单细胞 | Seurat文件生成

最近想使用文献中的数据集，发现每篇文献提供的数据格式都不太一样，创建seurat对象会遇到一些问题。

以标准的输入文件为例，命名为barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz，分别是细胞标签，基因，表达矩阵，但是文章提供的数据可能并不是标准格式，需要打开文件确认。

以SCP1852数据为例，发现有四个文件：

AllNuclei_snRNA_counts.mtx.gz打开是表达矩阵（即matrix.mtx.gz），三列分别为基因、细胞、表达量。

 AllNuclei_snRNA_counts_colnames.txt.gz打开是细胞信息（即barcodes.tsv.gz）

 

AllNuclei_snRNA_counts_rownames.txt.gz打开是基因信息（即features.tsv.gz），标准的features文件是两列，包括ensemble ID和symbol，这里只有一列，最简单的方法就是复制一下，变成两列，不然后面用Read10X读取文件会显示报错error in [.data.frame(category.matrix, , gene.group, drop = f) : undefined columns selected。