统计eggNOG注释结果中的COG数量种类

最新推荐文章于 2024-04-28 01:35:27 发布

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文章标签： python java javascript

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_53945548/article/details/130216790

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该代码段是一个Python脚本，用于读取名为eggnog_属目录下的_eggnog.txt文件，统计并打印COG分类出现的次数。它创建一个字典存储COG计数，然后将结果写入新的_result.txt文件。脚本遍历当前目录下所有符合指定条件的_eggnog.txt文件进行处理。

摘要由CSDN通过智能技术生成

结果文件在此

import os
os.chdir("~/毕业设计/eggnog/eggong_属")

def eggNOG_COG_count(eggnog):
    f1 = open("%s" % (eggnog), "r", encoding='utf-8')
    db={}
    for line in f1.readlines():
        if "#query" not in line:
            COG = line.split("\t")[6].strip("")
            print(COG)

            if COG in db:
                db[COG] += 1
            if COG not in db:
                db[COG] = 1
    output = str(eggnog)+"COG_result.txt"
    print(db)
    f2 = open("%s" % (output), "a")
    for ID, seq in db.items():
        print(ID, end="\t", file=f2)
        print(seq, file=f2)

for eggnog in os.listdir(os.getcwd()):
    if ("_eggnog.txt" in eggnog) and ("_result.txt" not in eggnog):
        eggNOG_COG_count(eggnog)