的乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等修饰，这些修饰可以改变组蛋白与DNA之间的相互作用，使染色质结构变得松散或紧密。2ATP依赖的染色质重塑：染色质重塑复合物利用ATP水解产生的能量，移动、排出或重组核小体，从而改变染色质的结构。这些复合物通常由多个亚基组成，核心亚基是一个ATP酶，负责提供能量。

图1.染色质重塑调控机制[1]

染色质重塑的功能[1]

染色质重塑在多种生物学过程中发挥重要作用，包括：

01基因表达调控：

通过改变染色质的开放程度，使转录因子能够更容易地结合到基因启动子区域，从而调控基因的转录。

02DNA复制：

在DNA复制过程中，染色质重塑有助于解开紧密的染色质结构，使复制machinery能够顺利进行。

03DNA损伤修复：

染色质重塑可以改变受损DNA区域的染色质结构，促进修复蛋白的结合和修复过程。

04细胞分化和发育：

在细胞分化过程中，染色质重塑引导干细胞沿着不同的方向发展为各种特定的成熟细胞。

染色质重塑与疾病[1]染色质重塑异常与多种疾病的发生发展密切相关，例如：1癌症：超过20%的癌症患者携带有编码染色质重塑蛋白的基因变异，某些类型的癌症甚至完全由这些基因的突变引起。染色质重塑蛋白是多种肿瘤的生长和存活的必须条件。2神经退行性疾病：染色质重塑在神经发育的不同阶段是必不可少的，其异常会导致多种神经退行疾病的发生和发展。

染色质重塑与植物[2，3]

染色质重塑在植物中也起着多方面的重要作用，包括调控基因表达、促进植物发育、增强环境适应性、维持遗传稳定性，以及在农业应用中提高作物产量和抗逆性，通过改变染色质结构，植物能够更有效地响应环境变化，确保生存和繁殖。

如何利用ATAC-seq+RNA-seq解析染色质重塑机制？

近年来，随着高通量测序技术的飞速发展，ATAC-seq和RNA-seq等技术为深入揭示染色质重塑机制提供了强大的工具。RNA-seq可以全面分析基因表达的变化，揭示染色质重塑对基因表达的调控作用；ATAC-seq可以检测染色质的开放性，确定染色质重塑的区域。将这两种技术结合使用，可以更全面地理解染色质重塑在细胞命运转化和疾病中的作用机制，为开发新的治疗策略提供理论基础。

下面让小编带您来看一下具体应用案例吧。

案例一

Genetic variation is a key determinant of chromatin accessibility and drives differences in the regulatory landscape of C57BL/6J and 129S1/SvImJ mice[4]

 

  • 研究物种：小鼠肝脏

  • 技术路线：

 

  • 研究内容：

本文通过整合RNA-seq、ATAC-seq和H3K27ac ChIP-seq等多组学数据，研究了C57BL/6J和129S1/SvImJ两种小鼠肝脏在正常饮食和高脂饮食条件下的基因表达和染色质可及性差异。研究发现，遗传变异对染色质可及性和基因表达的影响远大于饮食因素，且差异可及性区域（DARs）几乎总是品系特异性的，并富含遗传变异。此外，研究还揭示了转录因子结合如何受到遗传变异的影响，并通过实验验证了TCF7L2和CTCF的结合差异。这些发现为理解非编码遗传变异如何改变基因调控景观提供了详细见解，并展示了如何利用这些信息研究影响转录因子结合的调控变异。

图.不同品系之间增强子活性和可及性的差异相较于饮食诱导效应更为显著

案例二

The activity of early-life gene regulatory elements is hijacked in aging through pervasive AP-1-linked chromatin opening[5]

 

  • 研究物种：22种小鼠细胞类型

  • 技术路线：

 

