冬日送暖：美美的火山图，带基因标注哦

寒冷的冬季，一张美美的火山图，让你的心暖暖的！

什么是火山图

火山图（Volcano Plot）是我们做芯片，RNA-seq等分析时常用的一种图，它能够清晰地展示显著上调和下调的基因，因作出来的图形如火山喷发（从0点开始往上，往两边扩散），故名。

 

例如图中，X轴一般表示log2的倍数变化（Cancer vs Normal），Y轴一般表示-log10(p-value)，不同颜色的点表示满足不同条件的基因，红色表示上调基因（P<0.05, Fold change >=2），蓝色表示下调基因（P<0.05, Fold change <=-2），灰色表示不显著的基因（即要么Fold change不满足阈值，要么Pvalue不满足阈值，要么Fold change和Pvalue都不满足阈值），两条垂直虚线表示Fold change（这里默认2倍，即log2(2)=1），一条水平线表示Pvalue阈值（默认0.05）。

火山图是微生信平台首批上线的常见图，虽然我们经过了大量优化，增加了诸多可调参数：颜色，点大小，甚至legend的位置和顺序都进行了优化，但是，还是不能满足同学们的需求：

1. 能不能标注我感兴趣的基因？
2. 能不能给点加上透明度？
3. 能不能额外加些线？
4. 能不能放大某些点？
5. 能不能把p值为0的点阈值宽松点？
6. 能不能标注下上调多少，下调多少？

……

可以负责任地告诉大家，都能满足，But，诚如我们在8h基础讲解中所说的：任何在线工具都不能满足您的定制需求。要想满足，需要你自己编程或者编辑生成的图，或者两者结合起来才能完成一张美图的绘制。

今天，给大家带来的是enhanced volcano plot R包。这个R包非常优秀，具体请参考R包官方说明。这里我们还是给不懂编程的同学带来不一样的火山图体验。

1. 打开enhanced volcano 绘图页面

微生信 - 免费在线绘制带标注的增强火山图http://www.bioinformatics.com.cn/plot_enhanced_volcano_plot_138

1. 下载示例数据

下载右侧示例数据excel

其中第一列为基因名，必需唯一，否则不会出图；第二列为log2Foldchange，正值和0值表示上调，负值表示下调；第三列为P值，范围从0到1。

红色基因为我们待标注的top10基因（上调5个，下调5个）

1. 拷贝并粘贴数据

拷贝第一列，第二列，第三列的数据到第一个“绘图数据”输入框（带有表头），并拷贝红色的待标注基因到第二个“待标注基因”输入框（仅拷贝基因，中文注释不用拷贝）。

1. 修改参数，并提交

该函数包含几十种参数，我们这里仅列了一些常见的参数供大家使用。

包括：图片大小，字体大小，颜色，点形状，阈值，标注是否带框等等。基本可以满足90%的需求了。

如果你有另外10%的需求，请直接联系我们进行定制！

1. 提交出图

没有预览就是没有出图，这时请检查输入数据格式！

美美的火山图就出来了，超简单吧。但是，注意：左侧是标了5个，右侧怎么只标注了3个还重叠了？

经验总结：在实际使用过程中，我们发现，标注还跟坐标轴的范围、点大小等因素相关，因此，这里我们要适当调整下坐标轴的范围，例如把X轴最大值调整7，重新出图，并且标注带线（最后一个选项）

最终的图就出来了，左边标注5个，右边标注5个，且很清晰，基本满足老板的需求了！

总之，图中所标注基因的名字是通过算法算出来的，当遇到密集的标注时，该程序还是有点不足之处，例如文字重叠、连线交叉等等，在所难免。这时，您就需要私人订制了！

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