参考基因组下载 hg19 索引文件 grch38 reference genome infercnv 安装cellranger

最新推荐文章于 2024-04-24 16:16:09 发布
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Download Cell Ranger - Official 10x Genomics Support

nohup wget -c -O cellranger-7.2.0.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-7.2.0.tar.gz?Expires=1698207417&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA&Signature=Y9R~FpEB5Ou4kKFmQoj~sO9ZhnelR1Asj3AFMiZSMspcZTCKc7gkDA3R1cxyoMNnrZ03XOhMi~8B9VpfFOZAYb-335iX887DPZeGHgHuR~dGStrWURYoLjE3wgftp6iK0jnuNao66WEAEH8XAlsqHIJvhYI-wRVg7SkMEy6ao6AowRp-aoA7etbEKO9wN560maGdSj5HyL-Ekps~AoO5TgJfX4nXP0vptsPoLqNpTX~mie49ROJ5WPFCTHAdEccJuUz6ILqIDtxkVqN5fqcovzwdIVoZDShEtk3kHajEOe718E-p3ETY6AdBW0-4aanPaArt3p6xBllXA0Uz~XvxWw__" &

生信小博士
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infercnv:从单细胞RNA序列推断CNV
05-01
请访问项目以获取InferCNV文档。
人类基因组参考基因组
Keep Learning
01-08 6509
人类基因组参考基因组： GRCh38下载地址： ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/ 使用以上数据的有： https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/blob/master/ggd-recipe
单细胞流程 安装conda 下载基因组数据 然后走cellranger 流程得到10x数据 学校服务器集群anaconda安装 参考基因组 38 hg19
生信小博士的博客
11-08 1820
既然你都要学cellranger了，大概率上你已经有了SRA或者fastq数据，有了服务器，linux知识也有所了解，关于数据的下载我就不赘述了。需要启动已经修改环境变量，输入以下命令（以后都不用再 source 了，因为启动 Ubuntu 会自动 source）确认安装的路径，一般直接回车安装在默认的 /home/你的名字/anaconda3。进入 Ubuntu，自己新建下载路径，输入以下命令开始下载。如果当前安装后，不是最新版本，可以通过以下命令升级。一般来说，软件以及配套的参考基因组都需要下载，
一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法
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Baimoc
06-02 6万+
文章目录一、什么是参考基因组和基因组注释？二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息 一、什么是参考基因组和基因组注释？ 先来理一理参考基因组，基因组注释文件，测试数据间的关系。 自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始，全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组，从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因
人类基因组版本：hg19和hg38
SN的博客
12-23 4614
是于2013年发布的人类基因组版本，也被称为GRCh38（Genome Reference Consortium human genome build 38）。是于2009年发布的人类基因组版本，也被称为GRCh37（Genome Reference Consortium human genome build 37）。（人类基因组版本38）都是人类基因组的版本号。有一些改进，包括更好地解决了基因组的一些难以映射的区域、更全面的注释等。（人类基因组版本19）和。
10X单细胞转录组测序—常规流程
lz2105的博客
07-18 1439
从原始数据比对计数开始到singleR预测亚群名称
人类参考基因组hg19和GRCh38测序盲区坐标文件
07-12
重复序列区域 GC异-GC高和GC低区域 端粒和着丝粒区域 假基因和高度同源基因 低比对分数区域 以上区域hg19为tsv文件和GRCh38为bed格式文件
人类参考基因组
12-21
在UCSC中，有hg19和hg38这两个版本，而在NCBI中则对应为GRCH19和GRCH38。这些版本随着技术进步和科学研究的发展而不断更新，以更准确地反映人类基因组的结构和变异。 获取这些参考基因组的数据，通常需要在Linux...
EnsemblMapping：将基因组装配图GRCh38映射到GRCh37的脚本
02-09
将基因组装配图GRCh38映射到GRCh37的脚本 先决条件： 已安装Perl5 已安装DBI :: DBD模块 已安装Perl Ensembl API（ ） 有关命令行的描述，请运行： ./map_GRCh38_to_GRCh37.pl -h Help: To run this script, ...
人类GRCh38第14修订版基因注释与食蟹猕猴的同源基因信息参考
最新发布
07-23
该文件是从Ensemble网站下载的人类GRCh38第14修订版基因注释与食蟹猕猴的同源基因信息参考
BedAnno：使用BED格式数据库注释hg19的基因组学变异，该数据库由NCBI注释版本104构建