  • 研究内容：

本文通过对22种小鼠细胞类型的染色质重塑和转录变化进行了全面分析，揭示了早期染色质可及性与衰老过程之间的关键联系。通过多组学分析揭示了衰老过程中染色质重塑的分子机制，发现早期生命基因调控元件的活性在衰老中被AP-1相关的染色质开放所劫持，导致细胞身份转录因子富集的调控区域的可及性降低，而AP-1水平升高的调控区域可及性增加，这一过程与多种生物学过程相关，包括发育、代谢、应激反应和免疫系统功能。

图.对22种小鼠细胞类型的年龄相关染色质可及性和基因表达变化的深度分析

案例三

The chromatin remodeller MdRAD5B enhances drought tolerance by coupling MdLHP1-mediated H3K27me3 in apple[6]

 

  • 研究物种：苹果

  • 技术路线：

 

  • 研究内容：

本文研究了苹果染色质重塑因子MdRAD5B在干旱胁迫下的功能，发现MdRAD5B通过调节染色质重塑和H3K27me3修饰来增强苹果的抗旱性。研究通过ATAC-seq分析发现MdRAD5B影响466个干旱响应基因的表达，并与MdLHP1互作，通过泛素非依赖的20S蛋白酶体途径降解MdLHP1，进而调控615个基因的H3K27me3沉积，揭示了MdRAD5B在苹果抗旱中的双重功能，为培育抗旱苹果品种提供了候选基因。

图.MdRAD5B在干旱时调节染色质的可及性

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ATAC-seq产品介绍

ATAC-seq广泛用于染色质开放性研究，该技术利用Tn5转座酶可以接近核小体疏松区域切割暴露的DNA，获得开放染色质区段（open chromatin），然后结合高通量测序和生物信息学分析来挖掘潜在的活跃转录因子及其靶基因，以此探究生物学相关问题。

◆ 技术优势：

1. 新鲜组织/细胞文库极速交付，最快可当天交付待测序文库；

2. 针对于新鲜样本，提供针对性运输方案，以满足细胞活性；

3. 项目经验丰富，除了常规模式动植物，拥有丰富的疑难样本实验经验，满足客户的不同需求。

4. 拥有完善的ATAC-seq配套分析流程（标准分析+关联分析），丰富的个性化分析。

5. 已协助客户在Nature Commun、Plant Commun和Physiol Plant等国际知名刊物发表多篇高水平文章。

6. 提供从方案设计，建库测序，到数据分析和验证（酵母单杂、EMSA、ChIP等）一站式服务。

 

◆ 实测数据：

疫霉菌样本

水稻样本

 

参考文献

【1】Jiang D, Li T, Guo C, Tang TS, Liu H. Small molecule modulators of chromatin remodeling: from neurodevelopment to neurodegeneration. Cell Biosci. 2023 Jan 16;13(1):10. doi: 10.1186/s13578-023-00953-4. PMID: 36647159; PMCID: PMC9841685.

【2】Chen W, Zhu Q, Liu Y, Zhang Q. Chromatin Remodeling and Plant Immunity. Adv Protein Chem Struct Biol. 2017;106:243-260. doi: 10.1016/bs.apcsb.2016.08.006. Epub 2016 Sep 28. PMID: 28057214.【3】Song ZT, Liu JX, Han JJ. Chromatin remodeling factors regulate environmental stress responses in plants. J Integr Plant Biol. 2021 Mar;63(3):438-450. doi: 10.1111/jipb.13064. PMID: 33421288.

【4】Mononen J, Taipale M, Malinen M, Velidendla B, Niskanen E, Levonen AL, Ruotsalainen AK, Heikkinen S. Genetic variation is a key determinant of chromatin accessibility and drives differences in the regulatory landscape of C57BL/6J and 129S1/SvImJ mice. Nucleic Acids Res. 2024 Apr 12;52(6):2904-2923. doi: 10.1093/nar/gkad1225. PMID: 38153160; PMCID: PMC11014276.

