24/10/2019 ATAC-seq 样品准备

最新推荐文章于 2024-06-17 15:38:44 发布
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分类专栏： project 文章标签： ATAC-seq
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转载于ATAC-seq 需要注意的小事：http://www.360doc.com/content/19/0115/18/52645714_809070820.shtml

我的样品是sponge larvae， 我估计是要直接裂解幼虫，然后送样品。 但是一个幼虫大概有多少细胞，我是不知道的。因为ATAC-seq 至少500细胞，但是太少或太多都会影响实验结果。 所以我要用多少幼虫去裂解，，要收集多少幼虫，，是个问题。。。

 

uqyuan0515
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植物ATAC-seq文献集锦（四）——生物和非生物胁迫篇
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06-17 835
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植物ATAC-seq文献集锦（二）——生长发育篇
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因此，研究者选择L1和L3，通过整合ATAC-seq和RNA-seq，鉴定了735个差异表达基因（DEGs），这些基因的启动子区域中染色质可及性发生了变化，其中包括87个转录因子（TFs），如ABI3VP1、AP-EREBP、MYB、NAC和GRF。研究者通过对这两种细胞类型的RNA-seq、ATAC-seq、H3K4me3和H3K27me3 ChIP-seq以及BS-seq数据的整合分析，发现染色质可及性与组蛋白修饰（尤其是H3K27me3修饰和CHH甲基化）共同协调，调控细胞类型偏好性基因表达。
易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq
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