single cell marker 基因数据库

最新推荐文章于 2024-05-24 09:37:44 发布
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分类专栏： 单细胞测序 生物信息数据库 文章标签： 生物信息学
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Mouse Cell Atlas：https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fbis.zju.edu.cn%2FMCA%2F

CellMarker:https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fbio-bigdata.hrbmu.edu.cn%2FCellMarker%2F

BD||cd_marker_handbook:https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.bdbiosciences.com%2Fdocuments%2Fcd_marker_handbook.pdf

CancerSEA:https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fbiocc.hrbmu.edu.cn%2FCancerSEA%2F

PanglaoDB:https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fpanglaodb.se%2F

haemosphere:https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.haemosphere.org%2F

单细胞分群后，怎么找到Marker基因定义每一类群:https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fmp.weixin.qq.com%2Fs%3F__biz%3DMzI5MTcwNjA4NQ%3D%3D%26mid%3D2247488306%26idx%3D1%26sn%3D7d787ac8396411eb9d05bbe4dd0070ff%26chksm%3Dec0dd6b8db7a5faecbece37b1aa458b63c3787956d0f76bf74ef267892b55dfe1b2de5b607cb%26mpshare%3D1%26scene%3D23%26srcid%3D0507rajla3BNgyvyZGm48anU%23rd