【5】Patrick R, Naval-Sanchez M, Deshpande N, Huang Y, Zhang J, Chen X, Yang Y, Tiwari K, Esmaeili M, Tran M, Mohamed AR, Wang B, Xia D, Ma J, Bayliss J, Wong K, Hun ML, Sun X, Cao B, Cottle DL, Catterall T, Barzilai-Tutsch H, Troskie RL, Chen Z, Wise AF, Saini S, Soe YM, Kumari S, Sweet MJ, Thomas HE, Smyth IM, Fletcher AL, Knoblich K, Watt MJ, Alhomrani M, Alsanie W, Quinn KM, Merson TD, Chidgey AP, Ricardo SD, Yu D, Jardé T, Cheetham SW, Marcelle C, Nilsson SK, Nguyen Q, White MD, Nefzger CM. The activity of early-life gene regulatory elements is hijacked in aging through pervasive AP-1-linked chromatin opening. Cell Metab. 2024 Aug 6;36(8):1858-1881.e23. doi: 10.1016/j.cmet.2024.06.006. Epub 2024 Jul 2. PMID: 38959897.

【6】Song Y, He J, Guo J, Xie Y, Ma Z, Liu Z, Niu C, Li X, Chu B, Tahir MM, Xu J, Ma F, Guan Q. The chromatin remodeller MdRAD5B enhances drought tolerance by coupling MdLHP1-mediated H3K27me3 in apple. Plant Biotechnol J. 2024 Mar;22(3):617-634. doi: 10.1111/pbi.14210. Epub 2023 Oct 24. PMID: 37874929; PMCID: PMC10893944.