02-05
**hg19**，也称为GRCh37，是人类基因组的第19个主要版本，广泛用于遗传学和生物医学研究。这个工具利用了 **NCBI**（美国国立生物技术信息中心）注释版本 **104** 的数据，该注释包含了丰富的生物学信息，如基因、...
参考基因组下载
Baimoc
11-21 5995
NCBI 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome 选择Genome数据库，输入hg19，点击Search，进入Genome Resources 这里有常用的资源下载，如果是参考基因组下载第一行 Ensemble 网址：http://asia.ensembl.org 有两种进入人参考基因组的方法 下拉菜单中，选择Human 点击右边的Human 点Do...
cellranger安装以及使用
m0_59974475的博客
04-24 3493
接受cellranger count的输出数据，将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起，比如tumor组原来有4个样本，PBMC组有两个样本，现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵，并且进行标准化去掉测序深度的影响。但是由于病毒基因组太小了，且注释结果只有CDS没有exon，所以曲线救国，将CDS整体替换为exon，也不进行过滤了，直接下一步。虽然安装完毕，但是现在要运行cellranger的话需要在终端输入cellranger的整个路径。自动执行这个命令，需要将“
UCSC 人类参考基因组hg19数据下载
自由 平等~忠诚 奉献
11-14 1万+
This directory contains a dump of the UCSC genome annotation database for the Feb. 2009 assembly of the human genome (hg19, GRCh37 Genome Reference Consortium Human Reference 37 (GCA_000001405.1)). T
SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger
weixin_41368414的博客
08-09 2774
单细胞转录组 之 cellranger
如何使用Cell Ranger处理10x 单细胞转录组测序数据
weixin_47890536的博客
04-20 3119
进入10x软件官网，下拉找到Cell Ranger，点击Download跳转至下载界面，该界面有Cell Ranger软件和参考基因组等资源，可以下载Cell Ranger软件压缩包上传至服务器，也可以复制这段代码在服务器下载。需注意的是，进入这些网站需要填写个人信息，包括姓名、邮箱、机构等。下载完成后，直接解压缩，在文件夹下面有以下文件，将软件添加至环境变量，并运行cellranger count --help检测能否成功运行Cell Ranger。
利用cellranger对（人）单细胞数据进行上游分析(实验室日记day1和day2)
Recordarse的博客
11-08 1779
如果测到的细胞数多，但是每个细胞里面的平均reads数少，那么饱和度就不高，反之，饱和度高。但也不是越高越好，背后原理是抽样的原理，到达80%左右就可以代表整个样本。下载命令的某些部分会定期更改，因此复制官网上面的确切命令可能不起作用。Estimated number of cells - 样本测到的细胞数。Mean reads per cell - 每个细胞测到的平均reads。三、对人的参考基因组和注释进行下载和解压（ensembl官网）一、Cellranger以及参考基因组的下载。
生信技能33 - gnomAD数据库hg19/hg38 VCF文件批量下载脚本
LittleComputerRobot的博客
01-06 713
gnomAD v2.1.1数据集包含来自125，748个外显子组和15，708个全基因组的数据，所有这些数据都映射到GRCh 37/hg 19和GRCh 38/hg 38 两个版本的参考序列。
infercnv中rjags或jags包安装问题及解决办法(windows演示)
chenglezclk的博客
11-19 5168
通过解析报错发现，它似乎提到"rjags is only an interface" ，引导你去下载JAGS，这个故事告诉我们rjags只是R语言的一直表面引导方式，真正的。MAC和LINUX下载rjags和infercnv坑比较少，前者可以brew install jags（我本人没试过），当然也可以用本文的方法。当选择第一个 install for anyone using this computer的时候，其会默认装在。注意R语言中的斜杠 \ 和windows中的 / 是相反的！
参考基因组文件怎么下载
06-11
参考基因组文件可以从NCBI或ENSEMBL等公共数据库中下载。以人类基因组为例，可以按照以下步骤进行下载： 1. 访问NCBI的Genome网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/ 2. 在搜索框中输入"human"，选择"Organism"为"Human"。点击搜索按钮。 3. 在搜索结果中找到"Human genome assembly"，点击该链接进入人类基因组浏览器。 4. 在浏览器中选择需要下载的基因组版本，比如GRCh38（最新版）。进入该基因组版本的页面。 5. 在页面中找到"Download"按钮，点击该按钮。 6. 在下载页面中，选择需要下载的文件类型和格式。比如，可以选择"Primary Assembly"文件类型，"FASTA"格式。点击下载按钮即可开始下载参考基因组文件。 下载完成后，需要将参考基因组文件解压并进行索引，才能进行RNA测序数据的比对。具体的解压和索引过程可以参考相应的比对软件的文档或使用该软件提供的命令行工具。
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