单细胞转录组绘图视频教程

最新推荐文章于 2023-05-08 17:23:28 发布
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分类专栏： 绘图 单细胞 文章标签： 生物信息
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我在B站发布了“单细胞转录组绘图”系列视频教程，一共分了9集，共计57分钟，适合入门single cell和想进阶的小伙伴。

1. 数据预处理and肿瘤样本去不去批次

（这个图是没有去批次的）

2. tsne或者umap降维图的一般画法

3. 左下角的坐标轴怎么画

其实是用线段代替了坐标轴

4. 散点图加等高线加二维密度图

nature那篇的绘图还有个大圆圈，最后把它俩组合起来就可以了，后期全靠AI

5. 计算基因集分数_投影图

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单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）
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今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图：tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图，每个图我都会用两种方法绘制。 使用的数据来自文献：Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Researc
跟着Nature Communications学画图：R语言circlize包画弦图展示基因密度
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最近在看论文image.png论文中的部分代码是公开的，代码的链接是https://github.com/CornilleAmandine/-apricot_evolutionary_hi...
转录组入门（pheatmap制作热图）
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易生信高级转录组分析和数据可视化第9期课程开课啦！！
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常规转录组是我们最常接触到的一种高通量测序数据类型，其实验方法成熟，花费较低，以后应该就如做个PCR一样常见。而且分析思路简洁清晰，是入门生信，学习生信分析思路的首选。数据分析是相通的，...
跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类
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更多内容请关注个人公众号---KS科研分享与服务--- 接上节（跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控（QC）及合并去除批次效应）。 数据合并之后，就需要跑标准的Seurat分析流程了。在《cell》文章中，作者还计算了细胞周期评分，因为我们收集到的细胞可能处于不同的分裂时期，所以看周期是很有必要的，尤其是针对具体的研究目的。在示例数据中，可以看到，各个样品细胞周期基本一致。 s.genes <- cc.genes$s.genes g2m.genes <- cc.ge
本公众号最新的单细胞推文目录
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12-21 1266
本公众号最新的单细胞推文目录： 分析 单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing 单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵 单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分 单细胞分析实录(4): doublet检测 单细胞分析实录(5): Seurat标准流程 单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据 单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释 SingleR如何使用自定义的参考集 单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一） 单细胞分
宏转录组方法_高级转录组分析和R语言数据可视化第12期 (线上线下同时开课)
weixin_39704314的博客
12-05 244
“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下相识。转录组线上直播时间：2020/11/27-2020/11/29扩增子线上直播时间：2020/12/04-2020/12/06宏基因组线上直播时间：2021/01/22-...
Nature| 论2023年最新“ 颠覆性 ”技术，人工智能在基因组学与单细胞直线开挂
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2302_77238052的博客
05-08 671
生物医学是综合医学、生命科学和生物学的理论和方法而发展起来的前沿交叉学科,基本任务是运用生物学及工程技术手段研究和解决生命科学，特别是医学中的有关问题。机器学习技术能利用复杂的算法在大规模、异质性数据集中进行运行,在生物医学方面、人类基因组项目、癌症全基因组项目、等项目上都表现出了巨大的潜力，收集并分析与医学疗法和患者预后相关的大量数据集或能将医学转化称为一种数据驱动、以结果为导向的学科，其对于疾病的检测、诊断都有着非常深远的影响。
GEO学习笔记-P3 表达矩阵过滤
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04-01 2379
学习材料：【生信技能树】公共数据库挖掘实例（基于R语言） bilibili版本以及后续更新课程中的github材料为基础。 本章节是以：【生信技能树】公共数据库挖掘实例（基于R语言）为基础，进行的代码复现与注释，章节标注以之为准。 【生信技能树】公共数据库挖掘实例（基于R语言）_哔哩哔哩_bilibili今天小编给大家带来的是由我们jimmy大大亲自录制的公共数据库挖掘实例~纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行，一起跟着大大来实践吧~https://www.bilibili.com/video/BV1Lt4.
超详细GO富集分析弦图绘制（不知道算不算保姆级教程）
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安装GOplot install.packages("GOplot") 激活GOplot library(GOplot) 因为我喜欢用excel进行一些文本操作，所以也激活了操作xlsx格式的r包 library(openxlsx) ###########试运行帮助文档中的教程########## help(package = "GOplot") #点击Help Pages下的EC 这里有这个数据的一些描述，例如这是内皮细胞的转录组信息 详细的描述（有道翻译） 数据集包含来自两个稳态组织(大脑和心脏)的内
转录组分析的正确姿势
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10-15 2363
转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。转录组的测序分析也相对成熟，从RNA提取、构建文库、上机测序再到结果解析既可以自己完成，又可以在专业公司进行。概括来看转录组的分析流程比较简单，序列比对-转录本拼接 (可选)-表达定量-差异基因-功能富集-定制分析。整个环节清
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一文解决Cellphonedb单细胞互作分析及可视化作图（1）
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很多小白不晓得的问题是如何在windows下安装一个Linux，linux其实是一个操作系统，和windows一样，就是操作处理文件等等，现在windows10及以上可以安装Linux子系统（Linux也有桌面版，后续再说），打开Microsoft store, 检索ubuntu（linux的一个发行版，我想这么解释你就懂了，国产手机基本都用安卓系统，但是牌子有很多，你就把Ubuntu理解为牌子吧，背后的操作系统是Linux即可。安装过程出现各种错误，我遇到的都在下面，如果遇到新的，解决不了，请记得百度。.
高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十三期 （线上线下开课）
悟道西方
02-03 479
福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在365天内选择参加同课...
在线画图
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11-17 975
欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/Ld2dNcaWR-jIzolHw_tkHA 十一之前，出了一期画图专辑：好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠)，这些都是基于R代码或简便封装的R脚本，便于学习和使用。另外还有
聚类热图分类注释_手把手教你绘制高颜值的单细胞热图
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01-06 1万+
在看单细胞文章的时候，总会在文章里面碰到一些非常酷炫的热图，比如说下面这张图来自于最近的NBT上单细胞ATAC-seq的聚类展示。但是用Seurat自带的热图函数DoHeatmap绘制的热图，其实是没有这个效果。于是我尝试使用ComplexHeatmap这个R包来对结果进行展示。个人觉得好的热图有三个要素聚类: 能够让别人一眼就看到模式。如果本来就无法聚类，那图也不好看。注释: 附加注释...
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单细胞UMAP降维图的修饰（一些偏僻问题）
qq_42090739的博客
04-11 2910
本来呢，单细胞UMAP或者TSNE降维图正常展示就好了，最多修改颜色坐标就可以，但是奈何总是有文章挑战别人的眼睛，非要秀一波非常规操作，那我们也只能把他们打下神坛。 事情的起因是看了这篇文章中的UMAP图，有啥特点呢？每个点都是有边框的，这不就是ggplot中选择shape=21的形状吗？很显然，Dimplot是实现不了的。UMAP降维图本质也是散点图，只需要将作图数据导出，ggplot2就可以实现任何你想要的修饰了。 首先我们设置下颜色，并将作图的数据导出，导出的数据包含UMAP两个坐标的数据。
剑桥大学2018单细胞转录组分析实战教程
剑桥大学于2018年发布的单细胞转录组分析教程，是一份针对生物信息学专业人士和研究者的实用指南，旨在深入讲解单细胞RNA-seq的数据处理、分析和解读。该教程由Vladimir Kiselev、Tallulah Andrews、Jennifer ...
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