植物ATAC-seq文献集锦（三）——果实发育篇
Igenebook的博客
06-14 1306
本研究通过比较基因组学、ATAC-seq技术、RNA-seq分析和CRISPR/Cas9基因编辑技术，深入探究了6种葫芦科作物（黄瓜、西瓜、甜瓜、南瓜、丝瓜和葫芦）早期果实发育中的保守顺式调控元件（CREs）。本研究利用多组学分析方法，包括代谢组学、转录组学和ATAC-Seq，探究了LED白光处理对杏果实成熟过程中生理和营养品质的影响，以及对果实转录调控和代谢物变化的作用。此外，研究还预测并验证了多个可能调控糖分和酸度积累的关键转录因子，构建了一个转录调控网络，为识别控制这些品质特性的候选基因提供了平台。
项目文章 | ATAC-seq和RNA-seq揭示棉花纤维伸长过程中的关键基因
Igenebook的博客
12-18 737
与木聚糖合成相关的GhGUX基因（GUX2和GUX3）显著上调，这将对植物次生壁的合成产生重大影响，最终影响纤维的发展（图3D）。在染色质的Peak区域，可能存在调节附近基因表达的TF结合位点（图4A）。而在WT中，1906个基因与启动子Peak相关，分别与60个下调和28个上调DEG重叠，这些基因被称为差异靶基因（图3B）。突变体的peak包含87个过表示的motif，而WT 的peak包含39个过表示的motif。突变体中的Peak分布在启动子区域，而WT中的大多数Peak主要分布在内含子（图2B）。
整合ATAC-seq和RNA-seq鉴定水稻病毒感染转录因子
Igenebook的博客
05-20 1171
此外，通过整合ATAC-seq和RNA-seq，鉴定了349个开放式DACR中的上调基因和126个封闭式DACR的下调基因，其中34个转录因子（TF）通过上游基序的搜索得到进一步鉴定，8个转录因子的转录水平通过RT-PCR得到验证。研究还统计ATAC-seq片段在所有染色体上的分布（图1d），绘制了转录起始位点（TSS）的上游和下游3 kb的基因的ATAC-seq信号图，并发现TSS区域具有最高的信号，这意味着与其他区域相比，首先，使用BiFC鉴定了上述筛选的TF（图5a）和RSV蛋白之间的相互作用。
哺乳动物细胞转录调控入门---染色质修饰与重塑
weixin_43676409的博客
01-09 814
哺乳动物细胞转录调控入门---染色质修饰与重塑
ATAC-seq学习记录
GeekFocus
10-07 4191
致密核小体结构被破坏后，启动子、增强子、绝缘子、沉默子等顺式调控元件和反式作用因子可以接近的特性，叫染色质的可及性，也叫染色质开放性(chromatin accessibility ），这段区域叫开放染色质（open chromatin） 。 2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequenc.
染色质调控区域的研究：对CHIP-seq和ATAC-seq发展的深入思考
E_gene的博客
12-03 4462
摘要 染色质调控区域在许多疾病过程和胚胎发育中起着关键作用。表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着染色质免疫共沉淀芯片(CHIP-chip)技术的发展，大量的表观基因组分析技术已经出现，如CHIP-seq、DNase I超灵敏位点测序(DNase-seq)、ATAC-seq等。单细胞测序的出现使下一代测序发生了革命性的变化，在单
Nature子刊 | ATAC-seq、RNA-seq和蛋白组联合分析揭示脂质激活转录因子PPARα在肾脏代偿性肥大的作用机制
Igenebook的博客
07-19 2030
在这篇文章中，作者为了探究肾脏代偿性肥大的信号机制，构建了单侧肾切除的小鼠模型，通过三种不同的组学方法（ATAC-seq、RNA-seq 和蛋白质组学），鉴定了转录因子PPARα可能在肾脏代偿性肥大的过程中发挥重要的调节作用，肾脏中内源性PPARα配体水平的显著增加，可能是PPARα激活的潜在机制，接着通过在小鼠体内进行PPARα激动剂处理和基因敲除进行验证，证明了PPARα是近端小管细胞大小的重要调节因子。图1.单侧肾切除术（UNx）后的代偿性肥大发生迅速，主要是由于近端小管中细胞体积的增加。
ATAC-seq
大甘的博客
12-27 1545
（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing）是一种强大的基因组学技术，用于研究染色质的开放状态以及核小体定位、DNA结合蛋白位置等染色质特征。以下是一个ATAC-seq分析代码流程，基于主流的工具和框架，涵盖从原始数据处理到下游分析。：将ATAC-seq与RNA-seq或Hi-C结合，进行全基因组调控网络分析。交叉比较ATAC-seq和RNA-seq结果，关联开放染色质与基因表达。
ATAC-pipe:ATAC-seq数据的分析管道
05-22
