北京大学生物信息学(转录组)

最新推荐文章于 2023-11-30 17:32:26 发布
最新推荐文章于 2023-11-30 17:32:26 发布
阅读量621 收藏 2
点赞数
分类专栏： 学习充电
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/leianuo123/article/details/116330184
版权
博客内容涉及转录组测序中的特征选择策略，包括启发式选择、前向、后向和双向选择。强调测序深度对精度的影响，介绍了read归一化的RPKM、TMM、deseq和TPM方法。还讨论了基因链特异性、基因组mapping工具Tophat及其参数设置，以及如何处理不同测序平台和建库方式。Cufflinks用于有参和无参比对，Cuffdiff进行差异表达分析，最终通过可视化展示结果。
摘要由CSDN通过智能技术生成

特征选择
启发式选择

前向选择
后向选择
双向选择

转录组测序 精度严重依赖于测序深度，因此需要对测序深度进行read 归一化。常用的方法是RPKM ，除了RPKM 外还有TMM，deseq,以及TPM。
在这里插入图片描述

除了测序深度外，还有练的特异性也会影响基因的表达，需要考虑基因的链的特异性。

在这里插入图片描述

常见的基因组mapping 的工具
在这里插入图片描述

Tophat
在这里插入图片描述

参数
-r 内部的插入片段
-G 是否需要参考基因组
在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

文库的类型:

