特征选择
启发式选择
前向选择
后向选择
双向选择
转录组测序 精度严重依赖于测序深度,因此需要对测序深度进行read 归一化。常用的方法是RPKM ,除了RPKM 外还有TMM,deseq,以及TPM。
除了测序深度外,还有练的特异性也会影响基因的表达,需要考虑基因的链的特异性。
常见的基因组mapping 的工具
Tophat
参数
-r 内部的插入片段
-G 是否需要参考基因组
文库的类型:
特征选择
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后向选择
双向选择
转录组测序 精度严重依赖于测序深度,因此需要对测序深度进行read 归一化。常用的方法是RPKM ,除了RPKM 外还有TMM,deseq,以及TPM。
除了测序深度外,还有练的特异性也会影响基因的表达,需要考虑基因的链的特异性。
常见的基因组mapping 的工具
Tophat
参数
-r 内部的插入片段
-G 是否需要参考基因组
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