ibaq intensity 蛋白组学 蛋白质组学两个定量方法（iBAQ和LFQ）的区别及常见的标准化方法

APT —— Label-free分析服务Q&A（第一版）-微信文章-仪器谱

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Comparative evaluation of label-free quantification strategies - PubMedThe selection of a data processing method for use in mass spectrometry-based label-free proteome quantification contributes significantly to its accuracy and precision. In this study, we comprehensively evaluated 7 commonly-used label-free quantification methods (MaxQuant-Spectrum count, MaxQuant-iB …https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31987925/ https://www.researchgate.net/post/What_is_the_difference_between_LFQ_intensity_and_plain_intensity#:~:text=Yes%2C%20Ilian%20Atanassov%20is%20right.%20iBAQ%20is%20the,similar%20to%20the%20%22protein%20intensities%22%20used%20by%20iBAQ.

 

蛋白质组学两个定量方法（iBAQ和LFQ）的区别及常见的标准化方法

1、基于Maxquant软件处理的LabelFree蛋白质组学
首先，在使用Maxquant软件进行查库的时候，有两个参数值得大家关注：LFQ和iBAQ。
当我们在进行搜库时，如果两个参数都选择，将会在结果文件中有三个定量结果：Intensity，IBAQ和LFQ。
接下来，我们来详细解释一下这三个定量结果的区别：

Intensity：将Protein Group中的所有Unique和Razor peptides的信号强度求和，作为最原始的强度值
iBAQ：基于 Intensity 的强度值，除以该蛋白的理论肽段数目，主要用于同一样本内，不同蛋白的相互比较
LFQ：基于 Intensity 的强度值，在不同样本间执行矫正操作，达到降低样本预处理，仪器分析等操作造成的样本间的差异，主要用于同一蛋白，不同样本间的表达差异。比如，不同处理方法间，同一蛋白的表达量变化