01.marker展示_聚类和热图组合

最新推荐文章于 2022-12-15 14:33:06 发布
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分类专栏： 绘图 单细胞 文章标签： 单细胞 ggplot2 生物信息
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_38774801/article/details/124461418
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整理了一些旧代码，颜值还不错。
我的公粽号有获取方式，除了提供代码，还会提供原始count数据，跟着代码一步一步运行，可以熟悉单细胞转录组基本分析的流程。我也会加入一些自己实际分析中的技巧，希望大家能喜欢这个系列。

这张图分上中下三部分，最上面是各个细胞亚群的层次聚类关系，中间用点的大小来表示亚群细胞数量，最下面是marker基因的表达热图，后面抽空再修改一下，把一些重要基因的label标上去

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聚类热图分类注释_手把手教你绘制高颜值的单细胞热图
weixin_35715402的博客
01-06 1万+
在看单细胞文章的时候，总会在文章里面碰到一些非常酷炫的热图，比如说下面这张图来自于最近的NBT上单细胞ATAC-seq的聚类展示。但是用Seurat自带的热图函数DoHeatmap绘制的热图，其实是没有这个效果。于是我尝试使用ComplexHeatmap这个R包来对结果进行展示。个人觉得好的热图有三个要素聚类: 能够让别人一眼就看到模式。如果本来就无法聚类，那图也不好看。注释: 附加注释...
leaflet.marker.highlight:L.marker 的突出表现
08-04
传单.marker.highlight L.marker 的高光效果。 演示 安装 npm install leaflet.marker.highlight --save 用法 暂时高亮 当您将鼠标悬停在标记上时，会出现高光效果。 您可以在初始化标记时设置它。 var marker1...
直接添加GO词云到基因表达热图上
悟道西方
05-17 804
我想这将是一个非常有用的功能。对于一个基因表达热图，如果对热图中的行进行了切分，那么这个新的anno_GO_keywords()函数会自动对每个row cluster中的基因进行基因集合富集分析(Gene set enrichment analysis/over-representation analysis)，然后提取显著的GO条目，提取其关键词，通过词云的方式依附到每...
r中gglot怎么组合多张图_如何将信号图中使用R的几个热图组合起来
weixin_28797889的博客
02-22 331
我已经用函数pheatmap创建了36个热图，并且我只想用一个数字来显示它们。我试图使用函数par()，但它不起作用，我不知道为什么。有人能告诉我该怎么办？非常感谢你。这是我的代码：require(graphics);require(grDevices);library("pheatmap", lib.loc="D:/Program Files/R/R-3.1.1/library");librar...
单细胞基因可视化之热图的根本改造2
qq_42090739的博客
03-08 3916
我们前面已经说过了单细胞marker/或者其他任意基因的热图的简单修饰（单细胞基因可视化之热图改造修饰1），仅仅是基于颜色和DoHeatmap函数的参数修饰。那么要对热图进行根本的改造，关键点在于提取表达矩阵，然后对分组进行注释，就可以使用heatmap或者ComplexHeatmap来做图了。 首先计算marker基因，然后选择自己需要展示的基因。 library(Seurat) library(stringr) library(dplyr) all.markers <- Find
跟着iMeta学做图｜ComplexHeatmap包绘制热图展示不同样本物种相对丰度
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
12-01 1182
本教程相关代码已经上传至https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221125HeatmapOfAbundance如果你使用本代码，请引用：Dingfeng Wu et al. 2022. Targeting keystone species helps restore the dysbiosis of butyrate-produ...
基因表达热图聚类并增加行列注释
悟道西方
05-05 1166
聚个类，可能模式更清晰一些。聚类参数有很多，如下图：按行聚类、按列聚类、行列聚类，聚类方法是什么，距离矩阵算法选哪个，我们提供了21种聚类算法，有通用的，有特异用于菌群数据的。在我们打开聚...
allARimgs-totest.7z_marker_AR_Augmentedreality_
10-03
All marker to make tests.
marker_file.rar_communication_marker
07-15
marker file for signal generator
daima.rar_marker
09-21
Write a program to read a list of positive integer numbers from user, and output the maximum number, minimum ... The negative number functions only as a stop marker but don’t use it in the calculation.
list_nulls.rar_marker