hyena_7
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2023NAR数据库特刊：单细胞数据库合辑
wen05054105的博客
03-07 672
2023NAR特刊-单细胞数据库合辑
CellMarker 2.0 | 细胞标志物数据库更新啦！~（附使用指南）
m0_72224305的博客
11-16 6357
1写在前面 细胞标志物（Cellmarker）可以用来定义、区别不同细胞。随着单细胞测序（scRNA-seq）的普及（主要是便宜了📉），相关的研究也越来越多。🥳 在进行细胞注释的时候，我们也介绍过，其实最准确的方法并不是使用什么包，而是使用手动注释。😘 本期就介绍一下这个由已知实验支持的人或小鼠各器官中不同细胞类型的标志物数据库，CellMarker 2.0。👀 🌟 这个数据库首次发布是在2019年，不到4年就更新了第二版，效率可见一斑呀，而且本次还添加了强大的网页工具功能。🤩（请左右滑动查看：👇） 2
细胞注释之marker列表
最新发布
weixin_53637133的博客
05-24 485
细胞注释之marker列表
CellMarker 2.0 | 鼠标点一点就完成单细胞分析的完美工具~
m0_72224305的博客
11-18 4789
1写在前面 本期我们介绍一下CellMarker 2.0上更新的6个网页工具，主要是用于scRNA-seq数据的分析与可视化。🥰 网址如下：👇 📍http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.html 2Single cell web tools 概览 作者通过搜索GEO(https://www.ncbi.nlm.nih. gov/geo/)数据库的scRNA-seq数据，整合了108个scRNA-seq数据，38种疾病，1,467,748个细胞。🥳
2020常用单细胞数据库汇总
leroylee7的博客
11-10 1万+
今天总结一下收录有单细胞发表数据的数据库吧，可以帮助大家减少看文献的负担。 1.PanglaoDB 以上是该单细胞数据库的界面，左边有不同的检索方式，右面是对该数据库的大致介绍。该数据库的物种虽然只有人和小鼠，Tissue的种类和数目却有很多；我常用的是下载tissue数据，比如我现在要下载10X小鼠肺脏的rawdata文件，操作如下： 首先点击sample： 分别对species，protocol进行选择，然后找到Lung，点击SRA序列号即可进入rawdata下载目录： ...
2021常用单细胞数据库整理汇总
leroylee7的博客
02-03 1万+
近几年，单细胞的研究蔚然成风，受到很多科研人员的青睐。小编为大家整理了迄今为止，最全的单细胞线上数据库，可以帮助你更准确地进行细胞注释和分析，也可以用作研究前期的数据探索。 单细胞数据库分类 Human Cell Landscape (HCL) Human Cell Atlas (HCA ) Human Protein Atlas (HPA) SC2disease Cell BLAST CellMarker P...
marker-highlight
12-05
marker_highlight
联想Marker2.1.zip
09-19
联想全系列Marker，包含以下： LENOVOCB-01 LENOVOSV-INT LENOVOTC-03 LENOVOTC-5C LENOVOTC-5H LENOVOTC-5I LENOVOTC-5J LENOVOTC-5K LENOVOTC-5M LENOVOTC-5O LENOVOTC-5P LENOVOTC-5V LENOVOTC-5X LENOVOTC-5Y ...
daima.rar_marker
09-21
Write a program to read a list of positive integer numbers from user, and output the maximum number, minimum ... The negative number functions only as a stop marker but don’t use it in the calculation.
Lenovo&TinkPad; Marker 5.01
10-17
Marker 5.01：深入解析笔记本标记工具的高效使用》 Lenovo&TinkPad; Marker 5.01是一款专为Lenovo和TinkPad笔记本设计的标记工具，旨在提升用户在工作和学习中的效率。这款工具的主要功能在于帮助用户在屏幕上进行...
scrnaseq_celltype_prediction:根据Seurat FindMarker数据预测集群的细胞类型
04-07
如果您有一个包含每个簇的标记基因的列表（ list(clusterID0=..., clusterID1=...) ），那么获取表达值和兼容数据框的最佳工作流程是：在R / Seurat中运行以下命令生成包含标记基因值和表达数据（代码尚未测试...）...
rPanglaoDB:R包，用于从PanglaoDB数据库中下载标记的单细胞RNA-seq数据并将其合并到Seurat对象中
04-28
邦劳数据库 一个R包，用于从数据库中下载标记的单细胞RNA-seq数据并将其合并到对象中。 安装 此软件包需要R版本4.0或更高版本。 如果使用的是R的旧版本，则在尝试安装软件包时会提示您进行升级。 rPanglaoDB的正式版本可在。 要从那里安装，可以使用以下命令： > install.packages('rPanglaoDB', dependencies = TRUE) 如果安装了remotes ，则可以直接从GitHub安装rPanglaoDB软件包的最新稳定版本： > remotes::install_github('dosorio/rPanglaoDB') 可用功能 代码 功能 getMarkers 从panglaoDB数据库返回一个带有样本列表的data frame ，该列表显示一组分子标记物的表达模式。 getSampleComposition 从panglao
基于单细胞marker gene数据库富集分数的细胞群注释方法
qq_36608036的博客
09-07 643
细胞注释
生信学习笔记--单细胞转录组细胞注释
qq_42941604的博客
02-26 1045
细胞注释是进行深入分析的第一步，但是却受到基础分析的严重影响。细胞类型注释之前必须严格进行细胞质控，低质量和双细胞的存在会严重干扰注释进程。其次，也要选择一个合适的聚类精度，精度低：稀有细胞类型可能与更大的簇合并，或者相关的细胞亚型可能相互合并；精度高：单个细胞类型可能被分割成多个clusters，具有很少的独特标记，这通常是实验噪声而不是区分的结果，如果一个cluster识别到了多个细胞类型，可以提高分群精度或者在分群分析。
最全植物和动物单细胞数据库来袭
Pangenes的博客
08-05 228
它描绘了一个癌症单细胞功能状态图谱，涉及来自25种癌症类型的41900个癌症单细胞的14种功能状态(包括干性、侵袭、转移、增殖、EMT、血管生成、凋亡、细胞周期、分化、DNA损伤、DNA修复、缺氧、炎症和静止)。用户可以获取每种疾病状态下各个细胞的基因表达谱、查询感兴趣基因在不同细胞类型中的表达变化、寻找疾病特异或细胞类型特异的marker基因，比较疾病状态和非疾病状态的不同细胞类型的基因表达谱。包含6个物种，拟南芥，玉米，水稻，番茄，杨树，花生，提供了原始数据下载，在线生成R运行代码。
single cell 基础笔记（一）
lzjsz_yy的博客
01-14 5528
课程地址 https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html 2 Introduction to single-cell RNA-seq 2.5 Challenges sequencing libraries 即 different cells The main sources of discrepancy between the ...
day3----部署duboo微服务值部署zk和Jenkins（3）
Laiyunpeng666的博客
09-01 6275
部署zk集群 Zookeeper是Dubbo微服务集群的注册中心 它的高可用机制和k8s的etcd集群一致 由java编写，所以需要jdk环境 主机名 角色 ip hdss7-11.host.com k8s代理节点1，zk1 10.4.7.11 hdss7-12.host.com k8s代理节点2，zk2 10.4.7.12 hdss7-21.host.com k8s运算节点1，zk3 10.4.7.21 hdss7-22.host.com k8s运算节点2，jenkins 1
91sp.vido.ws index.php_index
热门推荐
weixin_42514750的博客
12-30 9万+
Departamentde Filologia Anglesa i Alemanya=o:p>Universitatde =València___________________________________________=__José Santaemilia RuizAssociate Professor of English Language and Linguistics.<...
点击marker后marker的图标里面出现云数据库里该marker的图片
03-28
1. 保存每个marker的图片在云数据库中，可以使用云存储服务如AWS S3或阿里云 OSS。 2. 在marker被点击时，从数据库中获取该marker对应的图片。 3. 将图片插入到marker的图标中，可以使用一些库如Leaflet或Google ...

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