ATAC-seq（Accessibility Assay using Transposase-Generated Tags and Sequencing）是一种高通量测序技术，用于研究细胞核的开放染色质区域，揭示基因调控元件，如启动子、增强子等。ATAC-pipe是针对ATAC-seq数据...
TOBIAS:通过研究ATAC-seq信号预测转录因子的占有率
05-04
ATAC-seq（使用高通量测序进行转座酶可及性染色质测定）是用于研究全基因组染色质可及性的测序测定法。 该测定法应用Tn5转座酶将测序接头插入可利用的染色质中，从而能够绘制出基因组中调控区域的图谱。 另外，Tn5...
ATAC-Seq：ATAC-Seq管道分析
02-12
ATAC-Seq（ Accessibility, Transcription factor binding and Chromatin organization sequencing）是一种高通量测序技术，用于研究细胞核开放染色质区域、转录因子结合位点以及整体染色质结构。它揭示了基因表达...
DeconPeaker:基于混合样品 ATAC-Seq 数据中染色质可及性识别细胞类型的去卷积模型
07-23
DeconPeaker ：一种在染色质可及性数据 (ATAC-Seq) 以及基因表达数据 (RNA-Seq & Microarray) 中估计细胞类型比例的去卷积方法。 如何使用DeconPeaker ？ DeconPeaker 的代码是 Python3.8 和 R(4.0) 的混合，需要...
ATAC-seq-analysis
03-12
ATAC-seq（Accessibility Assay by Transposase-Seq）是一种高通量测序技术，用于研究细胞核中的开放染色质区域。这项技术基于转座酶Tn5，它可以插入到DNA上的开放可及区域，从而捕获并富集这些区域的DNA片段。ATAC-...
2025.05.07-淘天研发岗-第一题
春秋招笔试突围
05-09 124
她发现，当且仅当一组结晶石的能量乘积是完全平方数时，这组结晶石能够产生共振。完全平方数是指可以表示为某个整数的平方的数，如1、4、9等。要使乘积是完全平方数，我们需要所有质因子的指数和都是偶数。总体来说，这道题的难点在于将"乘积是完全平方数"转化为"所有质因子的指数和都是偶数"，并利用位运算高效地判断和统计符合条件的组合。我们知道，一个数是完全平方数当且仅当它的所有质因子的指数都是偶数。比如说，4 = 2² 是完全平方数，而6 = 2¹ × 3¹ 不是完全平方数，因为2和3的指数都是1（奇数）。
YOLO目标检测算法评估标准
jdjhcn的博客
05-10 1052
不同类型的模型，评估指标各有侧重。分类模型中，准确率反映预测正确的整体比例；精确率关注预测正例中实际正例的占比；召回率衡量实际正例被正确预测的程度；F1 值综合精确率与召回率，适合样本不均衡场景。回归模型里，均方误差计算预测值与真实值误差平方的均值，能体现平均差异；平均绝对误差以误差绝对值平均，对异常值敏感度低；聚类模型中，轮廓系数综合凝聚度和分离度，值近 1 代表聚类佳。那么我们今天学习的YOLO目标检测模型使用什么指标评估模型的效果。
算法训练营第十三天｜226.翻转二叉树、101. 对称二叉树、 104.二叉树的最大深度、111.二叉树的最小深度
最新发布
suwnbs的博客
05-10 342
*carl的讲解：**因为最小深度的判别要比最大深度复杂。直接将max改成min是不行的，因为会把非叶子节点的值当作最小值返回。因为这个非叶子节点可能离根节点不愿，左边没节点但是右边有节点，这样他就可能得出的depth很小，但是他都不是叶子节点。**carl的讲解：**不再显示传递depth参数，因为递归本身隐式计算深度。可以用层序遍历，记录层数。就是简单的改前面的最大深度为最小深度。但是踩坑了，不是这么简单。发现超时的原因了，因为 16、17、18行的代码将。写了出来，在37/39个示例报超时。
基于OpenCV的人脸识别：FisherFaceRecognizer算法
zdx2585503940的博客
05-10 1007
这个系统使用OpenCV的算法，通过训练少量样本图片，实现对输入图像的分类识别。加载训练图像并预处理训练FisherFace识别器对测试图像进行预测在图像上显示中文识别结果这个简单的系统展示了如何使用OpenCV实现基本的人脸识别功能。虽然只使用了少量训练样本，但已经能够完成基本的分类任务。增加更多训练样本提高准确性使用更先进的算法如LBPH或深度学习模型添加人脸检测步骤实现全自动识别构建更完善的用户界面完整代码已在上文展示，读者可以根据需要调整参数或扩展功能。
动态规划背包问题
2302_79602355的博客
05-06 653
0-1背包问题就是给定n个物品和一个容量为C的背包，物品i的重量是Wi,其价值是Vi。问：应该如何选择装入背包的物品，使总价值最大且总重量不超过C？
ATAC-seq数据处理
03-27