09-14
Special version of lists, where end of list is not a NULL pointer, but a nulls marker, which can have many different values.
在线绘制RNA-seq，microarray基因表达谱聚类热图heatmap
微生信
09-22 3584
聚类热图是生物医学论文中最常见的一类图。一般情况下我们认为cluster（聚类）、 heatmap（热图）两个词表达的是同一个意思，往往相互替代。然而这两个词还是有区别的，cluster是数据处理，heatmap是数据展示。
用seaborn作聚类热图
qq_39212193的博客
02-04 2239
import matplotlib.pyplot as plt import seaborn as sns import pandas as pd sns.set() data = pd.read_csv("fs.csv") #print(data.head()) flights = data.pivot("month","year","passengers") ## 绘制x-y-z的热力图，比如 年-月-销量 的聚类热图 g = sns.clustermap(flights, fmt='d', c
单细胞marker基因平均表达量热图
qq_42090739的博客
12-15 2634
最近有小伙伴问道如下的文献图，简单明了的一种细胞一列进行marker gene表达展示。这个图其实就是展示了平均的细胞表达量而已。此外，顺便复现下基因注释。选择需要的marker gene进行展示，平均表达量使用seurat自带函数AverageExpression进行计算。热图使用Complexheatmap做即可。legend自己修饰一下就可以了。Complexheatmap真的很强大，有很多有用的功能，慢慢的我们探索。
单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4种图形（二）
TOP生物信息
03-02 1万+
在上一篇中，我已经讲解了展示marker基因的前两种图形，分别是tsne/umap图、热图，感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式，小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况。我的marker基因一共选了12个，下面来画图： Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画， library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx".
单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）
TOP生物信息
01-08 1万+
今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图：tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图，每个图我都会用两种方法绘制。 使用的数据来自文献：Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Researc
在线绘制基因表达热图
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07-11 3万+
在线绘制基因表达热图昨天需要画基因表达热图(heat map), 想起一个在线的网站可以很方便的绘制，提供大家。不用R代码，这个工具绝对可以画出你想要的那样。网址是：https://software.broadinstitute.org/morpheus/
百度地图 实现marker的点聚合
不积跬步，无以至千里；不积小流，无以成江海。
05-20 2562
1.代码样例 需要引入依赖的js <script type="text/javascript" src="//api.map.baidu.com/api?v=2.0&ak=您的密钥"></script> <script type="text/javascript" src="//api.map.baidu.com/library/TextIconOverlay/1.2/src/TextIconOverlay_min.js"></script> &
单细胞基因可视化之热图改造修饰1
qq_42090739的博客
03-07 8938
热图不再过多介绍了，参考之前的内容（热图系列大全）。单细胞基因可视化中热图也是比较受欢迎的，在分析完每群的marker基因之后，可以挑选显著的gene用seurat自带函数DoHeatmap可视化。当然也可以选任意自己想展示的基因进行可视化。 首选选择基因，将其转化为列表，然后比对到原数据。 markers <- c("ACKR1","RAMP2","SELE","VWF","PECAM1", "LUM","COL3A1","DCN","COL1A1","CFD",
# render elements self._render_marker = True self._render_trails = True
最新发布
05-17
这段代码看起来像是 Python 中的一个类的初始化函数中的代码。其中 `_render_marker` 和 `_render_trails` 是该类的两个成员变量，它们的值都被初始化为 True。根据变量名来看，这个类可能是用于渲染某种图形的，`_render_marker` 和 `_render_trails` 可能是控制是否渲染标记和轨迹的开关。但是，为了更好地理解这段代码的含义，还需要结合该类的其他代码来进行分析。

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