最低0.47元/天 解锁文章
forever luckness
关注
专栏目录
生物信息学研究的问题1-转录组分析和调控网络
xuetuxiaoli的博客
04-29 1542
遗传学的中心法则中，基因的转录调控是一个非常复杂的生物学过程，许多基因和调控因子参与其中，通过复杂的基因调控网络发挥特定的生物学功能。随着高通量测序技术的发展，通过生物信息学手段进行分析，有利的推动了基因转录及其调控活动的研究。 目前认为，遗传信息通过信使RNA（mRNA）从DNA传递到蛋白质。mRNA发挥生物信息传递桥梁的作用。狭义上，转录组指的是特定条件下基因组转录出来的所有mRNA的总和，广义上，指的是细胞某一状态下转录出来所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA（non-coding RN
北京大学生物信息学(3)
leianuo123的博客
04-17 519
北京大学生物信息学(同源性，相似性，相似矩阵) 如何使用计算机来识别相似性，使用相似矩阵 多序列比对 蛋白质打分比对矩阵 常用的蛋白比对的算法BLOSUM 蛋白质的演化过程 PAM2表示从A2步到A的概率，如从A 2步到A 表示从A 1步到A、B、C，然后再1步到A的概率 关于PAM矩阵的计算，矩阵的乘法 氨基酸的相似性矩阵 比对序列的差异大小，差异大常用BLUOSUM45，常用的是62，比较差异小，用BLUSOM80。 计算机识别的方式 Dot matrix Dot matrix (最基本
生物信息之转录组
dianyueji9619的博客
06-22 697
转录组背景知识 1、测序平台有哪些 Roche 454 illumina ABI 2、有参无参 有参是指我们研究的这个物种已经有比较完善的参考基因组了，这个时候只需要把RNA-cl数据比对到基因组，然后进行后续的组装、定量分析就好。 但有些研究较少的物种或新物种是不存在参考基因组的，这时候就需要用到无参的、从头组装的方法。 有参和无参使用的软件有较大的区别。（比如小...
北京大学生物信息学笔记-第一周-生物信息学概述
GUET_DM_LQ的博客
05-17 651
什么生物信息学？ [1] 基因组：生命手册 [2] 人类基因组有31亿碱基对 [3] 碱基编码基因占~2.9% [4] ~97%的基因以前被称为是"垃圾“ [5] 他们包含编码指令的调节元素——什么时候，在哪里，制造多少蛋白质 Bioinformatics: an interdisciplinary field that develops and applies computer and computational technologies to study biomedical questions 生物信
北京大学生物信息学-第三周-序列数据库 BLAST
GUET_DM_LQ的博客
05-18 1662
序列数据库 Genbank是美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information ，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据 SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 BLAST算法初
北京大学生物信息学课件
04-04
北京大学的生物信息学课件是一套全面而深入的学习资源，主要涵盖了生物信息学的基本概念、方法和技术。这个压缩包包含了多个章节的阅读参考资料，旨在帮助学生或研究者系统地理解和掌握这一领域的核心知识。 首先，...
Coursera-北京大学生物信息学讲义PPT-完整版.zip
12-16
此讲义源自北京大学在Coursera上开设的生物信息学课程，旨在为学习者提供系统性的知识和实践指导。 【北京大学】作为中国顶级学府，其生物信息学课程具有权威性和深度，涵盖了从基础理论到实际分析技术的广泛内容。...
北京大学生物信息学转录数据分析(11)
leianuo123的博客
05-02 349
转录数据分析 聚焦差异分析和聚类 非编码RNA 的注释和功能分析 常见的差异分析的方法的优缺点 pvalue 的调整BF 调整，将会导致假阴性的产生 距离度量 两个基因之间的表达模式和关联度 欧氏距离 两个基因间在表达水平上的关联 皮尔森相关距离 两个基因之间的表达相模式相似性(奇异值对皮尔森相关性影响较大) illumina 公司的hiseq 和miseq操作流程分析 聚类分析 常见的聚类分析基于的距离方法 下图参数p 是阶的参数 hclust ...
《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十五）
wxw060709的专栏
09-21 1653
第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 8.4 转录组数据挖掘 转录组可以视为细胞特定时刻基因表达谱的一个快照，因此相关的研究通常包括定性和定量两个方面。定性研究主要鉴定出所有表达的转录本，定量研究则要确定这些转录本各自的表达量。 拿到表达信息只是转录组研究的第一步，为了能理解生物体中基因表达调控，我们还需要对表达谱数据进行进一步的数据挖掘（Data Mining），从而发现新的...
北大生物信息学学习(2) 生物学及生物学信息学的发展
leianuo123的博客
04-05 330
生物学及生物信息学的发展现状 关于1988年发起的人类基因组计划 生物学(信息)学的发展 生物信息学的发展 中国的生物信息学的发展 国内外基因组学的发展 1998年中国人类基因组南方和北方基因组中心在上海和北京成立 1999年华大基因在上海成立后迁往深圳 2003年中科院基因组所成立 863 和973 计划支持生物领域的发展 最早的生物信息学出现 ...
《生物信息学：导论与方法》--新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq--听课笔记（十四）
wxw060709的专栏
09-20 3091
第八章新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 8.1 转录组介绍 A transcriptome is a collection of all the transcripts present in a given cell. 所谓转录组（transcriptome），是指特定细胞中全体转录本（transcript）的集合。 也可以说是细胞特定时刻基因表达谱的一个快照（snapshot...
北大生物信息学公开课学习(1)
leianuo123的博客
04-05 417
https://www.bilibili.com/video/BV1by4y1k7rc?from=search&seid=8006130703787982050 北大的生物信息学公开课 课程目录 信号通路的分析 常见KEGG 和GO 分析 基于已知的模型对未知的模型进行预测，主要是通过(隐)马尔可夫模型(HMM） 如何构建模型，训练模型和预测 如何通过MM 进行序列比对，如何利用HMM预测给定DNA 序列种的编码区域 使用MM 和HMM方法 G...
北京大学生物信息学课程(5)
leianuo123的博客
04-18 409
北京大学生物信息学课程(5) 马尔可夫模型的学习 马尔可夫模型 未来的状态至于当前的状态和状态的转移概率有关，而与之前和过往的状态无关。 空位罚分 引入了Gap open 和Gap extending 序列的比对是一个状态的转换 有限状态机模型 马尔可夫链，俄国数学家安德雷·马尔可夫（Андрей Андреевич Марков）以纪念其首次提出马尔可夫链和对其收敛性质所做的研究 [5] 关于马尔可夫模型的常用场景 及简单代码 数学模型——初步理解马尔可夫链（Markov chain）https:
北大生物信息学第12周学习笔记
xjw的博客
05-27 379
课程笔记第12周新基因鉴定及演化分析-概念与实例新基因鉴定及演化分析讲述老师发现研究新基因的过程和方法 第12周 新基因鉴定及演化分析-概念与实例 新基因是什么？简单地说是最近演化时期基因组中产生的新基因 依据节简原理（parsimony principle）也就是假设最少的假说越有可能是真的，所以如下图所示， 11种分子机制，在独立或组合地产生新基因 信基因与上亿年前的基因具有同等重要的功...
Nature重磅综述|2022年最新生物信息学，你想知道的都在这里！
悟道西方
11-30 3540
培训背景四大专业课程 助您发顶刊课程一:深度学习基因组学专题线上培训班 课程二:机器学习单细胞分析应用专题线上培训班 课程三:单细胞空间转录组应用专题线上培训班 课程四:CADD计算机辅助药物设计专题线上培训班深度学习已经被广泛应用于基因组学研究中，利用已知的训练集对数据的类型和应答结果进行预测，深度学习，可以进行预测和降维分析。深度学习模型的能力更强且...
有参转录组实战3-计算readcount和TPM表达量
最新发布
liangjinghui123的博客
11-30 307
有参转录组实战3-计算readcount和TPM表达量
edgeR提供的TMM归一化算法详解
庐州月光的博客
09-27 3790
欢迎关注”生信修炼手册”!我们都知道raw count的定量方式，是无法直接在样本间进行比较的。所以差异分析时，都会对原始的表达量数据进行归一化。在之前的文章中，我们介绍了DESeq2提...
Trinity 一条龙策略
alnx37271的博客
03-18 2086
1. Trinity进行转录组组装 Trinity进行转录组组装的典型命令如下: $ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ --right sample1_2.cle...
转录组学研究方法：从测序到生物信息学分析
本文主要介绍了转录组学的基本研究方法，包括基于测序和基于杂交的方法，以及相关的生物信息学分析。 1. **概念**： 转录组学是对细胞在特定条件下转录出的所有RNA分子的全面分析。这些RNA分子包括编码蛋白质的...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值