<think>好的，我现在需要回答用户关于ATAC-seq数据处理方法及工具的问题。首先，我应该回顾一下用户提供的引用内容，确保信息准确且符合他们的需求。根据引用[1]、[2]、[3]和[4]，ENCODE ATAC-seq Pipeline是一个主要的工具，同时用户还提到了FastQC、Trimmomatic、Bowtie2、Samtools、MACS2等工具。需要将这些工具整合到回答中，并按照数据处理流程的步骤进行组织。 首先，我需要确定ATAC-seq数据处理的基本步骤，通常包括质控、数据过滤、比对、peak calling、注释和可视化等。每个步骤都需要对应的工具，比如质控用FastQC，过滤用Trimmomatic，比对用Bowtie2，peak calling用MACS2。同时，ENCODE的流程是一个集成的解决方案，可以自动化处理整个流程，这一点需要强调，因为它能减少人为错误，提高效率。 接下来，要注意用户提到的引用内容，特别是引用[3]中提到的自动化、高度可定制、跨平台兼容等特点，这些需要在回答中提及。另外，爱基百客（引用[4]）作为提供技术服务的公司，可以推荐给用户作为实验和分析的支持选项。 在组织内容时，需要分步骤详细说明每个阶段使用的工具和方法，同时结合引用中的信息。例如，在数据预处理阶段，除了FastQC和Trimmomatic，还可以提到ENCODE流程的自动化处理；在比对阶段，Bowtie2是常用工具，而ENCODE流程可能已经集成了这些工具，简化步骤。 另外，需要确保回答符合系统级指令，比如使用正确的中文，数学公式用$...$格式，独立公式用$$...$$。不过在这个问题中可能涉及数学较少，但如果有统计方法或模型，需要注意格式。同时，生成相关问题，可能需要考虑用户可能进一步询问的优化方法、流程比较或应用案例等。 最后，检查引用是否正确标注，每个引用来源的信息是否准确无误地对应到回答中的相应部分。例如，ENCODE流程的特点来自引用[3]，而具体的工具列表来自引用[2]。确保在回答末尾的引用标识与提供的参考引用匹配，没有错误或遗漏。 现在需要将这些思考整合成一个结构清晰、分步骤的回答，涵盖用户所需的数据处理方法及工具，同时结合引用内容，确保信息可靠，并且自然地插入引用标识。此外，生成的相关问题需要与ATAC-seq数据处理相关，引导用户深入了解更多内容。</think>### ATAC-seq数据处理方法及工具 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一种用于研究染色质开放性的高通量测序技术。其数据处理流程主要包括以下步骤： #### 1. **原始数据质控与预处理** - **工具**： - **FastQC**：用于原始测序数据的质量评估，生成质量分布、序列长度等报告[^2]。 - **Trimmomatic**或**Cutadapt**：去除低质量碱基、接头序列和污染片段。 - **方法**： - 过滤低质量读段（如质量值低于$Q20$的碱基）。 - 保留长度合格的读段（如长度≥$30$ bp）。 #### 2. **序列比对与去重** - **工具**： - **Bowtie2**或**BWA**：将过滤后的读段比对到参考基因组[^3]。 - **Samtools**：处理比对结果（BAM/SAM文件），去除PCR重复。 - **方法**： - 比对参数需根据测序类型调整（如单端/双端测序）。 - 使用`MarkDuplicates`工具（来自Picard包）标记重复读段。 #### 3. **开放区域检测（Peak Calling）** - **工具**： - **MACS2**：最常用的peak calling工具，识别染色质开放区域[^3]。 - **HMMRATAC**：基于隐马尔可夫模型的工具，适用于ATAC-seq特异性分析。 - **方法**： - 通过统计模型（如泊松分布）区分真实信号与背景噪声。 - 生成BED格式的peak文件，记录开放区域的基因组坐标。 #### 4. **下游分析与可视化** - **注释与功能分析**： - **ChIPseeker**或**HOMER**：注释peak所在的基因组区域（如启动子、增强子）。 - **GREAT**：关联peak与潜在调控的基因及功能通路。 - **可视化工具**： - **IGV**（Integrative Genomics Viewer）：展示peak在基因组上的分布。 - **deepTools**：生成热图、信号分布图等。 #### 5. **集成化流程推荐** - **ENCODE ATAC-seq Pipeline**： - 全流程自动化处理原始数据至下游分析，支持标准化输出（HTML报告、JSON文件）[^1]。 - 特点：高度可定制、跨平台兼容、错误报告机制完善。 #### 6. **技术服务支持** - 如实验设计或分析复杂，可联系专业机构如**爱基百客**，提供定制化ATAC-seq实验与数据分析服务[^4]。 --- ###
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